Estudos epidemiológicos têm mostrado que a propagação e disseminação de bactérias resistentes a antibióticos de uso clínico, não é um problema restrito a hospitais, mas também se estende ao meio ambiente e alimentos. O Brasil é um dos maiores produtores e exportadores de alimentos, tanto de origem vegetal quanto animal e para manter sua elevada produtividade de carnes, tem adotado o uso de antimicrobianos extensivamente na cadeira produtiva da carne. O objetivo do trabalho é obter e analisar dados genômicos de bactérias Gram-negativas resistentes aos antibióticos de importância médica, isoladas de produtos cárneos de sistemas de produção livre de antibióticos e de produção convencional. Foram analisadas amostras comerciais de carne de frango (n=12), carne bovina (n=10) e carne suína (n=10), de diferentes marcas, coletadas entre agosto de 2019 a fevereiro de 2020. As amostras foram triadas em ágar MacConkey suplementado com ceftriaxona e colistina, a fim de selecionar fenótipos de produção de ESBL (β-lactamases de espectro estendido), pAmpC e MCR (mobile colistin resistance). Os isolados foram identificados pela técnica MALDI-TOF e foram submetidos ao teste de suscetibilidade antimicrobiana pela técnica do disco-difusão. Do total de amostras analisadas, 46,9% foi positiva para Escherichia coli (n=15) multirresistente, e destas, nove foram sequenciadas na plataforma Illumina. A análise das sequencias revelou a presença dos genes bla_CMY-2, bla_CTX-M-8 e bla_CTX-M-55, os quais conferem resistência a penicilinas e cefalosporinas de amplo espectro, utilizadas no tratamento de infecções humanas e veterinárias; além de outros genes e mutações que conferem resistência a tetraciclinas (tetA, tetB), sulfonamidas (sul1, sul2), fosfomicina (fosA3), quinolonas [gyrA (S83L, D87N, D87G), parC (S80I)], aminoglicosídeos [aadA1, ant(3'')-Ia, aac(3)-Via, aadA2, aph(6)-Id, aph(3'')-Ib] e macrolídeos [mdf(A) ]. Genes de tolerância para metais pesados (incluindo arsênico, telúrio e mercúrio), desinfetantes (amônios quaternários) e agrotóxicos (glifosato) foram também preditos. Além disso, foram identificados genes de virulência que codificam para toxinas, aderência, sideróforos e sistema de secreção. As cepas pertenceram aos clones internacionais sequência tipo ST38, ST2179, ST443, ST57, ST117. Nossos resultados reportam a presença de patógenos de prioridade crítica em carnes antibiotic-free, alertando sobre a possibilidade de que alimentos de origem animal possam ser fontes que contribuem para a disseminação silenciosa destes patógenos, e/ou seus genes de resistência.

Epidemiological studies have shown that the propagation and spread of bacteria resistant to antibiotics in clinical use, is not a problem restricted to hospitals, but also extends to the environment and food. Brazil is one of the largest food producers and exporters, both plant and animal origin and to maintain its high productivity of meat, it has adopted the use of antimicrobial extensively in the production chain of meat. The objective of the work is to obtain and analyze genomic data of Gram-negative bacteria resistant to antibiotics of medical importance, isolated from meat products of antibioticfree and conventional production systems. Analyzed commercial samples of chicken (n = 12), beef (n = 10) and pork (n = 10) of different marks, collected from August 2019 to February 2020. Samples were screened on agar MacConkey supplemented with ceftriaxone and colistin, in order to select phenotypes of production of ESBL (extended-spectrum β-lactamases), pAmpC and MCR (mobile colistin resistance). The isolates were identified by the MALDI-TOF technique and were subjected to the antimicrobial susceptibility test by the disk-diffusion technique. Of the total samples analyzed, 46.9% were positive for Escherichia coli (n = 15) MDR, and these nine were sequenced on the Illumina platform. Sequence analysis revealed the presence of genes bla_CMY-2, bla_CTX-M-8 e bla_CTX-M-55, which provide resistance to penicillins and cephalosporins of broad spectrum, used in the treatment of human and veterinary infections; in addition to other genes and mutations that confer resistance to tetracyclines (tetA, tetB), sulfonamides (sul1, sul2), fosfomycin (fosA3), quinolones [gyrA (S83L,D87N,D87G), parC (S80I)], aminoglycosides [aadA1, ant(3'')-Ia, aac(3)-Via, aadA2, aph(6)-Id, aph(3'')-Ib] e macrolídeos [mdf(A)]. Tolerance genes for heavy metals (including arsenic, tellurium and mercury), disinfectants (quaternary ammonia) and pesticides (glyphosate) were also predicted. In addition, virulence genes that code for toxins, adherence, siderophores and secretion system have been identified. The strains belonged to the international clones of type ST38, ST2179, ST443, ST57, ST117. Our results report the presence of pathogens of critical priority in antibiotic-free meats, warning about the possibility that foods of animal origin may be sources that contribute to the silent spread of these pathogens, and / or their resistance genes.