O lobo-guará (Chrysocyon brachyurus), a raposa-do-campo (Lycalopex vetulus) e o cachorro-do-mato (Cerdocyon thous), são canídeos que vivem no Cerrado e estão sob constantes ameaças entre elas a transmissão de doenças infecciosas. Neste contexto, amostras dos canídeos silvestres do cerrado, bem como dos cães domésticos que habitam uma mesma região foram obtidas para um estudo de bactérias cultiváveis presentes em cavidade oral e retal destes animais. Foram obtidos 1535 isolados bacterianos ciopreservados para o estabelecimento de uma coleção de culturas. Foram identificados potenciais patógenos e novas associações entre microrganismo e hospedeiros foram descritas, evidenciando o quanto a microbiota de canídeos silvestres é pouco conhecida. Para demonstrar o potencial biotecnológico de uma coleção de culturas provenientes de animais silvestres, microrganismos selecionados foram testados para a avaliação da produção de biopolimeros como os polihidroxialcanoatos e os biossurfactantes, como ramnolipídeos. Para a produção em escala industrial, o grande desafio é torná-la economicamente viável. Para isso, algumas estratégias são utilizadas, dentre elas, a prospecção de microrganismos que apresentem uma boa capacidade de produção a partir de substratos baratos e renováveis. Neste trabalho, foram encontrados microrganismos capazes de produzir polihidroxialcanoatos e ramnolipídeos, sendo que um isolado, MA09B que apresentou melhores resultados para a produção de polihidroxialcanoatos a partir de glicerol, um subproduto do biodiesel, foi selecionado para ensaios em biorreatores. Este isolado apresentou resultados promissores para futuros ajustes para aplicação em escala industrial, o que indica que isolados bacterianos em animais silvestres podem ser uma nova fonte para a busca de bons produtores de polihidroxialcanoatos e ramnolipídeos. O estudo taxonômico e fenotípico de Pseudomonas sp. MA09B e 416O foi realizado, e demonstrou que, em ambos os casos, testes adicionais são necessários para determinar sua posição taxonômica ou possível nova descrição de espécie.

The maned wolf (Chrysocyon brachyurus), the hoary-fox (Lycalopex vetulus and the crab-eating fox (Cerdocyon thous) are canid species that inhabit the Cerrado biome. These species currently endure a variety of threats, of which infectious disease is significant. In this context, samples of wild canids from the Cerrado biome and domestic dogs that inhabit the same region were obtained for a study of cultivable bacteria in their oral and rectal cavities. 1535 bacterial isolates were obtained and cryopreserved and a culture collection was established. Potential pathogens were identified and new associations between microorganisms and hosts were described, showing how scarce the knowledge about the microbiota of wild canids is. To demonstrate the biotechnological potential of a collection of cultures from wild animals, selected microorganisms were tested to evaluate the production of biopolymers such as polyhydroxyalkanoates and biosurfactants like rhamnolipids. While both have the potential to be produced on an industrial scale, this process is often limited by its economic feasibility. For this, some strategies can be applied, among them, the prospection of microorganisms that present good production capacity from cheap and renewable substrates. In this study, microorganisms capable of producing polyhydroxyalkanoates and rhamnolipids were found, and an isolate, MA09B, which presented better results to produce polyhydroxyalkanoates using glycerol, a biodiesel by-product, was selected for tests in bioreactors. This strain showed promising results for future adjustments for application on an industrial scale, which indicates that bacterial isolates in wild animals may be a new source for the search for good producers of polyhydroxyalkanoates and rhamnolipids. A taxonomic and phenotypic study of Pseudomonas sp. MA09B and 416O was performed, and demonstrated that, in both cases, additional tests are needed to determine their taxonomic position or possible new species description.