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Dissertação de Mestrado
DOI
10.11606/D.76.2006.tde-27112014-115821
Documento
Autor
Nome completo
Pablo Rodrigo Sanches
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
São Carlos, 2006
Orientador
Banca examinadora
Costa, Luciano da Fontoura (Presidente)
Carrer, Helaine
Ferreira, João Eduardo
Título em português
Sistema de gerenciamento e análise de dados por bioinformática
Palavras-chave em português
Bioinformática
Expressão gênica
Pipeline
Resumo em português
Os projetos para estudo de genomas ou genes expressos partem de uma etapa de seqüenciamento no qual são gerados em laboratório dados brutos, ou seja, seqüências de DNA sem significado biológico. Estas seqüências de DNA possuem códigos responsáveis pela produção de RNAs e proteínas. O grande desafio dos pesquisadores consiste em analisar essas seqüências e obter informações biologicamente relevantes. Durante esta análise diversos programas de computador, além de um grande volume de dados armazenados em fontes de dados biológicas, são utilizados. Assim sendo, o presente trabalho prop6s a elaboração de um sistema computacional que permite a análise de dados sobre biologia molecular e facilite a instanciação do software dependendo do ambiente de trabalho e tipo de projeto de análise. Para este sistema foi dado o nome de Sistema de Gerenciamento de Análise de Dados por Bioinformática - SGADBio. O trabalho apresenta o desenvolvimento do sistema baseado em metodologias de Engenharia de Software, além dos módulos e funções disponíveis. Seqüências oriundas de um projeto de ESTs do fungo dermatófito Trichophyton rubrum, geradas em um laboratório de biologia molecular, foram submetidas ao sistema para análise. Os resultados são expressivos, demonstrando que o sistema é adequado e capaz de adaptar se a projetos envolvendo seqüenciamento
Título em inglês
Not available
Palavras-chave em inglês
Not available
Resumo em inglês
Projects involving the study of genomes and expressed genes typically initiate with the raw data generated by laboratory sequencing of DNA, devoid of any biological meaning. However, such sequences contain the codes for the production of RNAs and proteins. One of the great challenges faced by researchers is the analysis of such sequences in order to obtain biologically meaningful information. Several computer programs and auxiliary databases are used for that purpose. The present work reports on the development of a computational system capable of supporting biology data analysis and it can be instantiated in order to suit specific working environments and analyses projects. This system has been called Management and Data Analysis System for Applications in Bioinformatics- SGADBio. This work presents the development of the system based on Software Engineering methodologies, as well as the involved modules and functionalities. Sequences from an EST project involving the dermatophyte fungus Trichophyton rubrum, generated in a molecular biology laboratory, were submitted to the system for analysis. The results are expressive, corroborating the versatility of the system for adaptation to sequencing projects
 
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PabloSanchesM.pdf (4.02 Mbytes)
Data de Publicação
2014-11-28
 
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