A Reticuloendoteliose aviária (RE) é uma doença oncogênica e imunossupressora, amplamente distribuída, que acomete muitas espécies de aves. A RE é uma doença aviária que faz parte de um grupo de síndromes, cujos principais sintomas são imunossupressão, atrofia acentuada de tecidos linfoides e podendo evoluir para neoplasia em células do sistema reticuloendotelial e/ou linfoma de células B ou T. O vírus da reticuloendoteliose (REV) é um retrovírus tipo C da família Retroviridae, com genoma de 8300 nucleotídeos. A transmissão ocorre tanto de forma vertical como horizontal. A presença da Reticuloendoteliose em plantéis representa embargos econômicos para a exportação de carne e produtos de aves, representando, portanto, um importante problema econômico. Até o presente momento há apenas três relatos do vírus no Brasil, um feito pelo nosso grupo, mais especificamente no Norte do Estado do Pará em amostras de pato-selvagem, galinha e peru- selvagem, e os outros dois em amostras de galinha no estado de São Paulo e Paraná. Esses resultados evidenciam a necessidade de mais estudos abrangendo outras regiões e estados do Brasil, para que se tenha a real noção da circulação desse vírus no país. Sendo assim, o objetivo principal deste trabalho foi ampliar as investigações da presença do REV, cobrindo diferentes regiões do Brasil em amostras de aves selvagens e de sentinela e também na Argentina, onde o vírus já fora descrito anteriormente. Além disso, objetivou-se aqui sequenciar o genoma completo das amostras positivas do Brasil. Obtivemos amostras de coágulo, fezes, sangue total e swab de cloaca, advindas de diferentes estados do Brasil e dos seis biomas, totalizando 1517 amostras de aves. Além dessas, também utilizamos amostras do norte do estado do Pará, analisadas em projeto anterior, e sabidamente positivas para o REV. O RNA das amostras foi extraído e submetido a PCR em tempo real para a região do envelope do REV. Além disso, foram desenhados primers para o sequenciamento do genoma completo do vírus usando a ferramenta PrimalScheme. Todas as amostras coletadas para este estudo foram negativas na qPCR para detecção do RNA de REV. As amostras do norte do Pará foram sequenciadas e classificadas filogeneticamente dentro do subtipo III. A partir das análises bayesianas foi possível estimar a origem do REV em 104 anos (a partir do gene de envelope) e em 429 anos (se usado o gene da polimerase). Com base nos resultados obtidos levantamos hipóteses que ajudam a explicar as diferenças nas prevalências e dispersão do REV no Brasil em comparação com outros países, e as implicações disso. Por fim, matrizes de identidade genética e análises de recombinação foram feitas e os resultados contribuíram para uma melhor descrição e entendimento da controversa classificação dos genomas de REV, e também para uma descrição mais detalhada dos vírus amostrados no Brasil

The avian reticuloendotheliosis is an immunosuppressant and oncogenic disease, which is widely spread and affects several avian species. The RE is an avian disease which is part of a group of syndromes and the main symptoms are immunosuppression, acute atrophy of lymphoid tissues that may progress to neoplasia of reticuloendothelial cells or B/T cells lymphoma. The Reticuloendotheliosis Virus (REV) is a type C retrovirus that belongs to the Retroviridae family and poses a genome of 8300 nucleotide long. The transmission can occur by vertical or horizontal via. The presence of reticuloendotheliosis in squads represents economical embargoes for meat and avian exportation, which represents an important economical issue. So far, there are only three reports of the virus in Brazil, one of them made by our group, more specifically in the north of the State of Pará in samples of wild duck, chicken and wild turkey, and the other two in chicken samples from São Paulo state and Parana state. These results show the need for further studies covering other regions and states in Brazil, in order to have a real idea of the circulation of this virus in the country. Therefore, the main objective of this work was to expand investigations into the presence of REV, covering different regions of Brazil in samples of wild and sentinel birds and also in Argentina, where the virus had already been described. In addition, the objective was to sequence the complete genome of the positive samples from Brazil. We obtained clot, feces, whole blood and cloaca swab samples from different states of Brazil and from the six biomes, totaling 1517 bird samples. In addition to these, we also used samples from the north of the state of Pará, analyzed in a previous project, and known to be positive for REV. RNA from the samples was extracted and subjected to real-time PCR for the envelope region of the REV. Furthermore, primers were designed for sequencing the complete genome of the virus using the PrimalScheme tool. All samples collected for this study were negative for REV RNA. Samples from northern Pará were sequenced and phylogenetically classified within subtype III. Based on Bayesian analyses, it was possible to estimate the origin of the REV in 104 years (using the envelope gene) or in 429 years (if using the polymerase gene). Based on the results obtained, we raised hypotheses that help to explain the differences in the prevalence and dispersion of REV in Brazil compared to other countries, and the implications of this. Finally, genetic identity matrices and recombination analyzes were performed and the results contributed to a better description and understanding of the controversial classification of the genomes of REV, and also to a more detailed description of the viruses sampled in Brazil