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Master's Dissertation
DOI
https://doi.org/10.11606/D.5.2021.tde-05042022-120710
Document
Author
Full name
Samira Chuffi
E-mail
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
São Paulo, 2021
Supervisor
Committee
Pinho, João Renato Rebello (President)
Coelho, Fabricio Ferreira
Ferraz, Maria Lúcia Cardoso Gomes
Delgado, Artur Figueiredo
Title in Portuguese
Caracterização molecular das cepas do vírus da hepatite A envolvidas no surto identificado na cidade de São Paulo no período de 2017 a 2019
Keywords in Portuguese
Biologia molecular
Brasil
Epidemiologia
Genótipo
Hepatite A
Vírus da hepatite A
Abstract in Portuguese
Casos de hepatite A são frequentes em áreas endêmicas, nas quais os baixos níveis socioeconômicos exercem influência direta no saneamento básico, medidas de higiene e hábitos particulares dos indivíduos, que acabam gerando um cenário perfeito para a proliferação do vírus e o acometimento da população durante os primeiros anos de vida. Em contrapartida, em regiões não endêmicas, onde há países de alto poder socioeconômico com medidas adequadas de higiene, saneamento básico e bons hábitos da população, a prevalência é baixa e a susceptibilidade da população de jovens e adultos é alta, resultando em surtos no momento em que ocorre a introdução do vírus entre essa população. Apesar da típica transmissão dessa infecção por via fecal-oral por meio de água e alimentos contaminados, nos últimos anos a disseminação tem sido associada às práticas sexuais, principalmente pela prática do sexo oro-anal, observada mais frequentemente entre homens que fazem sexo com homens (HSH). Na Europa, durante o último surto que teve início já no final de 2016, foram acometidos cerca de 22 países europeus com 4.475 casos notificados até setembro de 2018, com a predominância da população HSH. Esse surto, inicialmente relatado nos países europeus, foi observado nos países da América do Norte e do Sul, como no Brasil e, em particular, na cidade de São Paulo. Dados publicados forneceram importantes informações epidemiológicas acerca do município de São Paulo com 1547 casos notificados no período de 2016 até outubro de 2019, sendo destes 1266 (82,0%) indivíduos do sexo masculino e desses, 503 (41,0%) relatando provável contaminação pela via sexual. Sabe-se que os genótipos (I,II e III) e os subgenótipos (IA, IB, IIA, IIB, IIIA e IIIB) do vírus da hepatite A (HAV) apresentam uma distribuição geográfica característica, portanto a identificação molecular das cepas do HAV envolvidas na infecção é de grande relevância para o entendimento da origem da infecção e de suas rotas de transmissão. Este estudo teve como objetivo principal a caracterização da epidemiologia molecular e o estudo das relações filogenéticas das cepas de HAV isoladas dos casos de infecção aguda atendidos em instituições de referência da cidade de São Paulo no período de setembro/2017 a maio/2019. Foram incluídas amostras com sorologia confirmada para hepatite A (anti-HAV IgM positivo) de 51 casos, destes a maioria (80,3%; 41/51) era do sexo masculino e na faixa etária entre 20 e 40 anos (68,6%). O HAV RNA foi detectado por nested RT-PCR utilizando primers que amplificam um fragmento de 267 pares de base (pb) da região genômica VP1-2A em 92% (47/51) das amostras, de 89,4% (42/47) dessas foi possível também amplificar a região VP1 completa (953 pb). As amostras amplificadas foram sequenciadas para posterior análise genotípica. Todas as sequências caracterizadas neste estudo foram classificadas dentro do subgenótipo IA; observou-se o agrupamento das mesmas em cinco clados, e a maioria das sequências isoladas dos casos de São Paulo agruparam juntamente com as sequências isoladas dos surtos que ocorreram em diferentes países da Europa em 2016
Title in English
Molecular characterization of hepatitis A virus strains involved in the outbreak identified in the city of São Paulo from 2017 to 2019
Keywords in English
Brazil
Epidemiology
Genotype
Hepatitis A
Hepatitis A virus
Molecular biology
Abstract in English
Hepatitis A cases are frequent in endemic areas with low socioeconomics levels, associated with poor sanitation and hygienic measures resulting in a perfect scenario for the proliferation of the virus and infection of the population involvement during the first years of life. On the other hand, in non-endemic regions, where there are countries witht high socioeconomic power and adequate measures of hygiene, basic sanitation and good habits of the population, the prevalence is low and the susceptibility of the young and adult population is high, resulting in outbreaks. Despite the typical transmission of this infection via the fecal-oral route through contaminated water and food, in recent years the spread has been associated with sexual practices, mainly through the practice of oroanal sex, observed more frequently among men who have sex with men (MSM). In Europe, during the last outbreak that started at the end of 2016, around 22 European countries were affected, with 4,475 cases reported up to September 2018, with the predominance of the MSM population. This outbreak, initially reported in European countries, was observed in the countries of North and South America, such as Brazil and, in particular, in the city of São Paulo. Published data provided important epidemiological information about the municipality of São Paulo with 1547 cases from 2016 to October 2019, of which 1266 (82.0%) were male and 503 (41.0%) reported probable contamination via the sexual route. It is known that the genotypes (I, II and III) and subgenotypes (IA, IB, IIA, IIB, IIIA and IIIB) of the hepatitis A virus (HAV) have a characteristic geographical distribution, therefore the molecular identification of strains of the HAV involved in the infection is of great relevance for understanding the origin of the infection and its transmission routes. This study had as its main objective the characterization of molecular epidemiology and the study of the phylogenetic relationships of HAV strains isolated from cases of acute infection treated at reference institutions in the city of São Paulo in the period from 2017 to 2019. Samples with confirmed serology were included for hepatitis A (anti-HAV IgM positive) of 51 cases, most of them (80.3%; 41/51) were male and aged between 20 and 40 years (68.6%). HAV RNA was detected by nested RT-PCR from the VP1-2A genomic region in 92% (47/51) of the samples and amplified from the complete VP1 genomic region in 89.4% (42/47) of the samples, of which 95.2% (40/42) were sequenced for further genotypic analysis. The viral subgenotype could be classified as subgenotype IA in all sequences. The sequences characterized in this study grouped into five clades and the phylogeny showed the grouping of most of the isolated sequences of the São Paulo cases together with the isolated sequences of the outbreaks that occurred in different European countries in 2016
 
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SamiraChuffi.pdf (2.03 Mbytes)
Publishing Date
2022-04-07
 
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