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Tese de Doutorado
DOI
https://doi.org/10.11606/T.5.2022.tde-20012023-170800
Documento
Autor
Nome completo
Jullian Gabriel Damasceno
E-mail
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
São Paulo, 2022
Orientador
Banca examinadora
Kulikowski, Leslie Domenici (Presidente)
Duarte, Alberto Jose da Silva
Novo Filho, Gil Monteiro
Santos, Maria Gabriela Guimarães Ribeiro dos
Título em português
Desenvolvimento de um software para armazenamento e exploração de dados genômicos
Palavras-chave em português
Análise de dados
Biologia computacional
Genômica
Linguagens de programação
Software
Resumo em português
A alta demanda por metodologias e técnicas para se analisar e armazenar os dados genômicos, que crescem tanto em quantidade quanto em complexidade a cada nova geração, provocou uma explosão de softwares de análises e bancos de dados disponíveis comercialmente. Entretanto a discrepância entre as metodologias empregadas, entre um programa e a eventual necessidade de se usar mais de um software para realizar a análise dos dados genômicos obtidos no laboratório, acaba dificultando o trabalho do analista-técnico, principalmente se ele não tiver conhecimentos prévios em informática ou bioinformática. Os diferentes valores de mercados e diferentes outputs (resultado final liberado pelo software) agregam dificuldade ao problema. Propusemos nesse trabalho a criação de um software acessível capaz de permitir uma maior flexibilidade para o analista gerenciar seus dados, seja para armazená-los no banco de dados ou para explorá-los de forma direcionada. Dessa forma, desenvolvemos um programa para armazenar e explorar da melhor forma os dados genômicos obtidos pelas atividades do Laboratório de Citogenômica. O sistema oferece segurança, uma interface gráfica de utilizador simples e funcional garantindo que o analista-técnico gerencie seus dados de forma rápida e segura. Facilitando a organização e a compreensão de todo o volume de dados genômicos cientificamente relevantes obtidos nos laboratórios que aplicam novas tecnologias para análise do DNA
Título em inglês
Development of a software for storage and exploration of genomic data
Palavras-chave em inglês
Computational biology
Data analysis
Genomics
Programming languages
Software
Resumo em inglês
The high demand for methodologies and techniques to analyze and store genomic data, which grows both in quantity and complexity with each new generation, has caused an explosion of commercially available analysis software and databases. However, the discrepancy between the methodologies used, between a program and the possible need to use more than one software to perform the analysis of the genomic data obtained in the laboratory, ends up hindering the work of the technical analyst, especially if he does not have previous knowledge in informatics or bioinformatics. The different market values and different outputs (final result released by the software) add difficulty to the problem. The creation of software capable of allowing greater flexibility for the analyst to manage his data, either to store it in the proposed local database or to explore it in a targeted manner. Thus, we have developed a program to store and explore in the best way the genomic data obtained by the activities of the Laboratório de Citogenômica. The system offers security, a simple and functional graphical user interface ensuring that the analyst-technician manages his data quickly and safely. Facilitating the organization and understanding of the entire volume of scientifically relevant genomic data obtained in laboratories that apply new technologies for DNA analysis
 
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Data de Publicação
2023-02-01
 
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