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Thèse de Doctorat
DOI
https://doi.org/10.11606/T.87.2022.tde-08122022-113314
Document
Auteur
Nom complet
Edson Galdino do Nascimento Filho
Unité de l'USP
Domain de Connaissance
Date de Soutenance
Editeur
São Paulo, 2022
Directeur
Jury
Nascimento, Ana Lucia Tabet Oller do (Président)
Batista, Wagner Luiz
Carvalho, Cristiane Rodrigues Guzzo
Cunha, Júlia Pinheiro Chagas da
Moretti, Nilmar Sílvio
Severino, Patrícia
Titre en portugais
Identificação dos fatores de virulência da Leptospira interrogans através de análises proteômicas comparativas
Mots-clés en portugais
Leptospira biflexa
Leptospira interrogans
análise comparativa
leptospirose
patogênese
proteômica
virulência
Resumé en portugais
Leptospira é um gênero de bactérias espiroquetas que inclui espécies saprofíticas ou não patogênicas de vida livre encontradas em água ou solo, e espécies patogênicas, que são os agentes etiológicos da leptospirose. Esta doença é uma zoonose de incidência global, ocorrendo principalmente em países tropicais e subtropicais. A leptospirose pode ser assintomática ou sintomática com quadros clínicos variáveis nos seres humanos. Os determinantes de virulência e patogenicidade das leptospiras ainda permanecem pouco compreendidos. Em vista disso, foi realizada uma análise global das proteínas expressas na espécie saprofítica, L. biflexa, para comparar com o proteoma da espécie patogênica, L. interrogans, disponível na literatura. A partir desta análise comparativa, o objetivo principal seria reconhecer os potenciais alvos envolvidos na virulência e patogênese da L. interrogans. Foram identificadas 2.327 proteínas por espectrometria de massas na L. biflexa representando 64% das proteínas preditas no genoma desta bactéria. As proteínas identificadas nas duas espécies apresentaram uniformidade funcional pelo software COG. Aproximadamente 80% das proteínas tiveram localizações subcelulares definidas pelo software PSORTb, e 21% das proteínas apresentaram peptídeos sinais de exportação pelos softwares SignalP e LipoP. As vias metabólicas do complexo B (B1, B2, B6, B7 e B9) foram identificadas nas duas espécies de leptospiras, já as vias B12 e do ácido siálico apenas na espécie patogênica. Também foram identificadas as proteínas ortólogas e exclusivas nas duas espécies de leptospiras pelo software Get Homologues. As proteínas ortólogas foram posteriormente classificadas como pouco conservadas e conservadas. Destas análises, selecionaram-se apenas as proteínas pouco conservadas e as proteínas exclusivas da L. interrogans para serem melhor investigadas conforme os resultados obtidos sobre função biológica (COG), localização subcelular (PSORTb e CELLO) e peptídeo sinal de exportação (SignalP e LipoP), juntamente das análises de domínios estruturais pelos softwares Pfam e SMART. Um total de 1.109 proteínas foi previamente selecionado na L. interrogans. Deste total, selecionamos 738 proteínas com domínios estruturais (108 pouco conservadas e 93 exclusivas) e 123 proteínas sem domínios estruturais (59 pouco conservadas e 64 exclusivas). Estas últimas foram baseadas exclusivamente em suas localizações como proteínas de membrana externa, extracelulares e proteínas sem localização definida. Segundo esses critérios, temos 861 proteínas selecionadas como potencias alvos envolvidos na virulência das leptospiras patogênicas.
Titre en anglais
Identification of Leptospira interrogans virulence factors through comparative proteomic analysis.
Mots-clés en anglais
Leptospira biflexa
Leptospira interrogans
comparative analyses
pathogenesis and leptospirosis
proteomics
virulence
Resumé en anglais
Leptospira is a genus of spirochete bacteria that includes free-living saprophytic or non-pathogenic species found in water or soil, and pathogenic species, which are the etiologic agents of leptospirosis. This disease is a zoonosis of global incidence, occurring mainly in tropical and subtropical countries. Leptospirosis can be asymptomatic or symptomatic with variable clinical conditions in humans. The virulence and pathogenicity determinants of leptospires still remain poorly understood. In view of this, we performed a global analysis of the proteins expressed in the saprophytic species, L. biflexa, to compare with the proteome of the pathogenic species, L. interrogans, available in the literature. From this comparative analysis, the main objective is to recognize the potential targets involved in virulence and pathogenesis of L. interrogans. A total of 2,327 proteins were identified by mass spectrometry in L. biflexa representing 64% of the predicted proteins in the genome of this saprophytic species. The proteins identified in both species showed some functional uniformity by the COG software. Approximately 80% of the proteins had subcellular locations defined by the PSORTb software, and 21% of the proteins showed signal peptides predicted by SignalP and LipoP softwares. The vitamin B complex metabolic pathways (B1, B2, B6, B7 and B9) were identified in both species of leptospires, whereas the B12 and sialic acid pathways were identified only in the pathogenic species. The orthologous and exclusive proteins in the two species of leptospires were also identified by the software Get Homologues. The orthologous proteins were later classified as low conserved and conserved. From these analyses, only low conserved and exclusive proteins to L. interrogans were selected to be better investigated according to the results obtained on biological function (COG), subcellular localization (PSORTb and CELLO) and export signal peptide (SignalP and LipoP), together with the analysis of structural domains by Pfam and SMART softwares. A total of 1,109 proteins were previously selected in L. interrogans. From this total, we selected 738 proteins with structural domains (108 low conserved and 93 unique) and 123 proteins without structural domains (59 low conserved and 64 unique). The latter were based exclusively on their locations as outer membrane proteins, extracellular proteins and proteins with no defined location. According to these criteria, we have 861 proteins selected as potential targets involved in the virulence of pathogenic leptospires.
 
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Date de Publication
2022-12-09
 
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