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Dissertação de Mestrado
DOI
https://doi.org/10.11606/D.76.2022.tde-14022023-110706
Documento
Autor
Nome completo
Eloy Condori Mamani
E-mail
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
São Carlos, 2022
Orientador
Banca examinadora
Araujo, Ana Paula Ulian de (Presidente)
Itri, Rosangela
Zeraik, Ana Eliza
Título em português
Engenharia de septinas: quimeras envolvendo o C-terminal
Palavras-chave em português
Coiled-coil
Interface de interação
Proteína quimérica
Septina
Resumo em português
As septinas são proteínas citoesqueléticas que participam de muitos processos celulares e são encontradas em diversos eucariotos. Uma propriedade importante das subunidades de septinas é sua capacidade de interagir entre si formando heterocomplexos, os quais se polimerizam em filamentos funcionais. As septinas possuem três domínios estruturais, o domínio N-terminal variável; o domínio G ou domínio de ligação ao nucleotídeo altamente conservado; e o domínio C-terminal, de tamanho variável. Estudos já mostraram que o domínio G das septinas é necessário e suficiente para a formação e polimerização dos heterocomplexos, mas regiões além do domínio G podem ser determinantes para a escolha da septina parceira. Assim, neste trabalho foram produzidas septinas humanas quiméricas na tentativa de avaliar a importância do domínio C-terminal na seleção de parceiros para interação septina-septina. Partindo das interações observadas no modelo hexamérico canônico de septinas 2-6-7-7-6-2, foram construídas proteínas quiméricas pela fusão das regiões codificantes do domínio G de SEPT9 (que não participa do hexâmero) com a região C-terminal de SEPT7. Inicialmente, duas versões quiméricas foram produzidas, sendo que ambas foram capazes de interagir com SEPT2GSEPT6 formando um complexo 2-6-9/7. Análises por SEC-MALS de complexos sugerem que hexâmeros quiméricos podem ser formados, mas experimentos adicionais ainda são necessários. Para ampliar o entendimento das interfaces de interação, realizou-se uma modelagem do complexo formado entre a quimera e SEPT6. Esta análise permitiu identificar resíduos importantes na interface do coiled-coil heterodimérico formado entre os C-terminais, os quais aumentam a área de contato e proporcionam maior estabilidade ao complexo. Além disso, considerando a formação de um hexâmero, novas interfaces potenciais também foram modeladas e avaliadas. Em conjunto, os resultados mostraram que é possível substituir SEPT7 por SEPT9 no complexo 2-6-7, apenas pela inclusão do domínio C-terminal de SEPT7 no domínio G de SEPT9. Ainda, a formação dos complexos quiméricos amplia a importância da região C-terminal para a correta seletividade da septina parceira.
Título em inglês
Septin engineering: chimeras involving the C-terminal
Palavras-chave em inglês
Chimeric protein
Coiled-coil
Interaction interface
Septin
Resumo em inglês
Septins are cytoskeletal proteins that participate in many cellular processes and are found in several eukaryotes. An important property of septin subunits is their ability to interact with each other to form heterocomplexes, which polymerize into functional filaments. Septins have three structural domains, the N-terminal variable domain; the highly conserved G domain or nucleotide binding domain; and the C-terminal domain, of variable length. Studies have already shown that the G domain of septins is necessary and sufficient for the formation and polymerization of heterocomplexes, but regions beyond the G domain can be decisive for the choice of the septin partner. Thus, in this work chimeric human septins were produced in an attempt to assess the importance of the C-terminal domain in the selection of partners for septinseptin interaction. Based on the interactions observed in the canonical hexamer model of septins 2-6-7-7-6-2, chimeric proteins were constructed by fusing the coding regions for the G domain of SEPT9 (which does not participate in the hexamer) with the C-terminal region of SEPT7. Initially, two chimeric versions were produced, both of which were able to interact with SEPT2G-SEPT6 forming a 2-6-9/7 complex. SEC-MALS analyzes of complexes suggest that chimeric hexamers can be formed, but further experiments are still needed. To broaden the understanding of the interaction interfaces, a modeling of the complex formed between the chimera and SEPT6 was carried out. This analysis allowed us to identify important residues in the heterodimeric coiled-coil interface formed between the C-terminals, which increase the contact area and provide greater stability to the complex. Furthermore, considering the formation of a hexamer, new potential interfaces were also modeled and evaluated. Taken together, the results showed that it is possible to replace SEPT7 with SEPT9 in the 2-6-7 complex, just by including the C-terminal domain of SEPT7 in the G domain of SEPT9. Furthermore, the formation of chimeric complexes increases the importance of the C-terminal region for the correct selectivity of the partner septin.
 
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Data de Publicação
2023-02-16
 
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