Introdução: A insuficiência ovariana primária (IOP) é uma condição heterogênea com múltiplas etiologias, que acomete um grande número de mulheres e com repercussões importantes na saúde geral e psicológica, especialmente pelo estigma da infertilidade em mulheres jovens. A presença de amenorréia, hipogonadismo hipergonadotrófico e hipoestrogenismo em mulheres com menos de 40 anos caracterizam a insuficiência ovariana primária. As causas da IOP envolvem processos infecciosos, doenças metabólicas e autoimunes, fatores ambientais e iatrogênicos além das causas genéticas. Nos últimos anos, o número de genes identificados, que desempenham um papel na etiologia da IOP em humanos e em modelos animais tem crescido exponencialmente, mas apesar disso, um grande número de mulheres continua sem um diagnóstico estabelecido. As técnicas de citogenômica, Comparative Genomic Hybridization Array (array-CGH) e Single Nucleotide Polymorphism Array (SNP-array), permitem avaliar todo o genoma na detecção de variação no número de cópias (copy number variants-CNVs) genômicas, baixos níveis de mosaicismos e perda de heterozigose com rapidez e acurácia, e tem contribuído no esclarecimento das causas da IOP. O objetivo deste estudo foi pesquisar a presença de deleções ou duplicações submicroscópicas raras em pacientes portadoras de IOP sem causa etiológica estabelecida e identificar novas regiões cromossômicas e/ou novos genes possivelmente relacionados à doença. Pacientes e Métodos: Setenta e cinco pacientes portadoras de IOP de causa não determinada foram selecionadas, 53 apresentavam amenorreia primária e 22 pacientes amenorreia secundária. Todas as pacientes apresentavam cariótipo 46,XX. As técnicas de array utilizadas no estudo foram array-CGH (plataforma 180K DNA microarray, Agilent Technologies) e SNP array (CytoScan HD array 750K, Affymetrix). As CNVs identificadas foram comparadas com CNVs relatadas em bancos de dados de indivíduos normais (Database of Genomic Variants - DGV) e de dados associados a anomalias e variações cromossômicas (Decipher). Uma ampla análise do conteúdo gênico das CNVs raras foi realizada utilizando-se diferentes ferramentas de bioinformática (OMIM, Pubmed, Ovarian Kaleidoscope Database e Mouse Genome Informatics). Resultados: Dezenove CNVs raras foram identificadas em 18 pacientes, sete deleções e doze duplicações, a maioria delas localizadas em autossomos. Cinco CNVs foram categorizadas como patogênicas, duas provavelmente patogênicas e doze variantes de significado clínico incerto (VUS). As CNVs patogênicas e provavelmente patogênicas e os genes candidatos contidos nessas regiões foram respectivamente: deleção (del) de 14,5 Mb em Xq27.2q28 (genes FMR1 e FMR2); duplicação (dup) de 41,4 Mb em Xq22.1q27.1 (genes XPNPEP2, COL4A6, NXF5 e PGRMCI); dup de 2,7 Mb em 20p13; del de 1,7 Mb em15q25.2 (genes CPEB1 e BNC1); del de 1,0 Mb em Xq13.2 (gene XIST), dup de 0,55 Mb em 2q37.3 (gene PER2) e dup de 0,33 Mb em 19q13.43 (gene NLRP5). As CNVs localizadas nas regiões Xq27.2q28, Xq22.1q27.1 e 15q25.2 foram regiões genômicas previamente descritas em pacientes com IOP. Em sete CNVs, a análise do conteúdo gênico indicou potenciais candidatos associados à disfunção ovariana: PTGFR (1p31.1), XDH e EHD3 (2p23.1), PER2 (2q37.3), KDM4C (9p24.1), NLRP5 (19q13.43), ZNRF3 (22q12.1) e XIST (Xq13.2). Conclusão: A análise de microarray desta coorte de mulheres portadoras de IOP permitiu o reconhecimento de 19 CNVs raras, das quais duas regiões no cromossomo X (Xq22.1q27.1 e Xq27.2q28), e uma em autossomo (15q25.2), consistem em desequilíbrios genômicos recorrentes, já descritos previamente em IOP. Novos genes e novas vias potencialmente envolvidas na patogênese ovariana foram sugeridas pelos achados, porém o real envolvimento destes genes na etiologia da IOP deverá ser elucidado por estudos complementares.

Introduction: Primary ovarian insufficiency (POI) is a heterogeneous condition with multifactorial etiologies. It affects a large number of women and has important impacts on general physical and psychological health, especially due to the stigma associated with infertility in young women. Amenorrhea, hypergonadotropic hypogonadism, and hypoestrogenism in women under 40 years of age are features of POI. Causes of POI include infectious processes, metabolic and autoimmune diseases, environmental, iatrogenic, and genetic factors. In recent years, the number of genes identified as playing a role in the etiology of human and animal model POI has grown exponentially. Nevertheless, in many women with POI, the specific etiology is not established. Microarraybased cytogenomic techniques such as array comparative genomic hybridization (array-CGH) and single nucleotide polymorphism array (SNP array) promote a quick and accurate evaluation of the entire genome for the existence of copy number variants (CNVs), low-level mosaicism, and loss of heterozygosity, and have contributed to the elucidation of POI etiologies. The aims of the present study were to determine the presence of rare submicroscopic deletions (del) or duplications (dup) in POI patients with no established specific etiology and to identify novel chromosomal regions and/or genes potentially associated with disease risk. Patients and Methods: Seventy-five patients with POI of undetermined origin were selected (53 with primary amenorrhea and 22 with secondary amenorrhea). All patients had 46,XX karyotype. Array-CGH (180K DNA microarray platform, Agilent Technologies) and SNP-array (CytoScan HD Array 750K, Affymetrix) were employed to detect genetic variants. Identified CNVs were compared with those reported in databases containing data associated with both normal individuals (Database of Genomic Variants (DGV)) and anomalies or chromosomal variations (DECIPHER). A broad analysis of the gene content of rare CNVs was performed using various bioinformatic databases and tools (OMIM, PubMed, Ovarian Kaleidoscope Database, and Mouse Genome Informatics). Results: The study identified 19 rare CNVs (n = 18 patients), seven deletions, and 12 duplications, largely located within autosomes. Five CNVs were categorized as pathogenic, two as likely pathogenic, and 12 as variants of unknown significance (VUS). Candidate genes relevant to the seven pathogenic and likely pathogenic CNVs are as follows: FMR1 and FMR2 (14.5 Mb del in Xq27.2q28); XPNPEP2, COL4A6, NXF5, and PGRMCI (41.4 Mb dup in Xq22.1q27.1); none (2.7 Mb dup in 20p13); CPEB1 and BNC1 (1.7 Mb del in 15q25.2); XIST (1.0 Mb del in Xq13.2); PER2 (0.55 Mb dup in 2q37.3); and NLRP5 (0.33 Mb dup in 19q13.43). Those CNVs located in Xq27.2q28, Xq22.1q27.1, and 15q25.2 involve genomic regions previously implicated in POI. Analysis of gene content within the seven pathogenic and potentially pathogenic CNVs identified in this patient cohort indicate additional potential candidates associated with ovarian dysfunction: PTGFR (1p31.1), XDH and EHD3 (2p23.1), PER2 (2q37.3), KDM4C (9p24.1), NLRP5 (19q13.43), ZNRF3 (22q12.1), and XIST (Xq13.2). Conclusion: Microarray analysis of this cohort of POI patients detected 19 rare CNVs, of which: two involved the X chromosome (Xq22.1q27.1 and Xq27.2q28) and one autosomal (15q25.2) CNV had been previously described as recurrent in POI. Findings suggest novel genetic and functional pathways potentially involved in POI pathogenesis. Candidate gene involvement should be validated and elucidated by further studies.