O objetivo deste estudo foi estimar os parâmetros genéticos entre as características reprodutivas e de eficiência alimentar, além de avaliar o impacto da utilização de diferentes pseudo-fenótipos na predição dessas caracteristicas. O trabalho foi desenvolvido no Grupo de Melhoramento Animal e Biotecnologia da Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos da Universidade de São Paulo em parceria com a Agro-Pecuária CFM. O banco de dados continha informações fenotípicas de 2.058 animais Nelore de características de eficiência alimentar, como o consumo alimentar residual (CAR), ganho de peso residual (GPR), consumo e ganho residual (CGR) e informações fenotípicas de 192.005 fêmeas Nelore de características reprodutivas, como a probabilidade de prenhez aos 14 meses (PP14), capacidade de permanência no rebanho (STAY) e a produtividade anual média da vaca (PRODAM). Os componentes de (co)variância foram estimados em uma análise multi-característica via inferência bayesiana. Para a predição dos valores genéticos foram utilizadas as metodologias BLUP e ssGBLUP, considerando quatro cenários de predição com diferentes variáveis respostas (fenótipo original, fenótipo ajustado para efeitos fixos, valor genético e valor genético desregredido). A fim de avaliar o impacto das predições, a estimativa do coeficiente de correlação de Pearson entre os valores genéticos e genômicos e a correlação de Spearman foram calculadas. As estimativas dos coeficientes de herdabilidade encontrados foram: 0,38 ± 0,03 para PP14, 0,10 ± 0,01 para STAY, 0,09 ± 0,01 para PRODAM, 0,22 ± 0,07 para CAR, 0,28 ± 0,09 para GPR e 0,23 ± 0,07 para CGR. As estimativas dos coeficientes de correlação genéticas entre as características de eficiência alimentar e a PP14 foram antagônicas e de magnitude moderada a baixa, sendo, 0,19 (CAR e PP14), -0,33 (GPR e PP14) e -0,24 (CGR e PP14), indicando que a seleção para essas características de eficiência alimentar podem ser prejudiciais para probabilidade de prenhez de novilhas precoces. Os coeficientes de correlação de Pearson entre os valores genéticos e genômicos preditos e a correlação de rank apresentaram-se de maneira similar quando utilizado a metodologia BLUP e ssGBLUP, no qual as maiores magnitudes dos coeficientes de correlações foram encontradas quando utilizado o valor genético desregredido como pseudo-fenótipo , além de apresentar uma menor dispersão de predição. Desse modo, os resultados indicam que o valor genético desregredido pode ser usado como uma variável de resposta alternativa para predição genômica.

The aim of this study was to estimate the genetic parameters between reproductive and feed efficiency traits and to evaluate the impact of using different pseudo-phenotypes in the prediction of breeding values. It was developed at the Group of Animal Breeding and Biotechnology of the College of Animal Science and Food Engineering at the University of São Paulo in partnership with Agro-Pecuária CFM. The database contained phenotypic data from 194,063 Nellore animals and pedigree information from 802,057 animals. The evaluated traits were probability of pregnancy at 14 months (PP14), stayability (STAY), cumulative annual productivity (PRODAM), residual feed intake (RFI), residual body weight gain (RG), and residual intake and gain (RIG). The variance components and genetic parameters were estimated under a multi-trait analysis via Bayesian inference. We used BLUP and ssGBLUP for breeding value prediction, in which we considered four prediction scenarios with different response variables (original phenotype, phenotype adjusted for fixed effects, genetic breeding values, and deregressed breeding values). To assess the impact of the predictions, the estimate of Pearson's correlation coefficient between the genetic and genomic values and Spearman's correlation were examined. The heritability estimates were: 0.38 ± 0.03 for PP14, 0.10 ± 0.01 for STAY, 0.09 ± 0.01 for PRODAM, 0.22 ± 0.07 for RFI, 0 .28 ± 0.09 for RG and 0.23 ± 0.07 for RIG, indicating moderate response to selection for the trait PP14. Estimates of genetic correlation coefficients between feed efficiency traits and PP14 were unfavorable for selection, 0.19 (RFI and PP14), -0.33 (RG and PP14), and -0.24 (RIG and PP14) indicating that selection for these feed efficiency traits can be detrimental to the probability of pregnancy of early heifers. Pearson's correlation coefficients between the predicted breeding values and the rank correlation were similar when we used BLUP or ssGBLUP methods, in which the highest magnitudes of the correlation coefficients were found when we used the deregressed breeding values and show a lower prediction bias. Thus, the results indicate that the deregressed breeding values can be used as an alternative response variable for genomic prediction.