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Disertación de Maestría
DOI
https://doi.org/10.11606/D.59.2020.tde-04062020-141501
Documento
Autor
Nombre completo
Mariana Pegrucci Barcelos
Dirección Electrónica
Instituto/Escuela/Facultad
Área de Conocimiento
Fecha de Defensa
Publicación
Ribeirão Preto, 2020
Director
Tribunal
Silva, Carlos Henrique Tomich de Paula da (Presidente)
Goto, Leandro Seiji
Mansur, Maria Teresa Marques Nôvo
Ward, Richard John
Título en portugués
Planejamento computacional e avaliação in vitro de novos potenciais inibidores da fosfomanose isomerase (PMI) de interesse para o controle do cancro cí­trico
Palabras clave en portugués
Canco cítrico
Modelagem molecular
Planejamento de inibidores
Triagem virtual
Resumen en portugués
O cancro cítrico, causado pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (XAC), é uma das doenças mais importantes na citricultura, e apresenta apresentando um significante impacto na economia brasileira. Estudos de análise proteômica comparativa da superfície de células infectantes e não infectantes de XAC realizados no Laboratório de Bioquímica e Biologia Molecular Aplicada (LBBMA) do Departamento de Genética e Evolução (DGE) da Universidade Federal de São Carlos - UFSCar, apontaram para uma promissora enzima-alvo para o controle da doença, a fosfomanose isomerase (PMI). A PMI é uma enzima que catalisa a interconversão da frutose-6-fosfato (F6P) e da manose-6-fosfato (M6P) e é considerada um potencial alvo terapêutico devido a sua participação na sobrevivência e patogenicidade de diversos microrganismos como Saccharomyces cerevisiae, Candida albicans, Mycobacterium smegmatis e Leishmania mexicana. O presente projeto de pesquisa tem como meta o desenvolvimento de compostos químicos capazes de inibir a PMI de Xanthomonas citri subsp. citri encontrada na superfície bacteriana e, como consequência, investigar a contribuição para a diminuição da virulência da bactéria e/ou para o controle da infecção na planta. O estudo consistiu no desenvolvimento de um modelo tridimensional para o PMI de XAC utilizando o método de "modelagem molecular por homologia estrutural". A metodologia utilizada para a seleção dos compostos foi a técnica de triagem virtual por forma e similaridade, além de simulações de docking e análises de propriedades farmacocinéticas e toxicológicas (ADME/Tox). Os modos de interações dos compostos selecionados pelos passos anteriores foram analisados através de uma inspeção visual, obtenção por fim, aqueles mais promissores. Essas moléculas foram adquiridas para serem testadas em ensaios de atividade in vitro utilizado o reagente de Seliwanoff.
Título en inglés
Computational plannin and in vitro evaluation of new phophomannose isomerase (PMI) inhibitors of interest for citrus canker control
Palabras clave en inglés
Citrus canker
Computational methodologies
Phosphomanose isomerase
Resumen en inglés
Citrus cancer, caused by the bacteria Xanthomonas citri subsp. citri (XAC), is one of the most important diseases in citrus, and has a significant impact on the Brazilian economy. Comparative protein analysis studies of XAC infecting and non-infecting cells performed at the Laboratory of Biochemistry and Applied Molecular Biology (LBBMA) of the Department of Genetics and Evolution (DGE) of the Federal University of São Carlos - UFSCar, pointing to a promising target enzyme for disease control, a phosphomanose isomerase (PMI). PMI is an enzyme that catalyzes the interconversion of fructose-6-phosphate (F6P) and mannose-6-phosphate (M6P), and is considered a potential therapeutic target due to its participation and pathogenicity of several microorganisms such as Saccharomyces cerevisiae, Candida albicans, Mycobacterium smegmatis and Leishmania mexicana. This research project aims to develop chemical compounds capable of inhibiting XAC PMI found on the bacterial surface and, as a consequence, to investigate a contribution to bacterial virulence and/or control. of infection in the plant. The study consisted of the development of a three-dimensional model for XAC PMI using the "structural homology molecular modeling" method. The methodology used for the selection of compounds was the virtual sorting technique by form and similarity, as well as docking simulations and pharmacokinetic and toxicological properties analysis (ADME/Tox). The interaction modes of the compounds selected by the previous steps were analyzed by visual inspection, finally obtaining the most promising ones. These molecules were purchased to be tested in in vitro activity assays using Seliwanoff reagent.
 
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Fecha de Liberación
2022-06-04
Fecha de Publicación
2020-07-14
 
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