O desmatamento e as mudanças de ambiente causadas pelo homem levam a drásticas alterações dos padrões de migração das aves. A contínua perda e fragmentação do habitat ao longo dos corredores das grandes rotas migratórias criam gargalos, resultando em superpopulação e aglomerados de espécies contribuem para aquisição e carreamento de diferentes patógenos ao longo destas rotas, incluindo os coronavirus (CoVs). Maiores vírus de RNA conhecidos, os CoVs possuem grande capacidade de se adaptar a novos hospedeiros e nichos ecológicos, sendo a emergência dos vírus causadores da SARS e da MERS, a partir de vírus de morcegos, os exemplos mais notáveis. Apesar de sua relevância e da complexidade destes agentes, são escassos os estudos de detecção e caracterização genética destes vírus, em especial em aves selvagens. Desta forma este trabalho visa detectar, analisar e discutir a diversidade destes agentes em aves nos locais de parada e invernada de aves migratórias. Para tal, 852 amostras aviárias provenientes de diferentes regiões do Brasil foram submetidas a extração de RNA total seguida das reações de Transcrição Reversa (RT), Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) e Nested-PCR, com primers que têm como alvo uma região do ORF 1ab codificante do gene da RpRd viral, e os resultados foram visualizados através de eletroforese em gel de agarose. Deste total, 15 apresentaram resultados positivos para CoVs sendo que em 5 delas foi possível a confirmação por sequenciamento pelo método de Sanger. Adicionalmente, outras 6 amostras de CoVs de um estudo anterior*, foram analisadas visando dar continuidade nos estudos de caracterização viral. Na análise filogenética das sequências da região da ORF 1ab destas 11 amostras, 3 delas se agruparam com o gênero dos Deltacoronavírus. Este grupo tem especial importância por ter um reconhecido potencial de transmissão e emergência de aves para mamíferos, a exemplo do PorCoV HKU15, associado a surtos fatais em suínos. As 8 demais amostras foram agrupadas com o gênero dos Gammacoronavírus, ao qual pertence o vírus causador da doença da Bronquite Infecciosa em galinhas, o mais conhecido CoV aviário, causador de grandes perdas econômicas, que se desenvolve no trato respiratório, reprodutor, gastrointestinal e rins. Com a finalidade de obter sequências também de outras regiões do vírus, foi possível a submissão de 6 destas amostras à plataforma Ion Torrent S5™ System. Duas delas resultaram em sequências das regiões N e 3’UTR, que não somente confirmaram o agrupamento destas amostras com o gênero dos Gammacoronavirus, mas também demonstraram a proximidade destes ao vírus causador da Bronquite Infecciosa em galinhas. Este trabalho demonstrou presença de Coronavírus em amostras de aves silvestres e domésticas em diversos pontos das rotas migratórias brasileiras e a caracterização de algumas destas amostras, colaborando assim para o entendimento da epidemiologia deste agente. "Coronavírus em aves silvestres e domésticas provenientes de diferentes regiões do Brasil" *

Deforestation and man-made changes in the environment lead to drastic changes in bird capture patterns. Continuous habitat loss and fragmentation along the corridors of major migratory routes creates bottlenecks, resulting in overpopulation and clusters of species contributing to the acquisition and creation of different pathogens in recent periods, including CoVs. Largest known RNA viruses, CoVs have a great ability to adapt new hosts and ecological niches, being the SARS and MERS viruses, both that emerged from bat viruses, the most notable examples. Despite the relevance and complexity of these agents, studies on the detection and genetic characterization of these viruses are scarce, especially in wild birds. Thus, this paper aims to detect, analyze and discuss the diversity of these agents in birds at migratory bird stop and wintering sites. Despite the relevance and the complexity of these agents, studies on the detection and genetic characterization of these viruses are scarce, especially in wild birds. Thus, this work aims to detect, analyze and discuss the diversity of these agents in birds at migratory stop and wintering sites. Therefore, 852 avian samples from different regions of Brazil were subjected to total RNA extraction followed by Reverse Transcription (RT), Polymerase Chain Reaction (PCR) and Nested-PCR reactions, with primers targeting one region. ORF 1ab coding for the viral RpRd gene, and the results were visualized by agarose gel electrophoresis. Of this total, 15 showed positive results for CoVs and in 5 of them it was possible to confirm by sequencing by the Sanger method. Additionally, 6 other CoV samples from a previous study * were analyzed to continue viral characterization studies. In the phylogenetic analysis of the ORF 1ab region sequences of these 11 samples, 3 of them were grouped with the Deltacoronavirus genus. This group is of particular importance because it has a recognized potential for transmission and emergence from poultry to mammals, such as PorCoV HKU15, associated with fatal swine outbreaks. The remaining 8 samples were grouped with the genus Gammacoronavirus, to which belongs the virus that causes infectious bronchitis disease in chickens, the best known avian CoV, which causes great economic losses, which develops in the respiratory, reproductive, gastrointestinal and kidney tract. . In order to obtain sequences also from other regions of the virus, it was possible to submit 6 of these samples to the Ion Torrent S5 ™System platform. Two of them resulted in sequences from the N and 3’UTR regions, which not only confirmed the grouping of these samples with the Gammacoronavirus genus, but also demonstrated their proximity to the infectious bronchitis virus in chickens. This work demonstrated the presence of coronaviruses in wild and domestic bird samples in several points of the Brazilian migratory routes and the characterization of some of these samples, thus contributing to the understanding of the epidemiology of this agent. "Coronavirus in wild and domestic birds from different regions of Brazil" *