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Doctoral Thesis
DOI
https://doi.org/10.11606/T.5.2020.tde-01072021-115140
Document
Author
Full name
Diego Cardoso Baima
E-mail
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
São Paulo, 2020
Supervisor
Committee
Rodriguez, Tomás Navarro (President)
Souza, Marcellus Henrique Loiola Ponte de
Chinzon, Decio
Domingues, Gerson Ricardo de Souza
Title in Portuguese
Avaliação da microbiota intestinal em pacientes com DRGE erosiva e em controles saudáveis assintomáticos
Keywords in Portuguese
Clostridiaceae
Doença do refluxo gastroesofágico
Faecalibacterium
Metagenômica
Microbiota intestinal
Abstract in Portuguese
Introdução: A doença do refluxo gastroesofágico (DRGE) é uma das enfermidades mais comuns na prática clínica e possui fisiopatologia multifatorial. Disbiose da microbiota intestinal pode ter influência em mecanismos envolvidos nesta doença, como mudanças nos padrões motores gastrointestinais, elevação da pressão intra-abdominal e aumento da frequência de relaxamentos transitórios do esfíncter esofágico inferior. Contudo, a avaliação da microbiota intestinal, neste contexto, ainda é pouco documentada. Este estudo avaliou a microbiota bacteriana intestinal, em indivíduos com doença do refluxo gastroesofágico erosiva e em indivíduos saudáveis, utilizando técnicas de metagenômica. Métodos: Estudo incluiu amostras fecais de 22 adultos, com idades entre 18 e 60 anos: 11 com esofagite erosiva (oito homens e três mulheres) e 11 controles saudáveis (dez homens e uma mulher). Os pacientes foram orientados a coletar e armazenar o material fecal em tubo contendo solução de guanidina. O DNA da microbiota foi extraído das amostras de fezes e amplificação por PCR foi realizada usando iniciadores para a região V4 do gene 16S rRNA. Os amplicons foram seqüenciados usando a plataforma Ion PGM Torrent e os dados foram analisados usando o software QIIME(TM) versão 1.8 (Quantitative Insights Into Microbial Ecology). Análise de estatística foi realizada se utilizando o teste não paramétrico de Mann-Whitney e o teste ANOSIM, método não paramétrico baseado em matriz de distância. Resultados: Os índices de alfa-diversidade e beta-diversidade foram semelhantes entre os dois grupos, sem diferença estatisticamente significante. Não houve diferença estatisticamente significante no nível de filo, classe e ordem. Entretanto, observou-se diferença estatisticamente significante na abundância da família Clostridiaceae (0,3% versus 2,0%, p = 0,032) e no gênero Faecaliumbacterium (10,5% versus 4,5%, p = 0,045) entre controles saudáveis e pacientes com DRGE erosiva, respectivamente. Conclusões: Os achados sugerem que menor abundância do gênero Faecaliumbacterium e maior abundância da família Clostridiaceae, nos pacientes com DRGE, podem influenciar na fisiopatologia desta doença
Title in English
Assessment of the intestinal microbiota in patients with erosive gastroesophageal reflux disease and in asymptomatic healthy controls
Keywords in English
Clostridiaceae
Faecalibacterium
Gastroesophageal reflux disease
Intestinal microbiota, Metagenomic
Abstract in English
Background: The pathophysiology of Gastroesophageal Reflux Disease (GERD) involves several mechanisms. Intestinal dysbiosis may influence factors involved in the pathophysiology of Gastroesophageal Reflux Disease, such as changes in gastrointestinal motor patterns and increased intraabdominal pressure due to increased fermentation of non-digestible carbohydrates. However, few studies have focused on assessment of gut microbiome in the GERD. In this study, we investigated intestinal microbiomes, in individuals with Gastroesophageal Reflux Disease and healthy individuals, using metagenimic techniques. Methods: We performed a study comprising fecal samples of 22 adults, aged 18-60 years: 11 with erosive esophagitis (eight male and three female) and 11 healthy controls (ten male and one female). Patients were instructed to collect and store fecal material in a tube containing guanidine solution. Microbiome DNA was extracted from stool samples, and PCR amplification was performed using primers for the V4 region of the 16S rRNA gene. The amplicons were sequenced using the Ion PGM Torrent platform, and data were analyzed using QIIME(TM) software version 1.8 (Quantitative Insights Into Microbial Ecology). Statistical analysis was performed using the non-parametric Mann- Whitney test and the ANOSIM test, a nonparametric method based on distance matrix. Results: There was no statistically difference in alphadiversity and beta-diversity between the two groups. There was no statistically significant difference at the phylum level. However, a statistically significant difference was observed in the abundance of the family Clostridiaceae (0,3% versus 2,0%, p=0,032) and of the genus Faecaliumbacterium (10,5% versus 4,5%, p=0.045) between healthy controls and individuals with erosive GERD. Conclusion: Our findings suggest that lower abundance of the genus Faecalibacterium and greater abundance of the Clostridiaceae family in patients with GERD may influence the pathophysiology of this disease
 
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Publishing Date
2021-07-01
 
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