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Dissertação de Mestrado
DOI
10.11606/D.11.2014.tde-30042014-104202
Documento
Autor
Nome completo
Dênia Borges Attilio
E-mail
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
Piracicaba, 2014
Orientador
Banca examinadora
Rosário, Millor Fernandes do (Presidente)
Coutinho, Luiz Lehmann
Munari, Danisio Prado
Título em português
Testes de associação em região de QTL ligados do cromossomo 1 da galinha doméstica
Palavras-chave em português
Avicultura
Carcaça
Chip
Desempenho
Genômica
SNP
Resumo em português
Atualmente, o Brasil é considerado o maior exportador mundial e terceiro maior produtor mundial de carne de frango. Este destaque é resultado, principalmente, do melhoramento animal baseado na estimação do valor genético a partir da mensuração de fenótipos e informações de pedigree. Entretanto, é comum que a seleção não seja feita para cada característica isoladamente devido à correlação genética entre elas. Esta correlação tem como causas a pleiotropia ou a ligação genética. Com este trabalho objetivou-se detectar associações entre características fenotípicas de interesse para a avicultura e SNPs em uma região do cromossomo 1 (168 - 208 cM e 57 - 71 Mbp), onde possíveis QTL ligados foram previamente mapeados. Utilizou-se o Beadchip de SNPs de 60k para genotipar 14 animais da geração Parental (machos TT e fêmeas CC) e 28 F1 da população TCTC desenvolvida pela Embrapa Suínos e Aves. A linhagem TT apresentou maior variabilidade genotípica que CC, porém, os F1 foram superiores às linhagens Parentais com base no número de heterozigotos e MAF. O polimorfismo com maior ocorrência em ambas as gerações foram as transições com 84,3%. Foram selecionados 144 SNPs mais informativos com base na heterozigosidade dos cinco casais F1 que geraram os 453 F2. Houve redução de heterozigotos e MAF em F2, em função da média de F1, decorrente de certo grau de parentesco e endogamia entre os animais que compuseram esta geração. Os blocos de haplótipos construídos demonstraram que os machos TT apresentaram 25 blocos, fêmeas CC (17), F1 (32) e F2 (23) com tamanho médio de 278, 467, 242 e 160 kpb, respectivamente. Foi evidenciado que 236 (42,7%) correlações fenotípicas foram significativas, das quais o maior número constatado foi entre PB_MS e outras 17 características e, o maior valor estimado foi entre PB_MS e EE_MS (-0,90). Do total esperado de 3.456 testes de associação, 609 (17,6%) foram considerados significativos (p < 0,05), sendo 424 (69,6%) com efeito aditivo e 185 com efeito de dominância (30,4%). PV41 apresentou maior número de associações (123), enquanto DOR não foi associado a nenhum SNP. Proporcionalmente, o maior número de SNPs foi associado próximo ao QTL pleiotrópico 2 para 17 características. Já os maiores níveis de significância (p < 9,59 x 10-8) para o efeito aditivo foram evidenciados para SNPs localizados próximos ao QTL pleiotrópico 1 e associados somente com PV41, a saber: Gga_rs13869715 (A < C), Gga_rs13870613 (T < C), Gga_rs14827719 (A < G), GGaluGA019336 (T < C) e GGaluGA019533 (A < C). Foram detectadas associações ainda não descritas na literatura para GP3541, CA3541, INT, PES, CAB, FIG, COR, MOE, PUL, HEM, COL, TRI, TC, PB_MS, EE_MS, CZ_MS. Finalmente, foram indicados possíveis genes candidatos posicionais e funcionais, tais como, IGF1, MYBPC1, MTPN, SOX-5, FGFR1OP2 e TTLL12 que poderão ser empregados na análise de expressão gênica.
Título em inglês
Association tests on linked-QTL region of chicken chromosome 1
Palavras-chave em inglês
Carcass
Chip
Genomic
Performance
Poultry
SNP
Resumo em inglês
Actually, Brazil is considered the world's first- and third-biggest exporter and producer of poultry meat, respectively. These performances are mainly consequence of animal breeding based on the estimation of breeding value combining phenotypes and pedigree information. However, usually the selection is not carried out for each trait separately due to genetic correlation between them. This correlation is caused by pleiotropy or linkage. We aimed to detect associations between phenotypic traits of interest to poultry industry and SNPs on a region of chromosome 1 (168 - 208 cM and 57 - 71 Mbp), where putative linked-QTL were previously mapped. A chicken 60k SNP BeadChip was used to genotype 14 animals from Parental generation (TT males and CC females) and 28 F1 of the TCTC population that was developed by Embrapa Swine and Poultry. The TT line showed greater genotypic variability than CC, however, F1 were higher than Parental generation based on the number of heterozygotes and MAF. The polymorphism more frequent in both generations was the transitions with 84.3%. The 144 most informative SNPs were selected based on heterozygosity of the five F1 couples which generated the 453 F2. There was a reduction of heterozygotes and MAF in F2, based on the F1 mean value, as consequence of some degree of relationship and inbreeding between animals that formed this generation. Haplotype blocks demonstrated that the TT males showed 25 blocks, CC female (17) F1 (32) and F2 (23) with an average size of 278, 467, 242 and 160 kbp, respectively. It was observed that 236 (42.7%) phenotypic correlations were significant. Out of these, the highest number was found between PB_MS and other 17 traits and the highest estimated value was between PB_MS and EE_MS (-0.90). Out of 3,456 expected association tests, 609 (17.6 %) were considered significant (p < 0.05), being 424 (69.6%) with additive effect and 185 with dominance effect (30.4%). PV41 presented the highest number of associations (123), while DOR was not associated to any SNP. Proportionally, the highest number of SNPs was associated close to the pleiotropic QTL 2 with 17 traits. On the other hand, the highest significance levels (p < 9.59 x 10-8) for the additive effect were evidenced for SNPs located close to the pleiotropic QTL 1 and associated only with PV41 (Gga_rs13869715 (A < C), Gga_rs13870613 (T < C), Gga_rs14827719 (A < G), GGaluGA019336 (T < C) and GGaluGA019533 (A < C)). Novel associations were detected for GP3541, CA3541, INT, PES, CAB, FIG, COR, MOE, PUL, HEM, COL, TRI, TC, PB_MS, EE_MS, CZ_MS when we compared our results with literature. Finally, putative positional and functional candidate genes were indicated such as IGF1, MYBPC1, MTPN, SOX-5, FGFR1OP2 and TTLL12, which may be used in gene expression analysis.
 
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Data de Publicação
2014-06-10
 
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