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Mémoire de Maîtrise
DOI
10.11606/D.55.2012.tde-10092012-155249
Document
Auteur
Nom complet
Kleberson Junio do Amaral Serique
Adresse Mail
Unité de l'USP
Domain de Connaissance
Date de Soutenance
Editeur
São Carlos, 2012
Directeur
Jury
Moreira, Dilvan de Abreu (Président)
Bruno, Odemir Martinez
Santos, José Laurindo Campos dos
Titre en portugais
Anotação de imagens radiológicas usando a web semântica para colaboração científica e clínica
Mots-clés en portugais
Informática biomédica
Odontologia
Radiologia
Sistemas web interativos
Web semântica
Resumé en portugais
Este trabalho faz parte de um projeto maior, o Annotation and Image Markup Project, que tem o objetivo de criar uma base de conhecimento médico sobre imagens radiológicas para identificação, acompanhamento e reasoning acerca de lesões tumorais em pesquisas sobre câncer e consultórios médicos. Esse projeto está sendo desenvolvido em conjunto com o Radiological Sciences Laboratory da Stanford University. O problema específico, que será abordado nesse trabalho, é que a maior parte das informações semânticas sobre imagens radiológicas não são capturados e relacionados às mesmas usando termos de ontologias biomédicas e padrões, como o RadLex e DICOM, o que impossibilita a sua avaliação automática por computadores, busca em arquivos médicos em hospitais, etc. Para tratar isso, os radiologistas precisam de uma solução computacional fácil, intuitiva e acessível para adicionar essas informações. Nesse trabalho foi desenvolvida uma solução Web para inclusão dessas anotações, o sistema ePAD. O aplicativo permite a recuperação de imagens médicas, como as imagens disponíveis em sistemas de informação hospitalares (PACS), o delineamento dos contornos de lesões tumorais, a associação de termos ontológicos a esses contornos e o armazenamento desses termos em uma base de conhecimento. Os principais desafios desse trabalho envolveram a aplicação de interfaces intuitivas baseadas em Rich Internet Applications e sua operação a partir de um navegador Web padrão. O primeiro protótipo funcional do ePAD atingiu seus objetivos ao demonstrar sua viabilidade técnica, sendo capaz de executar o mesmo trabalho básico de anotação de aplicações Desktop, como o OsiriX-iPad, sem o mesmo overhead. Também mostrou a sua utilidade a comunidade médica o que gerou o interesse de usuários potenciais
Titre en anglais
Annotation of radiological images using the semantic web for clinical and a scvientific collaboration
Mots-clés en anglais
Biomedical informatics
Interactive web systems
Ontology
Radiology
Semantic web
Resumé en anglais
This work is a part of a larger project, the Annotation and Markup Project, which aims to create a medical knowledge base about radiological images to identify, monitor and reason about tumors in cancer research and medical practices. This project is being developed in conjunction with the Laboratory of Image Informatics at Stanford University. The specific problem that will be addressed in this work is that most of the semantic information about radiological images are not captured and related to them using terms of biomedical ontologies and standards, such as RadLex or DICOM, what makes it impossible to automatic evaluate them by computers, to search for them in hospital databases using semantic criteria, etc. To address this issue, radiologists need an easy, intuitive and affordable computational solution to add this semantic information. In this work, a web solution for adding the information was developed, the ePAD system. It allows the retrieval of medical images, such as images available in hospital information systems (PACS), the creation of contours around tumor lesions, the association of ontological terms to these contours, and the storage of this terms in a knowledge base. The main challenges of this work involved the creation of intuitive interfaces using Rich Internet Applications technology and the operation from a standard Web Browser. The first functional prototype of ePAD reached its goal of proving its technical feasibility. It was able to do the same basic annotation job of desktop applications, such as OsiriX-iPad, without the same overhead. It also showed to the medical community that it was a useful tool and that generated interest of potential early users
 
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seriquerevisada.pdf (6.51 Mbytes)
Date de Publication
2012-09-10
 
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