Um experimento in silico envolve a execução de um conjunto de atividades de análise normalmente suportadas por uma ou mais ferramentas dedicadas. Estas ferramentas são, em geral, produzidas como programas de linha de comando executados localmente. Um serviço web pode ser criado de modo a adaptar uma ferramenta de análise existente, provendo ao usuário uma interface web adequada e invocando de maneira transparente a ferramenta de análise sobre os dados submetidos. Porém, o desenvolvimento de serviços web adaptadores requer conhecimentos técnicos específicos pouco comuns a bioinformatas em geral e biologistas em particular. Adicionalmente, a falta de um modelo de referência para guiar o desenvolvimento destes serviços leva a proliferação de serviços de análise com diferentes características, o que dificulta o maior reúso dos serviços desenvolvidos.Nesse cenário, a disponibilidade de processos de desenvolvimento que facilitem a obtenção de um serviço adaptador maduro e padronizado facilitada é altamente desejável. Por esta razão, este trabalho teve por objetivo investigar o uso de abordagens de desenvolvimento baseadas em modelos para o suporte ao desenvolvimento e à utilização de serviços web de análise em bioinformática. Nesse sentido, este trabalho propõe inicialmente um modelo de referência para serviços de análise em bioinformática, de modo a guiar o desenvolvimento desses serviços e obter interfaces RESTful maduras. Em seguida, o trabalho propõe um processo de desenvolvimento orientado a modelos para serviços de análise adaptadores, seus clientes e descrições, e provê uma infraestrutura de suporte para esse processo de desenvolvimento. Por fim, o processo de desenvolvimento proposto foi aplicado à reengenharia de um repositório de serviços para a realização de análises de expressão gênica, obtendo um novo conjunto de serviços mais maduros e com menor esforço de desenvolvimento que aquele despendido na criação dos serviços iniciais. Acreditamos que este trabalho fomenta o desenvolvimento de serviços de análise em bioinformática ao permitir ao especialista do domínio a produção de serviços adaptadores maduros, bem como de seus clientes e suas descrições, mais rapidamente.

An in silico experiment demands the execution of a number of activities supported by one or more dedicated command-line tools. A analysis web service may be created to adapt an existing analysis tool, exposing a suitable web interface to its user while still executing the original tool over user-submitted data in the background. However, the development of an adapter web service requires technical knowledge unusually detained by bioinformaticians and biologists. Additionally, the lack of a well-known reference model to guide the development of mature analysis services leads to the proliferation of services that have distinct characteristics, hindering the reuse of these services in different contexts. Thus, the availability of a development process that facilitates the development of mature and consistent adapter services is highly desirable. This research aimed at studying the use of model-based approaches to support the development and use of analysis web services in bioinformatics. First, this work proposes a reference model for bioinformatics analysis services to guide the development of mature RESTful analysis services. Then, the work proposes a model-based development process for adapter services, their clients and their descriptions, and provides a support infrastructure for the development process.