Sequenciamento de nova geração para rastreamento de mutações de resistência aos novos medicamentos utilizados no tratamento da hepatite C.

Gaspareto, Karine Vieira

doi:10.11606/T.87.2018.tde-25092018-163244

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Tese de Doutorado

DOI

https://doi.org/10.11606/T.87.2018.tde-25092018-163244

Documento

Tese de Doutorado

Autor

Gaspareto, Karine Vieira (Catálogo USP)

Nome completo

Karine Vieira Gaspareto

Unidade da USP

Interunidades em Biotecnologia

Área do Conhecimento

Biotecnologia

Data de Defesa

2017-02-17

Imprenta

São Paulo, 2017

Orientador

Pinho, João Renato Rebello (Catálogo USP)

Banca examinadora

Pinho, João Renato Rebello (Presidente)
Jorge, Soraia Attie Calil
Menck, Carlos Frederico Martins
Strauss, Bryan Eric
Wolff, José Luiz Caldas

Título em português

Sequenciamento de nova geração para rastreamento de mutações de resistência aos novos medicamentos utilizados no tratamento da hepatite C.

Palavras-chave em português

Antivirais
Biologia molecular
Mutação
Sequenciamento genético
Vírus da hepatite C

Resumo em português

O presente estudo realizou o sequenciamento de nova geração do vírus da hepatite C genótipo 1, incluindo os subtipos 1a (n=51) e 1b (n=49), e identificou variantes associadas com resistência (RAV) aos antivirais de ação direta em pacientes sem tratamento prévio. No subtipo 1a, foram encontradas RAV para as regiões NS3-4A, NS5A e NS5B em 10%, 22% e 8% dos pacientes, respectivamente. RAV detectadas foram: T54S (2%), V55A (2%), Q80K (4%) e R155K (2%) na protease NS3-4A; Q30H (4%), H58P (10%) e Q30H/R+Y93C/H/N (8%) na região NS5A; e A421V (8%) na polimerase NS5B. As frequências das RAV para o subtipo 1b foram 12%, 53% e 31% para as regiões NS3-4A, NS5A e NS5B, respectivamente. Foram encontradas as RAV F43I (2%), T54S (4%), Q80H (2%), D168E (2%) e M175L (2%) na região NS3-4A; L28M (2%), R30Q (2%), L31M (2%), Q54H (27%), A92T (2%), Y93H (4%), Q54H+A92T (6%), Q54H+Y93H (6%) e A92T+Y93H (2%) na região NS5A e, L159F (2%), C316N (4%), A421V (7%), L159F+C316N (9%) e S556G (9%) na polimerase. Utilizando esta metodologia, um recombinante inter-subtipo 1a/1b foi identificado.

Título em inglês

Next-generation sequencing to identify resistance mutations on new antiviral drugs used for treatment of hepatitis C.

Palavras-chave em inglês

Antivirals
Genetic sequencing
Hepatitis C virus
Molecular biology
Mutation

Resumo em inglês

This study performed the next-generation sequencing of the hepatitis C virus genotype 1, including subtypes 1a (n = 51) and 1b (n = 49), and identified resistance-associated variants (RAVs) to direct-acting antivirals in previously untreated patients. In subtype 1a, RAVs were found for NS3-4A, NS5A, and NS5B regions in 10%, 22% and 8% of patients, respectively. RAVs detected were: T54S (2%), V55A (2%), Q80K (4%) and R155K (2%) in NS3-4A protease; Q30H (4%), H58P (10%) and Q30H/R+Y93C/H/N (8%) in NS5A region; and A421V (8%) in NS5B polymerase. Frequencies of RAV for subtype 1b were 12%, 53% and 31% for NS3-4A, NS5A and NS5B regions, respectively. RAVs F43I (2%), T54S (4%), Q80H (2%), D168E (2%) and M175L (2%) were found in NS3-4a region; L28M (2%), R30Q (2%), L31M (2%), Q54H (27%), A92T (2%), Y93H (4%), Q54H+A92T (6%), Q54H+Y93H (6%) and A92T+Y93H (2%) in NS5A region and, L159F (2%), C316N (4%), A421V (7%), L159F+C316N (9%) and S556G (9%) in polymerase. By using this methodology, a recombinant inter-subtype 1a/1b was identified.

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Data de Publicação

2018-09-25

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