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Mémoire de Maîtrise
DOI
https://doi.org/10.11606/D.74.2020.tde-28012020-112833
Document
Auteur
Nom complet
Bruna Folegatti Santana
Adresse Mail
Unité de l'USP
Domain de Connaissance
Date de Soutenance
Editeur
Pirassununga, 2019
Directeur
Jury
Ferraz, José Bento Sterman (Président)
Espigolan, Rafael
Fonseca, Ricardo da
Titre en portugais
Efeitos da endogamia sobre a uniformidade de progênie de touros Nelore
Mots-clés en portugais
Corrida de homozigose
Endogamia
Genômica
Nelore
Prepotência
Resumé en portugais
Acasalamentos endogâmicos são comumente utilizados como estratégia para o incremento da uniformidade de rebanhos, por aumentar a frequência de genótipos homozigotos na população. Este estudo tem o objetivo de identificar efeitos da endogamia sobre a uniformidade de progênie em um rebanho comercial de gado de corte da raça Nelore. Um total de 3320 animais compôs o banco de genótipos, em três densidades de painéis (~30.00, ~75.000, ~780.000 SNPs). Os painéis em baixa densidade foram imputados para alta por meio do software Fimpute. Valores genéticos (VGs) foram estimados para 595.232 animais presentes no pedigree, e para nove características: Peso ao nascimento (PESNAS), peso à desmama (PESDES), peso aos 18 meses (PES18), ganho de peso pós desmama (GP345), circunferência escrotal aos 18 meses (CE), precocidade (PREC), musculosidade (MUSC), dias para se atingir 180 Kg (D180) e dias para se atingir 300 Kg (D300). A variabilidade dos VGs foi calculada entre os descentes de um mesmo touro (mínimo de 10), para cada característica, e então os mesmos touros foram separados em dois grupos: Alta Prepotência (AP) e Baixa Prepotência (BP). Os grupos foram comparados de acordo com os níveis de três coeficientes de endogamia, um calculado por meio de registros genealógicos (FPED), outro por meio de uma matriz de relacionamento genômico (FGRM) e outro ainda por meio de corridas de homozigose (FROH). Foram também comparados quanto à caracterização de suas corridas de homozigose (ROH). De modo geral os coeficientes de endogamia não se diferiram entre os grupos. Foram encontrados associações entre prepotência e endogamia nos grupos AP. Resultados indicam que a posição no genoma em que se encontra as ROH pode influenciar o nível de prepotência.
Titre en anglais
Inbreeding effects on progeny uniformity of Nellore sires
Mots-clés en anglais
Genomics
Inbreeding
Nellore
Prepotence
Runs of homozygosity
Resumé en anglais
Inbreeding mating schemes are commonly used as strategies to increase herd uniformity, due to increasing the frequency of homozygous genotypes in the population. This study aims to identify the effects of inbreeding on progeny uniformity in a commercial herd of beef cattle in Nellore breed. A total of 3,320 animals composed the genotype data set, in three panels densities (~30,00, ~75,000, ~780,000 SNPs). Markers in low densities were imputed to high, through the FImpute software. Breeding values (EBVs) were estimated for 595,232 animals in pedigree, considering nine traits: birth weight (BW), weaning weight (WW); weight at 18 months (W18); post-weaning weight gain (PWG345), scrotal circumference at 18 months (SC), precocity (PR), muscularity (MUSC), days to reach 180 Kg (D180), and days to reach 300 Kg (D300). The variability of EBVs was calculated between offspring of the same progenitor (minimum of 10 progenies), for each trait, and bulls were split into two groups: High Prepotency and Low Prepotency. The groups were compared regarding three inbreeding coefficients, one calculated by pedigree records (FPED), other according to a genomic relationship matrix (FGRM) and one by runs of homozygosity (ROH) proportion over autosomal genome (FROH). The bulls were also compared according to ROH characterization. Although the inbreeding coefficients did not differ between groups, there were indications of an association between prepotency and ROH segments in bulls of high prepotency. Results also point that the genome position where homozygosity is found may influence prepotency.
 
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ME10227179COR.pdf (2.17 Mbytes)
ME10227179ERRATA.pdf (192.41 Kbytes)
Date de Publication
2020-02-05
 
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