Os parasitas sanguíneos da ordem Haemosporida, como o Plasmodium spp., responsáveis pela malária, tornaram-se foco de muitos estudos em biologia evolutiva. No entanto, há carência de estudos moleculares de parasitas hemosporídeos de animais selvagens, como por exemplo, do gênero Polychromophilus. Espécies desse gênero negligenciado foram descritas exclusivamente em morcegos, principalmente na Europa, Ásia e África, mas pouco se sabe sobre sua presença e diversidade genética no continente americano. Neste estudo, 531 amostras de morcegos de fragmentos remanescentes dos biomas de Mata Atlântica, Cerrado e Pantanal, além de áreas urbanizadas do sul e sudeste do Brasil, foram analisadas quanto à presença de Polychromophilus através de PCR do gene mitocondrial que codifica o citocromo b (cytb). Um total de 1,1% dos morcegos foi positivo para Polychromophilus, fornecendo as primeiras informações moleculares desses parasitas em Myotis riparius e Eptesicus diminutus, morcegos vespertilionídeos comuns amplamente distribuídos em diferentes biomas brasileiros, e Myotis ruber, uma espécie ameaçada de extinção. Uma análise Bayesiana foi realizada para reconstruir as relações filogenéticas entre Polychromophilus recuperados de morcegos brasileiros e aqueles identificados em outros países. Sequências de linhagens brasileiras de Polychromophilus foram colocadas com sequências de P. murinus e próximas à sequência obtida no Panamá. Esse clado é restrito principalmente a morcegos da família Vespertilionidae e distinto de P. melanipherus, espécie encontrada principalmente em morcegos da família Miniopteridae. Interessantemente, as sequências brasileiras foram divididas em dois clados menores, de acordo com o gênero dos hospedeiros, indicando que linhagens ou mesmo espécies distintas de P. murinus podem estar circulando no Brasil. A detecção de Polychromophilus, assim como a proximidade genética com P. murinus, foram ainda confirmadas com a amplificação do gene clpc (caseinolytic protease C), presente no genoma do apicoplasto do parasita. Outro importante e inédito resultado obtido neste estudo foi o encontro inesperado de uma sequência de Haemoproteus sp., de linhagem nunca antes descrita, em amostra de Noctilio albiventris coletado no pantanal matogrossense. Esse gênero de hemosporídeo é próprio de aves e, embora na árvore filogenética a sequência de Haemoproteidae sp. de N. albiventris tenha sido agrupada dentro de Haemoproteidae, não foi suportada em clado monofilético. Observações morfológicas combinadas com estudos moleculares adicionais são ainda necessárias para concluir e descrever essas espécies de Polychromophilus e Haemoproteidae encontradas em morcegos brasileiros, mas esses resultados confirmam a importância do estudo desses gêneros negligenciados no Brasil

Blood parasites of the order Haemosporida, such as Plasmodium spp., responsible for malaria, have become the focus of many studies in evolutionary biology. However, there is a lack of molecular studies of haemosporidian parasites from wild animals, such as the genus Polychromophilus. Species of this neglected genus have been described exclusively in bats, mainly in Europe, Asia and Africa, but little is known about their presence and genetic diversity in the American continent. In this study, 531 samples of bats from remaining fragments of the Atlantic Forest, Cerrado and Pantanal biomes, as well as urbanized areas in southern and southeastern Brazil, were analyzed for the presence of haemosporidian by PCR of the mitochondrial gene that encodes cytochrome b (cytb). A total of 1.1% of bats were positive for Polychromophilus, providing the first molecular information on these parasites in Myotis riparius and Eptesicus diminutus, common vespertilionid bats widely distributed in different Brazilian biomes, and Myotis ruber, an endangered species. A Bayesian analysis was performed to reconstruct the phylogenetic relationships between Polychromophilus recovered from Brazilian bats and those identified in other countries. Sequences from Brazilian lineages of Polychromophilus were placed with sequences from P. murinus and close to the sequence obtained in Panama. This clade is restricted mainly to bats of the Vespertilionidae family and distinct from P. melanipherus, a species found mainly in bats of the Miniopteridae family. Interestingly, the Brazilian sequences were divided into two smaller clades, according to the host genus, indicating that lineages or even distinct species of P. murinus may be circulating in Brazil. The detection of Polychromophilus, as well as the genetic proximity to P. murinus, were further confirmed with the amplification of the clpc gene (caseinolytic protease C), present in the genome of the parasite's apicoplast. Another important and unprecedented result obtained in this study was the unexpected finding of a sequence of Haemoproteus sp., of a lineage never described before, in a sample of Noctilio albiventris collected in the Pantanal of Mato Grosso. This genus of haemosporidian is typical of birds and, although in the phylogenetic tree the sequence of Haemoproteus sp. de N. albiventris was grouped within Haemoproteidae, it was not supported in a monophyletic clade. Morphological observations combined with additional molecular studies are still needed to conclude and describe these Polychromophilus and Haemoproteidae species found in Brazilian bats, but these results confirm the importance of studying these neglected genera in Brazil