• JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
  • JoomlaWorks Simple Image Rotator
 
  Bookmark and Share
 
 
Mémoire de Maîtrise
DOI
https://doi.org/10.11606/D.74.2022.tde-16082022-100642
Document
Auteur
Nom complet
Caroline Assis Almeida
Unité de l'USP
Domain de Connaissance
Date de Soutenance
Editeur
Pirassununga, 2022
Directeur
Jury
Ferraz, José Bento Sterman (Président)
Bussiman, Fernando de Oliveira
Pedrosa, Victor Breno
Titre en portugais
Inclusão da informação genômica na predição dos valores genéticos aditivos para características de eficiência alimentar e reprodutivas em bovinos da raça Nelore
Mots-clés en portugais
Bovinos de corte
Desregressão
Inferência bayesiana
Precocidade sexual
Pseudo-fenótipos
ssBLUP
Resumé en portugais
O objetivo deste estudo foi estimar os parâmetros genéticos entre as características reprodutivas e de eficiência alimentar, além de avaliar o impacto da utilização de diferentes pseudo-fenótipos na predição dessas caracteristicas. O trabalho foi desenvolvido no Grupo de Melhoramento Animal e Biotecnologia da Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos da Universidade de São Paulo em parceria com a Agro-Pecuária CFM. O banco de dados continha informações fenotípicas de 2.058 animais Nelore de características de eficiência alimentar, como o consumo alimentar residual (CAR), ganho de peso residual (GPR), consumo e ganho residual (CGR) e informações fenotípicas de 192.005 fêmeas Nelore de características reprodutivas, como a probabilidade de prenhez aos 14 meses (PP14), capacidade de permanência no rebanho (STAY) e a produtividade anual média da vaca (PRODAM). Os componentes de (co)variância foram estimados em uma análise multi-característica via inferência bayesiana. Para a predição dos valores genéticos foram utilizadas as metodologias BLUP e ssGBLUP, considerando quatro cenários de predição com diferentes variáveis respostas (fenótipo original, fenótipo ajustado para efeitos fixos, valor genético e valor genético desregredido). A fim de avaliar o impacto das predições, a estimativa do coeficiente de correlação de Pearson entre os valores genéticos e genômicos e a correlação de Spearman foram calculadas. As estimativas dos coeficientes de herdabilidade encontrados foram: 0,38 ± 0,03 para PP14, 0,10 ± 0,01 para STAY, 0,09 ± 0,01 para PRODAM, 0,22 ± 0,07 para CAR, 0,28 ± 0,09 para GPR e 0,23 ± 0,07 para CGR. As estimativas dos coeficientes de correlação genéticas entre as características de eficiência alimentar e a PP14 foram antagônicas e de magnitude moderada a baixa, sendo, 0,19 (CAR e PP14), -0,33 (GPR e PP14) e -0,24 (CGR e PP14), indicando que a seleção para essas características de eficiência alimentar podem ser prejudiciais para probabilidade de prenhez de novilhas precoces. Os coeficientes de correlação de Pearson entre os valores genéticos e genômicos preditos e a correlação de rank apresentaram-se de maneira similar quando utilizado a metodologia BLUP e ssGBLUP, no qual as maiores magnitudes dos coeficientes de correlações foram encontradas quando utilizado o valor genético desregredido como pseudo-fenótipo , além de apresentar uma menor dispersão de predição. Desse modo, os resultados indicam que o valor genético desregredido pode ser usado como uma variável de resposta alternativa para predição genômica.
Titre en anglais
Inclusion of genomic information in the prediction of additive genetic values for feed and reproductive efficiency traits in Nellore cattle
Mots-clés en anglais
Bayesian inference
Beef cattle
Deregression
Pseudo-phenotypes
Sexual precocity
ssGBLUP
Resumé en anglais
The aim of this study was to estimate the genetic parameters between reproductive and feed efficiency traits and to evaluate the impact of using different pseudo-phenotypes in the prediction of breeding values. It was developed at the Group of Animal Breeding and Biotechnology of the College of Animal Science and Food Engineering at the University of São Paulo in partnership with Agro-Pecuária CFM. The database contained phenotypic data from 194,063 Nellore animals and pedigree information from 802,057 animals. The evaluated traits were probability of pregnancy at 14 months (PP14), stayability (STAY), cumulative annual productivity (PRODAM), residual feed intake (RFI), residual body weight gain (RG), and residual intake and gain (RIG). The variance components and genetic parameters were estimated under a multi-trait analysis via Bayesian inference. We used BLUP and ssGBLUP for breeding value prediction, in which we considered four prediction scenarios with different response variables (original phenotype, phenotype adjusted for fixed effects, genetic breeding values, and deregressed breeding values). To assess the impact of the predictions, the estimate of Pearson's correlation coefficient between the genetic and genomic values and Spearman's correlation were examined. The heritability estimates were: 0.38 ± 0.03 for PP14, 0.10 ± 0.01 for STAY, 0.09 ± 0.01 for PRODAM, 0.22 ± 0.07 for RFI, 0 .28 ± 0.09 for RG and 0.23 ± 0.07 for RIG, indicating moderate response to selection for the trait PP14. Estimates of genetic correlation coefficients between feed efficiency traits and PP14 were unfavorable for selection, 0.19 (RFI and PP14), -0.33 (RG and PP14), and -0.24 (RIG and PP14) indicating that selection for these feed efficiency traits can be detrimental to the probability of pregnancy of early heifers. Pearson's correlation coefficients between the predicted breeding values and the rank correlation were similar when we used BLUP or ssGBLUP methods, in which the highest magnitudes of the correlation coefficients were found when we used the deregressed breeding values and show a lower prediction bias. Thus, the results indicate that the deregressed breeding values can be used as an alternative response variable for genomic prediction.
 
AVERTISSEMENT - Regarde ce document est soumise à votre acceptation des conditions d'utilisation suivantes:
Ce document est uniquement à des fins privées pour la recherche et l'enseignement. Reproduction à des fins commerciales est interdite. Cette droits couvrent l'ensemble des données sur ce document ainsi que son contenu. Toute utilisation ou de copie de ce document, en totalité ou en partie, doit inclure le nom de l'auteur.
ME8139281COR.pdf (1.35 Mbytes)
Date de Publication
2022-08-19
 
AVERTISSEMENT: Apprenez ce que sont des œvres dérivées cliquant ici.
Tous droits de la thèse/dissertation appartiennent aux auteurs
CeTI-SC/STI
Bibliothèque Numérique de Thèses et Mémoires de l'USP. Copyright © 2001-2024. Tous droits réservés.