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Tese de Doutorado
DOI
https://doi.org/10.11606/T.5.2023.tde-28082023-120024
Documento
Autor
Nome completo
Pedro Adolpho de Menezes Pacheco Serio
E-mail
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
São Paulo, 2023
Orientador
Banca examinadora
Folgueira, Maria Aparecida Azevedo Koike (Presidente)
Nagai, Maria Aparecida
Reis, Eduardo Moraes Rego
Yamamoto, Guilherme Lopes
Título em português
Perfil de mutações de câncer de mama triplo negativo em pacientes adultos jovens
Palavras-chave em português
Adulto jovem
Neoplasias da mama
Neoplasias de mama triplo negativas
Sequenciamento de nucleotídeos em larga escala
Variantes somáticas
Resumo em português
Com o objetivo de melhor caracterizar o perfil de mutações de pacientes adultas jovens com câncer de mama triplo-negativo, construímos painel personalizado de genes, selecionando genes relevantes em câncer de mama e/ou frequentemente alterados em mulheres jovens adultas com câncer de mama. Pacientes foram incluídas no estudo de forma prospectiva e tiveram material genético de seu tumor e sangue analisados por meio de sequenciamento-alvo de DNA. Este painel, constituído de 64 genes, foi utilizado para análise de variantes germinativas em 15 pacientes e somáticas em 12 pacientes. Dentre as 12 pacientes, apenas uma não apresentou qualquer variante somática. Nesta coorte, 75% das pacientes apresentaram mutação somática em TP53, todas classificadas como causadoras ou prováveis causadoras de perda de função na proteína. Outros genes relevantes em câncer, como NF1 e NOTCH1 também se mostraram alterados, além de outros genes menos frequentemente alterados, como PTPN13, FBXW7 e UBR5. Todas as variantes somáticas em NOTCH1, CACNA1E e PTPN13 estavam associadas com uma mutação em TP53. Duas pacientes não apresentavam mutação somática patogênica em TP53. Em uma delas, NF1 apresentava-se mutado, associado com alterações em FBXW7, PIK3CA, SPEN e UBR5. Em outra, observou-se uma única variante em ATR. Dentre as 15 pacientes que tiveram variantes germinativas analisadas, duas (13%) apresentaram uma mutação germinativa patogênica, ambas no gene BRCA1. Adicionalmente, realizamos uma análise exploratória usando os portais COSMIC e cBioPortal, para identificação de alterações moleculares de acordo com a faixa etária. Identificamos CDH1 e MAP3K1 com menor predominância de variantes somáticas em pacientes adultas jovens, em comparação com pacientes de idade mais avançada. Os genes SMURF2 e PRKAR1A foram identificados com maior número de amplificações em pacientes adultas jovens com câncer de mama, em comparação com pacientes de idade mais avançada. Em conclusão, o presente trabalho confirma dados prévios que demonstram alta frequência de mutações somáticas em TP53, assim como outros genes associados, e contribui com a expansão de conhecimento das alterações somáticas em mulheres jovens com câncer de mama triplo-negativo, que carecem de informação na literatura
Título em inglês
Mutational profile of young adult triple-negative breast cancer patients
Palavras-chave em inglês
Breast cancer
High-throughput nucleotide sequencing
Somatic variants
Triple negative breast cancer
Young adults
Resumo em inglês
To better characterize the mutation profile of young adult female patients with triple-negative breast cancer, we constructed a custom gene panel, selecting relevant genes in breast cancer and/or genes frequently altered in young adult women with breast cancer. Patients were prospectively enrolled in the study and had genetic material from their tumor and blood analyzed through DNA target sequencing. This panel, consisting of 64 genes, was used to analyze germline variants in 15 patients and somatic variants in 12 patients. Among the 12 patients, only one did not present any somatic variant. In this cohort, 75% of patients presented somatic mutation in TP53, all classified as causing or likely causing loss of function in the protein. Other relevant genes in cancer, such as NF1 and NOTCH1, were also affected, in addition to other less frequently altered genes, such as PTPN13, FBXW7 and UBR5. All somatic variants in NOTCH1, CACNA1E and PTPN13 were associated with a mutation in TP53. In two patients no pathogenic somatic mutation was detected in TP53. In one of these patients, NF1 was mutated, associated with alterations in FBXW7, PIK3CA, SPEN and UBR5. In the other patient, a single variant in ATR was observed. Among the 15 patients who had germline variants analyzed, two (13%) were carriers of a pathogenic germline mutation, both in the BRCA1 gene. Additionally, we performed an exploratory analysis using the COSMIC and cBioPortal portals, to detect molecular alterations according to age group. We identified, a lower predominance of somatic variants in CDH1 and MAP3K1 in young adult patients, compared to elderly groups. The SMURF2 and PRKAR1A genes were identified with a higher number of amplifications in young adult patients with breast cancer, compared to elderly groups. In conclusion, the present work confirms previous data that demonstrate a high frequency of somatic mutations in TP53, as well as other associated genes, and contributes to the expansion of knowledge of somatic alterations in young women with triple-negative breast cancer, who lack information in the literature
 
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Data de Publicação
2023-08-30
 
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