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Dissertação de Mestrado
DOI
10.11606/D.42.2008.tde-31032009-114017
Documento
Autor
Nome completo
Milene Ferro
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
São Paulo, 2008
Orientador
Banca examinadora
Gruber, Arthur (Presidente)
Oliveira, Paulo Sérgio Lopes de
Silber, Ariel Mariano
Título em português
Desenvolvimento e validação de protocolos para a anotação automática de sequências ORESTES de Eimeria spp. de galinha doméstica.
Palavras-chave em português
Eimeria spp.
Anotação de sequências biológicas
Bioinformática
Etiquetas de seqüencias expressas
Processo encadeado
Seqüência de DNA
Resumo em português
A coccidiose aviária é uma doença entérica causada por protozoários parasitas do gênero Eimeria. Visando uma maior compreensão dos mecanismos moleculares envolvidos na regulação do ciclo de vida dos parasitas, foram geradas 15.000 seqüências expressas (ORESTES) para cada uma das três espécies mais importantes: E. tenella, E. maxima e E. acervulina. O presente trabalho consistiu no desenvolvimento de componentes de anotação automática de seqüências para o sistema EGene, plataforma previamente desenvolvida pelo nosso grupo (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) para a construção de processamentos encadeados (pipelines). Estes componentes foram utilizados para a construção de pipelines de anotação automática de seqüências-consenso obtidas a partir da montagem dos ORESTES de Eimeria spp. A anotação consistiu na identificação dos genes e atribuição da função dos respectivos produtos protéicos, baseando-se em um conjunto de evidências. As seqüências também foram classificadas e quantificadas utilizando-se um vocabulário controlado de termos de ontologia gênica (GO).
Título em inglês
Development and validation of protocols for automated annotation of ORESTES sequences of Eimeria spp. of domestic fowl.
Palavras-chave em inglês
Eimeria spp.
Pipeline
Bioinformatics
DNA sequences
Expressed sequences tags
Sequence annotation
Resumo em inglês
Avian coccidiosis is an enteric disease caused by protozoan parasites of the genus Eimeria. Aiming at obtaining a better understanding of the molecular mechanisms that regulate the life cycle of the parasites, our group generated 15,000 expressed sequences (ORESTES) for each one of the three most important species: E. tenella, E. maxima and E. acervulina. In the present work, we report the development of a set of components for the automated sequence annotation through EGene, a platform for pipeline construction previously described by our group (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005). These components were used to construct pipelines for the automated annotation of assembled sequences of ORESTES of Eimeria spp. The annotation process consisted in the identification of genes and the corresponding protein function based on a set of evidences. The sequences were also mapped and quantified using a controlled vocabulary of gene ontology (GO) terms.
 
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Data de Publicação
2009-04-06
 
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