O Brasil é o maior produtor mundial de cana-de-açúcar, sendo o estado de São Paulo responsável por 54,1% da produção na safra 2020/21. As cultivares modernas de cana-de-açúcar (Saccharum spontaneum x Saccharum officinarum) produzem cerca de 80% do açúcar mundial, sendo uma das principais culturas tropicais produtora de etanol e biomassa. A cana-de-açúcar apresenta genoma monoplóide de 900Mbp, altamente polimórfico, com altos níveis de ploidia e aneuploidia, tornando-se altamente complexo. Com os avanços nas tecnologias de sequenciamento, foi possível a geração de dois esboços de genomas do genótipo comercial brasileiro SP80-3280, que foram agrupados e estão sendo estudados no genoma desta cultivar. Identificamos o conjunto putativo completo e não redundante de transcritos que codificam Proteínas Associadas à Transcrição (TAPs) e Enzimas Ativas de Carboidratos (CAZymes) no genoma desta cultivar. Para as TAPs identificamos um total de 100 famílias e 13.504 genes e para as CAZymes 158 famílias e 25.275. Também exploramos o conjunto de dados de RNASeq público da cana-de-açúcar para identificar clusters de genes co-expressos envolvendo TAPs e CAZymes. Identificamos 99 clusters e dentre eles, todos possuem TAPs e CAZymes. Também realizamos a análise de enriquecimento para estes 99 clusters através do Método de Fischer e posteriormente utilizamos um p-value <0.01. Exploramos funcionalmente in sílico os genes em 6 clusters de co-expressão de interesse, obtendo um resultado de 75 genes de cana-de-açúcar, sendo 62 genes de 24 famílias de TAPs, e 13 genes de 9 famílias de CAZymes, que possuem ortólogos em Arabidopsis com funções relacionadas a biossíntese da PCW. Também realizamos análises de expansões e contrações de famílias gênicas de TAPs e CAZymes para SP80-3280, juntamente com outras gramíneas de interesse, Oryza sativa, Setaria viridis, Zea mays, Miscanthus sinensis, Brachypodium distachyon, Brachypodium sylvaticum e Brachypodium stacei, onde obtivemos um resultado de 447 expansões para a cana

Brazil is the world's largest producer of sugarcane, with the state of São Paulo responsible for 54.1% of production in the 2020/21 harvest. Modern sugarcane cultivars (Saccharum spontaneum x Saccharum officinarum) produce about 80% of the world's sugar, being one of the main tropical crops that produces ethanol and biomass. Sugarcane has a monoploid genome of 900Mbp, highly polymorphic, with high levels of ploidy and aneuploidy, making it highly complex. With advances in sequencing technologies, it was possible to generate two genome sketches of the Brazilian commercial genotype SP80-3280, which were grouped and are being studied in the genome of this cultivar. We identified the complete and non-redundant putative set of transcripts encoding Transcription-Associated Proteins (TAPs) and Active Carbohydrate Enzymes (CAZymes) in the genome of this cultivar. For TAPs we identified a total of 100 families and 13,504 genes and for CAZymes 158 families and 25,275. We also explored the sugarcane public RNASeq dataset to identify co-expressed gene clusters involving TAPs and CAZymes. We identified 99 clusters and among them, all of them have TAPs and CAZymes. We also performed the enrichment analysis for these 99 clusters using the Fischer Method and later we used a p-value <0.01. We functionally explored in silico the genes in 6 co-expression clusters of interest, obtaining a result of 75 sugarcane genes, being 62 genes from 24 families of TAPs, and 13 genes from 9 families of CAZymes, which have orthologs in Arabidopsis with functions related to PCW biosynthesis. We also performed expansion and contraction analysis of TAPs and CAZymes gene families for SP80-3280, along with other grasses of interest, Oryza sativa, Setaria viridis, Zea mays, Miscanthus sinensis, Brachypodium distachyon, Brachypodium sylvaticum and Brachypodium stacei, where we obtained a result of 447 expansions for sugarcane