• JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
 
  Bookmark and Share
 
 
Master's Dissertation
DOI
Document
Author
Full name
Mina Cintho Ozahata
E-mail
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
São Paulo, 2014
Supervisor
Committee
Ferreira, João Eduardo (President)
Diaz, Ricardo Sobhie
Hashimoto, Ronaldo Fumio
Title in Portuguese
Framework para classificação das mutações de vírus HIV
Keywords in Portuguese
Biclustering
Clustering
HIV
Mutations
Abstract in Portuguese
Um grande número de medicamentos utilizados no tratamento contra o HIV agem procurando inibir a ação das proteínas transcriptase reversa e protease. Mutações existentes nas sequências dessas proteínas podem estar relacionadas à resistência aos medicamentos e podem prejudicar o desempenho de um tratamento. O estudo do genótipo dos vírus pode ajudar na tomada de escolhas específicas em tratamentos para cada indivíduo, tornando maiores a chance de sucesso. Com a maior acessibilidade a exames de genotipagem, uma grande quantidade de sequências do vírus está disponível, contendo um grande volume de informação. Padrões de ocorrência de mutações são exemplos de informações contidas nessas sequências e são importantes por estarem relacionados à resistência aos medicamentos. Um dos caminhos que pode ser capaz de nos levar ao entendimento desses padrões de mutações é a aplicação de técnicas de agrupamento e biclustering. Essas técnicas visam a geração de grupos ou biclusters que possuam dados com propriedades em comum. São empregadas em casos em que não há grande quantidade de informação prévia e existem poucas hipóteses sobre os dados. Assim, pode-se encontrar os padrões de mutações que ocorrem nessas sequências e tentar relacioná-los com a resistência aos medicamentos, utilizando métodos de agrupamento e bicluster em sequências de protease e transcriptase reversa. Existem alguns sistemas que tentam predizer a resistência ou susceptibilidade das sequências, porém, devido à grande complexidade dessa relação, ainda é necessário esclarecer o vínculo entre combinações de mutações e níveis de resistência fenotípica. Desta forma, a principal contribuição deste trabalho é o desenvolvimento de um framework baseado na aplicação dos algoritmos KMédias e Bimax às sequências de transcriptase reversa e protease de pacientes infectados com HIV, em uma codificação binária. O presente trabalho também introduz uma representação visual dos grupos e biclusters baseada em dados de microarranjos para casos em que se tem grandes volumes de dados, de forma a facilitar a visualização da informação extraída e a caracterização dos grupos e biclusters no domínio da doença.
Title in English
HIV mutation classification framework
Keywords in English
Clustering
HIV
Protease
Reverse transcriptase
Abstract in English
Drugs used in HIV treatment intend to inhibit protease and reverse transcriptase. Mutations in the sequences of these proteins can be related to drug resistance and can reduce treatment efficacy. Studying virus genotype may help choosing specific treatments for each patient, increasing success probability. As genotyping tests become available, a great amount of virus sequences, which comprehend lots of information, are more accessible. Patterns of mutation are examples of information comprised in the sequences and are important since are related to drug resistance. One way that can lead to the understanding of these mutation patterns is the use of clustering and biclustering techniques. These techniques search for clusters or biclusters comprising data with similar attributes. They are used when there is not a lot of previous information and there are few hypothesis about the data. Therefore, it may be possible to find patterns of mutations in the sequences and to relate them to drug resistance using clustering and biclustering techniques with protease and reverse transcriptase sequences. There are a few systems that predict drug resistance according to the sequence of the virus, however, due to the complexity of the relationship, it is still necessary to elucidate the connection between mutation combinations and the level of phenotypic resistance. Accordingly, this work main contribution is the development of a framework based on Kmeans and Bimax algorithms with protease and reverse transcriptase sequences from HIV patients in a binary form. This work also presents a visual representation of the clusters and biclusters based on microarray data suitable for large data volumes, helping the visualization of information extracted from data and cluster and bicluster characterization in the disease domain.
 
WARNING - Viewing this document is conditioned on your acceptance of the following terms of use:
This document is only for private use for research and teaching activities. Reproduction for commercial use is forbidden. This rights cover the whole data about this document as well as its contents. Any uses or copies of this document in whole or in part must include the author's name.
mestrado.pdf (14.18 Mbytes)
Publishing Date
2019-08-08
 
WARNING: Learn what derived works are clicking here.
All rights of the thesis/dissertation are from the authors
CeTI-SC/STI
Digital Library of Theses and Dissertations of USP. Copyright © 2001-2022. All rights reserved.