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Tese de Doutorado
DOI
https://doi.org/10.11606/T.5.2022.tde-13042023-142851
Documento
Autor
Nome completo
Nadia Sandra Orozco Vargas
E-mail
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
São Paulo, 2022
Orientador
Banca examinadora
Ceccon, Maria Esther Jurfest Rivero (Presidente)
Calil, Valdenise Martins Laurindo Tuma
Cesar, Regina Grigolli
Tannuri, Ana Cristina Aoun
Título em português
Caracterização do microbioma intestinal em recém nascidos com defeitos congênitos do trato gastrointestinal submetidos à correção cirúrgica
Palavras-chave em português
Cirurgia
Gastrosquise
Hérnia umbilical
Microbiota
Recém-nascido
Trato gastrointestinal
Resumo em português
Introdução: O epitélio intestinal de recém-nascidos (RN) é uma superfície mucosa sensível e pode apresentar respostas inflamatórias exacerbadas tanto para bactérias comensais como patógenos. RN portadores de defeitos congênitos da parede abdominal e do abdome submetidos à correção cirúrgica e internados em Unidades de Cuidado Intensivo são mais susceptíveis a influências ambientais, com consequente desordem da microbiota intestinal é possível proliferação de bactérias patogênicas. Justificativa: Gastrosquise e onfalocele são condições relacionadas a defeito no fechamento da parede abdominal durante o desenvolvimento intra-útero. A dismotilidade intestinal ou íleo adinâmico no pós operatório são complicações frequentemente presentes nesses RNs, levando ao uso de nutrição parenteral por longos períodos e ao uso de antibióticos de amplo espectro, o que aumenta o risco de adquirirem sepse. Hipótese: Pouco se sabe sobre a composição da microbiota fecal de RN graves com alterações intestinais importantes como gastrosquise, onfalocele. Objetivos: Avaliar a evolução da composição da microbiota intestinal de recém-nascidos no pós operatório da cirurgia abdominal, internados em UTI neonatal, durante o período de internação e relacionar as eventuais intercorrências clínicas; avaliar a composição da microbiota fecal de crianças em jejum prolongado e em vigência de sepse neonatal. Métodos: Incluídos 30 RN com mal formaçoes da parede abdominal, os quais foram divididos em grupos de acordo com a má formação apresentada: gastrosquise (n=18), onfalocele (n=8) ou atresia/hérnia (n=4). Colhidas amostras de fezes sequencialmente, a cada sete dias, até a alta, imediatamente colocadas em refrigerador e transferidas em gelo para armazenamento em freezer -80°C. Sendo realizada a extração de DNA utilizando o kit QiaAmp DNA Stool (Qiagen), e armazenados a -20°C sendo realizado o sequenciamento e Análise de bioinformática, dessa forma, por comparação, foram identificados os filos e gêneros a que pertencem. Resultados: O filo mais abundante ao nascimento foi Firmicutes, o segundo Proteobacteria.O principal gênero ao nascimento na onfalocele e no grupo com atresia / hérnia foi Staphylococcus. O gênero mais abundante na gastrosquise foi Streptococcus. O filo Proteobacteria foi o mais abundante no grupo que recebeu mais de 3 ciclos de antibióticos (66,63 ± 27,9) em comparação ao grupo que recebeu menos de 3 ciclos (57,48 ± 39,9). O filo Firmicutes apresentou-se mais abundante no grupo que recebeu menos de 3 ciclos (37,25 ± 36,5), em comparação ao grupo que recebeu mais de 3 ciclos (24,51 ± 22,5). O filo Bacteroidetes mais abundante no grupo que recebeu mais de 3 ciclos e Actinobacteria no grupo que recebeu menos de 3 ciclos. O gênero mais prevalente no grupo que recebeu mais de 3 ciclos de antibióticos foi Klebsiella (22,57 ± 23,9) e o mais prevalente no grupo que recebeu menos de 3 ciclos foi Escherichia-Shigella (20,89 ± 36,3). Outros gêneros abundantes no grupo que recebeu mais de 3 ciclos foram Serratia, Stenotrophomonas, e Veillonella. No grupo que recebeu menos de 3 ciclos, outros gêneros mais abundantes foram Streptococcus e Enterococcus. O único gênero que apresentou diferença estatística entre os grupos foi Prevotella, aumentado no grupo que recebeu mais de 3 ciclos. Com relação ao tempo de uso de NPP os filos com correlação positiva fraca foram Actinobacteria e Bacteroidetes. Os gêneros que apresentaram significância estatística no teste de correlação foram Lactobacillus (p=0,014) e Lachnospiraceae (p=0,05). A influência do tempo de jejum na microbiota intestinal mostrou o filo Bacteroidetes com uma tendência à correlação positiva fraca com o tempo de jejum (p=0,07). Os gêneros que apresentaram correlação positiva fraca com o tempo de jejum nesta análise foram: Odoribacter, Prevotella, Alistipes, Granulicatella e Lachnospiraceae; para o gênero Enterococcus observado uma correlação positiva média. Discussão: Os resultados obtidos poderão ser importantes para entender como se dá a colonização da microbiota intestinal na criança com malformaçoes da parede abdominal e suas possíveis consequências clínicas e as intervenções para melhorar a adaptação intestinal e qualidade de vida destes pacientes
Título em inglês
Characterization of the intestinal microbioma in newborns with congenital defects of the gastrointestinal tract submitted to surgical corrections
Palavras-chave em inglês
Gastrointestinal tract
Gastroschisis
Hernia umbilical
Microbiota
Newborns
Surgery
Resumo em inglês
Introduction: The intestinal epithelium of newborns (NB) is a sensitive mucosal surface and may present exacerbated inflammatory responses to both commensal bacteria and pathogens. NB with congenital defects of the abdominal wall and abdomen submitted to surgical correction and hospitalized in Intensive Care Units are more susceptible to environmental influences, with a consequent disorder of the intestinal microbiota and possible proliferation of pathogenic bacteria. Justification: Gastroschisis and omphalocele are conditions related to a defect in the closure of the abdominal wall during intrauterine development. Intestinal dysmotility or adynamic ileus in the postoperative period are complications frequently present in these NBs, leading to the use of parenteral nutrition for long periods and the use of broad-spectrum antibiotics, which increases the risk of acquiring sepsis. Hypotheses: Little is known about the composition of the fecal microbiota of critically ill newborns with important intestinal alterations such as gastroschisis and omphalocele. Objectives: To evaluate the evolution of the composition of the intestinal microbiota of newborns in the postoperative period of abdominal surgery, admitted to a neonatal ICU, during the period of hospitalization and to relate any clinical complications; to evaluate the composition of the fecal microbiota of children in prolonged fasting and in the presence of neonatal sepsis. Methods: 30 newborns with malformations of the abdominal wall were included, who were divided into groups according to the malformation presented: gastroschisis (n=18), omphalocele (n=8) or atresia/hernia (n=4). Stool samples were collected sequentially, every seven days, until discharge, immediately placed in a refrigerator and transferred on ice for storage in a -80°C freezer. DNA extraction was performed using the QiaAmp DNA Stool kit (Qiagen), and stored at -20°C, sequencing and bioinformatics analysis was performed. By comparison, the phyla and genre to which they belong were identified. Results: The most abundant phylum at birth was Firmicutes, the second being Proteobacteria. The main genres at birth in the omphalocele and atresia/hernia group was Staphylococcus. In gastroschisis Streptococcus. The Proteobacteria phylum was the most abundant in the group that received more than 3 cycles of antibiotics (66.63 ± 27.9). Firmicutes was more abundant in the group that received less than 3 cycles (37.25 ± 36.5), compared to the group that received more than 3 cycles (24.51 ± 22.5). The phylum Bacteroidetes abundant in the group that received more than 3 cycles and Actinobacteria in the group that received less than 3 cycles. The most prevalent genre in the group that received more than 3 cycles of antibiotics was Klebsiella (22.57 ± 23.9) and in the group that received less than 3 cycles was Escherichia-Shigella (20.89 ± 36.3). Other abundant genres in the group that received more than 3 cycles were Serratia, Stenotrophomonas, and Veillonella. In the group that received less than 3 cycles were Streptococcus and Enterococcus. The only genre that showed a statistical difference was Prevotella, which increased in the group that received more than 3 cycles. Regarding the time of NPP use, the phylum with weak positive correlation were Actinobacteria and Bacteroidetes. The genres that showed statistical significance were Lactobacillus (p=0.014) and Lachnospiraceae (p=0.05). The influence of fasting time on the intestinal microbiota showed that the phylum Bacteroidetes tended to have a weak positive correlation with fasting time (p=0.07). The genera that showed a weak positive correlation with fasting time in this analysis were: Odoribacter, Prevotella, Alistipes, Granulicatella and Lachnospiraceae; for the genre Enterococcus, an average positive correlation was observed. Discussion: The results obtained may be important to understand how the colonization of the intestinal microbiota occurs in children with abdominal wall malformations and their possible clinical consequences and the interventions to improve the intestinal adaptation and quality of life of these patients
 
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Data de Publicação
2023-04-17
 
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