Infecções persistentes por HPVs (papilomavírus humano) de alto risco estão associadas ao desenvolvimento de múltiplos tipos de cânceres como vulva, vagina e colo de útero em mulheres, pênis em homens, e canal anal e orofaringe em ambos os sexos. O HPV-16 está relacionado com quase a totalidade dos tumores de sítios anatômicos extra-cervicais e causa aproximadamente 90% dos cânceres de canal anal em todo o mundo. Além disso, as variantes genéticas de HPV-16 estão relacionadas com diferentes riscos no desenvolvimento de lesões precursoras e tumores na cérvice uterina. Estudos sobre as variantes de HPV-16 no canal anal ainda são escassos, especialmente em homens. Com isso, este estudo teve como objetivo avaliar a prevalência e persistência das variantes genéticas de HPV-16 no canal anal de homens de três países distintos (Brasil, México e Estados Unidos) e ainda identificar fatores sociodemográficos e comportamentais associados a essas infecções. Os participantes do estudo prospectivo multicêntrico HIM (HPV Infection in Men) foram incluídos quando foi detectado DNA de HPV-16 em pelo menos uma amostra de canal anal. Foi realizada a PCR (reação em cadeia da polimerase) com pares de iniciadores específicos a fim de amplificar uma região da LCR (região longa de controle), seguido de sequenciamento das amostras amplificadas para classificação em linhagens e sublinhagens de variantes de HPV-16. Foi observada maior prevalência de variantes da linhagem A, principalmente da sublinhagem A1, nas amostras de todos os países. Variantes das linhagens Não-A foram mais comumente detectadas em homens do Brasil, onde também foi observada maior diversidade de sublinhagens de variantes de HPV-16. Em cinco homens do Brasil, mudança de variante das sublinhagens de HPV-16 foram identificadas durante as visitas de seguimento. Em comparação com os homens em que foram detectadas variantes das linhagens Não-A de HPV-16, os homens infectados com variantes da linhagem A relataram um número maior de parceiras sexuais femininas ao longo da vida. Finalmente, foi observada maior prevalência de variantes das linhagens Não-A em MSM (homens que fazem sexo com homens) com infecção transiente por HPV-16 no canal anal (p=0,033). Não foram observadas diferenças significativas em relação à detecção de variantes daslinhagens de HPV-16 e o status de persistência quando os homens foram estratificados por país, etnia autorreferida ou idade. Os dados observados neste trabalho estendem estudos anteriores que indicam que as variantes genéticas de HPV-16 são distribuídas de forma desigual no mundo, e contribuem ainda mais para estudos da história natural das infecções por HPV do canal anal em homens

High-risk HPV persistent infections are associated with the development of multiple types of cancers such as vulva, vagina, and cervix in women, penis in men, and anal canal and oropharynx in both genders. HPV-16 is related to almost all tumors at extra cervical anatomical sites and causes approximately 90% of anal canal cancer worldwide. In addition, HPV-16 genetic variants are related to different risks of the development of precursor lesions and tumors in the cervix. Studies on HPV-16 variants in the anal canal are still scarce, especially in men. Thus, this study aimed to assess the prevalence and persistence of HPV-16 genetic variants in the anal canal of men from three countries (Brazil, Mexico, and the United States) and to identify sociodemographic and behavioral factors associated with these infections. Participants from the prospective multicenter HIM (HPV Infection in Men) study who had at least one anal canal sample positive for HPV-16 DNA were included. PCR was performed with specific sets of primers to amplify a fragment of the LCR region, followed by sequencing of the amplified samples to classify them into HPV-16 variant lineages and sublineages. We observed a higher prevalence of lineage A variants, mainly from the A1 sublineage, in all countries. Variants of Non-A lineages were more commonly detected in men from Brazil, where a greater diversity of sublineages was detected. In five men from Brazil, a change in the HPV-16 infecting variant sublineages was identified during visits. Compared with men detected with Non-A lineage variants, men infected with A lineages reported a higher lifetime number of female sexual partners. Finally, a significantly higher prevalence of variants of Non-A lineages was observed among MSM (men who have sex with men) with a transient HPV-16 anal canal infection (p=0.033). No significant differences regarding the detection of HPV-16 variant lineages and persistence status were observed when men were stratified by country, self-reported ethnicity, or age. Our data extend previous studies which indicate that HPV-16 variants are unevenly distributed worldwide, and further contribute to studies of the natural history of anal canal HPV infections in men