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Master's Dissertation
DOI
https://doi.org/10.11606/D.76.2022.tde-19072022-121704
Document
Author
Full name
Higor Vinícius Dias Rosa
E-mail
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
São Carlos, 2022
Supervisor
Committee
Garratt, Richard Charles (President)
Farah, Shaker Chuck
Kobarg, Jörg
Title in English
Septins and flaviviral proteases: a structural analysis
Keywords in English
Flaviviral proteases
Microcephaly
Septins
Abstract in English
In 2016, a 26-fold increase in microcephaly cases during a Zika virus outbreak alarmed the country. In these cases, during infection, the virus has as its main target the neuronal progenitor cells (NPCs), decreasing their proliferation leading to cell death, which contributes to microcephaly. By identifying the isolated effect of viral proteins on these cells, Li et al. (2019) observed that the NS2B-NS3 protease is able to mediate virus neurotoxicity, through the cleavage of host proteins essential to neurogenesis (especially septins). There was a reduction in the levels of these proteins after overexpression of the protease, confirming them as a target. In the same study, the cytotoxic effects were related to the cleavage of the C- terminal domain of septin 2, rescuing cytokinesis after the expression of septin 2 "resistant" to the cleavage. Although the cellular effects (after cleavage) were determined, the immediate effect and the importance of the cleaved region in the formation of septin structures was still unclear. It was also unknown whether the septin cleavage was specific for Zika or whether other flavivirus proteases could cleave them. In this work, truncated septin constructions were used to assemble heterocomplexes in order to characterize them and evaluate their potential to polymerize. Proteolytic activity assays and interaction analyses involving septins, and different flavivirus proteases were also performed. Based on these studies, it was found that hexameric complexes are still able to be formed even in the absence of the C-terminal domains, despite influencing stability. However, when analysing the capacity to form filaments, it can be seen that the absence of these domains influences not only the morphology of the filaments formed but also the concentration required for the appearance of these high-order structures. More specifically, the C-terminal domain of SEPT2 cleaved by ZIKV protease proved to be critical for observing filaments at physiological concentrations, thus justifying the subsequent effects caused by its cleavage. At the same time, a specificity for the ZIKV protease in septin cleavage was observed when compared to YFV. The explanations given for the greater efficiency of this off-target cleavage are the closer correspondence between the sequence of the cleavage region in SEPT2 and the preferred sequence for ZIKV cleavage when compared to YFV, and the greater intrinsic catalytic efficiency of the protease from ZIKV. On the latter point, we observe that the two proteases show differences in their oligomerization profiles in solution, which (allied to other factors) could have some influence on catalytic activity. Finally, from the analysis of the interaction of septins with inactive proteases, it can be verified that the cleavage occurs transiently, and a stable complex between these proteins cannot be obtained. A peptide representing the sequence of the SEPT2 cleavage region was synthesized, and preliminary co-crystallization assays were performed. A possible structure of this complex would be very interesting for understanding the cleavage process and for drug development against microcephaly. We hope that all these results will help understand the implications of septin-2 cleavage and its relationship to the microcephaly caused by Zika virus infection.
Title in Portuguese
Septinas e proteases flavivirais: uma análise estrutural
Keywords in Portuguese
Microcefalia
Proteases flavivirais
Septinas
Abstract in Portuguese
Em 2016, um aumento de 26 vezes nos casos de microcefalia durante uma epidemia do vírus Zika alarmou o país. Nesses casos, durante a infecção, o vírus tem como alvo principal as células progenitoras neuronais (NPCs), diminuindo a sua proliferação levando à morte celular, que contribui para microcefalia. Ao identificar o efeito isolado de proteínas virais sobre essas células, Li et al. (2019) observaram que a protease NS2B-NS3 é capaz de mediar a neurotoxicidade do vírus, por meio da clivagem de proteínas do hospedeiro essenciais à neurogênese (em especial as septinas). Verificou-se uma redução nos níveis dessas proteínas após a superexpressão da protease, confirmando-as como alvo. No mesmo estudo, os efeitos citotóxicos foram relacionados à clivagem do C-terminal da septina 2, resgatando a citocinese após expressão de septinas 2 "resistentes" à clivagem. Apesar dos efeitos celulares (após a clivagem) terem sido determinados, o efeito imediato e a importância da região clivada na formação das estruturas de septinas ainda estava obscuro. Também não era entendido, se a clivagem de septinas era específica de Zika ou se outras proteases de flavivírus poderiam clivá-las. Assim, foram utilizadas construções truncadas de septinas para a montagem de heterocomplexos a fim de caracterizá-los e avaliar potenciais de polimerização. Foram realizados, também, ensaios da atividade proteolítica e análises da interação envolvendo septinas e diferentes proteases de flavivírus. A partir desses estudos, verificou-se que os complexos hexaméricos ainda conseguem ser formados na ausência desses C-terminais, apesar destes influenciarem na estabilidade. Contudo, quando analisada a capacidade de formação de filamentos, pode-se verificar que a ausência desses domínios influencia não só na morfologia dos filamentos formados, como também na concentração necessária para o aparecimento dessas estruturas de alta ordem. Mais especificamente o C-terminal da SEPT2 clivado pela protease de ZIKV, se mostrou crítico para a observação de filamentos em concentrações fisiológicas, justificando assim os efeitos posteriores causados em decorrência de sua clivagem. Paralelamente, observou-se uma especificidade da protease do ZIKV na clivagem de septinas, quando comparado ao YFV. As explicações dadas para uma maior eficiência dessa clivagem off-target são: maior correspondência entre a sequência da região de clivagem na SEPT2 e a sequência preferidas para clivagem ZIKV, quando comparada ao YFV, e maior eficiência catalítica intrínseca da protease de ZIKV vs. YFV. Para esse último ponto, pode-se verificar que as duas proteases apresentam diferenças nos perfis de oligomerização em solução, o que (aliado a outros fatores) poderia ter algum efeito no aumento dessa atividade catalítica. Finalmente, a partir da análise da interação de septinas com proteases inativas, pode-se verificar que a clivagem ocorre de modo transiente e um complexo estável entre essas proteínas não pode ser obtido. Um peptídeo representando a sequência da região de clivagem da SEPT2 foi sintetizado e ensaios preliminares de co-cristalização foram feitos. Uma possível estrutura desse complexo seria muito interessante para o entendimento do processo de clivagem e desenvolvimento de fármacos contra a microcefalia. Esperamos que todos esses resultados ajudem a entender as implicações da clivagem da septina 2 e a relação com a microcefalia.
 
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Publishing Date
2022-08-03
 
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