A Floresta Atlântica possui grande heterogeneidade de ambientes e estima-se que hoje está reduzida a 11% a 16 % de sua área original. Além disso, abriga alto grau de endemismo, sendo considerada como um dos 5 hotspots mundiais de biodiversidade. Para investigar os processos históricos que podem ter sido responsáveis pela distribuição geográfica da diversidade de linhagens genéticas de espécies desse domínio realisamos na presente Tese um estudo filogeográfico de três espécies de passeriformes endêmicos da Floresta Atlântica, Myiothlypis leucoblephara, Myrmoderus loricatus e squamosus. Para acessar a estrutura genética e realizar análises demográficas das espécies foram produzidos dados de milhares de locos, por meio da técnica de Genotyping by Sequencing, de um total de 151 indivíduos de 83 localidades no Brasil, Uruguai e Argentina. A presente Tese inclui dois capítulos. No capítulo 1 a análise de ~8.700 SNPs de 86 indivíduos de Myiothlypis leucoblephara indicou a presença de dois grupos genéticos distribuidos em gradientes norte/sul e leste/oeste com claro padrão de isolamento por distância. Ainda, também detectamos expansão populacional no último máximo glacial (~20 mil anos atrás). No capítulo 2 realizamos um estudo filogeográfico das espécies irmãs Myrmoderus loricatus (35 indivíduos) e M. squamosus (30 indivíduos) utilizando em torno de ~15.500 SNPs. Diversas análises indicaram padrão de isolamento por distância para ambas espécies e a estimativa de data de separação dessas espécies poderia estar associada à alta atividade tectônica do Vale do Paraíba do Sul. Os dados apresentados na presente Tese permitiram testar algumas hipóteses de diversificação para a Floresta Atlântica e inferir como os processos demográficos atuam moldando a distribuição das linhagens. Além disso, nossos resultados reforçam a importância do uso de grandes quantidades de marcadores para caracterizar populações e inferir como os eventos demográficos aconteceram ao longo da evolução das espécies

The Atlantic Forest has a high heterogeneity of types of habitats and today it is reduced to 11% to 16% of its original area. In addition, it harbors an elevated degree of endemism and is considered as one of the top five global biodiversity hotspots. In order to investigate the historical processes that may be responsible for the geographic distribution of genetic lineages, we performed a phylogeographic study of three Atlantic Forest endemic passerine species, Myiothlypis leucoblephara, Myrmoderus loricatus and M. squamosus. Data from thousands of loci were produced using Genotyping by Sequencing to access the genetic structure and perform demographic analyzes of a total of 151 individuals from 83 locations in Brazil, Uruguay and Argentina. This Ph.D. Dissertation includes two chapters. In chapter 1 we analyzed ~8,700 SNPs from 86 individuals of Myiothlypis leucoblephara. The results indicated the presence of two genetic clusters distributed in north/south and east/west gradients with clear isolation by distance pattern. In addition, we also detected population expansion in Last Glacial Maximum (~20 thousand years ago). In chapter 2 we performed a phylogeographic study of the sister species Myrmoderus loricatus (35 individuals) and M. squamosus (30 individuals) based on ~15,500 SNPs. Different analyses indicated the presence of isolation by distance for both species and the estimated date of split of these species could be associated with high tectonic activity of Paraíba do Sul Valley. The data presented in this Ph.D. Dissertation allowed us to test some hypotheses of diversification for the Atlantic Forest and to infer how demographic processes act in shaping the distribution of lineages. Moreover, our results reinforce the importance of using large amounts of markers to characterize populations and infer how demographic events happened along the evolution of species