Infecções no sistema nervoso central (SNC) causadas por microrganismos desencadeiam sintomas de moderados a severos, dependendo da região atingida, podendo ser designadas como encefalites ou meningites. Os vírus são os agentes mais comuns nestas infecções. Os agentes virais responsáveis por essas enfermidades que apresentam maior incidência na população mundial são certos herpesvírus, flavivírus, influenza A, enterovírus e vírus da caxumba. Entretanto, essa prevalência varia de acordo com a população, estado imunológico do indivíduo, idade e região estudada. Embora existam dados bem estabelecidos da etiologia dessas doenças em alguns países, ainda há uma carência de informação no que diz respeito à etiologia dessas moléstias no Brasil. Assim, informações mais precisas em relação à prevalência desses agentes em nosso meio são necessárias para o desenvolvimento e aplicação de métodos de diagnósticos mais rápidos e eficientes. Neste trabalho, foram analisadas 120 amostras de liquido cefalorraquidiano (LCR), procedentes de dois centros da cidade de São Paulo (Irmandade Santa Casa de Misericórdia e Hospital das Clínicas da Faculdade de medicina da Universidade de São Paulo), as quais foram submetidas à reação em cadeia de polimerase para o herpesvirus simples 1 e 2 (HSV 1 e 2), vírus da varicela zoster (VZV), herpesvirus humano 6 (HHV-6), influenza A (FLUA), enterovírus, vírus da caxumba, poliomavírus vírus BK (BKV) e vírus JC (JCV) para flavivírus. Do total, 44 amostras (36,7%) apresentaram resultado positivo para algum dos vírus analisados no âmbito desta pesquisa, sendo 15 (12,5%) para poliomavírus BKV, 2 (1,7%) para poliomavírus JCV, 21 (17,5%) para HSV1 e 2, 5 (4,2%) foram positivos para BKV e HSV1 e 2 (coinfecção) e 1 (0,8%) para vírus Epstein-Barr (EBV). Uma parte das amostras negativas foi submetida a sequenciamento direto de nova geração (n=8 amostras), resultando em amostras positivas para vírus (vírus simio 40), protozoários e bactérias. Este estudo mostrou que infelizmente, menos de 50% das encefalites e meningites assépticas puderam ser relacionadas a algum agente viral. Houve uma alta prevalência de HSV no material estudado, de acordo com o esperado, mas a presença de poliomavírus no LCR destes indivíduos foi acima da observada na literatura. Esses, bem como os resultados de sequenciamento direto e sua associação a etiologia das encefalites e meningites, devem ser interpretados com cautela.

Central nervous system (CNS) infections caused by microorganism trigger moderate to severe symptoms, depending on the region affected and may be referred as encephalitis or meningitis. Viruses are the most common agents in these infections. The viral agents responsible for these diseases with highest incidence worldwide are certain herpesviruses, flaviviruses, influenza A, enteroviruses, and mumps virus. However, their prevalence vary according to the population, immunological state of the individual, age and region studied. Although there are well-established data on the etiology of these diseases in some countries, there is little information regarding the etiology of these diseases in Brazil. Thus, data regarding the prevalence of these agents in our environment is necessary for the development and application of faster and more efficient diagnostic methods. In this study, 120 cerebrospinal fluid (CSF) samples from two centers of the city of São Paulo (Hospital Santa Casa de Misericordia and Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo) were investigated by PCRs for herpes simplex virus (HSV 1 and 2), varicela zoster virus (VZV), human herpesvirus 6 (HHV6), influenza A, enterovirus, mumps virus, polyomavirus BK virus and JC virus and flaviviruses. From these, 44 samples (36.7%) presented positive result for one of the viruses analyzed, being 15 (12.5%) for polyomavirus BKV, 2 (1.7%) for polyomavirus JCV, 21 (17.5%) for HSV 1 and 2, 5 (4.2%) samples were positive for BKV and HSV1 and 2 (coinfection) and 1 (0.8%) for Epstein-Barr virus (EBV). A part of the negative samples (n=8) were submitted to next generation direct sequencing and revealed the presence of agents as viruses (simian virus 40), protozoa and bacteria. This study showed that unfortunately, less than 50% of the aseptic encephalitis and meningitis could be related to some viral agent. It was found high prevalence of HSV, as expected, but the presence of polyomavirus in the CSF of these individuals was higher than that observed in the literature. These results, as well as direct sequencing results and its relationship to the etiology of encephalitis and meningitis should be interpreted with caution.