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Mémoire de Maîtrise
DOI
https://doi.org/10.11606/D.5.2021.tde-28092021-103430
Document
Auteur
Nom complet
Mariana Sardinha Bueno
Adresse Mail
Unité de l'USP
Domain de Connaissance
Date de Soutenance
Editeur
São Paulo, 2021
Directeur
Jury
Camargo, Carlos Henrique (Président)
Assis, Denise Brandão de
Dropa, Milena
Girardello, Raquel
Titre en portugais
Caracterização fenotípica e molecular da resistência antimicrobiana e relação genética em isolados clínicos de clones de alto risco de Acinetobacter baumannii
Mots-clés en portugais
Acinetobacter baumannii
Assistência à saúde
Clones de alto risco
Infecções
Resistência microbiana a medicamentos
Sequenciamento completo do genoma
Resumé en portugais
Infecções Relacionadas à Assistência à Saúde (IRAS) representam uma preocupação no mundo. Muitas destas infecções são ocasionadas por microorganismos resistentes aos antimicrobianos, dentre os quais se destaca Acinetobacter baumannii. As infecções causadas por este patógeno eram tratadas com carbapenêmicos, porém diante da emergência e disseminação de cepas resistentes a estes antimicrobianos, outras opções terapêuticas tornam-se necessárias. Atualmente a disseminação de A. baumannii resistentes aos carbapenêmicos é relacionada a determinados clones de circulação mundial, como os Complexos Clonais CC1, CC2 e CC3. No Brasil, entretanto, há a prevalência do CC1, CC15 e CC79, denominados clones de alto risco. Desta maneira, o objetivo deste trabalho foi avaliar a suscetibilidade antimicrobiana e os determinantes genéticos de resistência em isolados clínicos de A. baumannii pertencentes ao CC1, CC15 e CC79, utilizando microdiluição em caldo e sequenciamento de genoma como principais metodologias. Foram estudados 63 isolados clínicos de A. baumannii de pulsotipos diferentes (ApaI-PFGE), provenientes de 23 instituições brasileiras entre 2016 e 2017. Destes isolados, 21 (33,3%) pertenciam ao CC1, 20 (31,8%) ao CC15 e 22 (35%) ao CC79. A maior parte dos isolados foi classificada em XDR (extensivamente resistente) (CC1= 90,5%; CC15= 65%; CC79= 95,5%), sendo que o fenótipo PDR (pan-resistente) foi detectado em um isolado do CC15. Por meio do sequenciamento de genoma completo foi possível analisar a estrutura clonal dos isolados, categorizando-os nas sequências-tipo (ST) ST1, ST15, ST79, ST20, ST730 e ST1447 (ST novo). Além do MLST, os genes de resistência, sistemas de efluxo e mutações presentes nas cepas dos Complexos Clonais estudados foram caracterizados. Isolados pertencentes aos CC1 (100%) e CC15 (95%) apresentaram o gene blaOXA-23. Por outro lado, nos isolados do CC79, o gene blaOXA-23 foi detectado em 54,5% e blaOXA-72 em 50% dos isolados. Observou-se a presença de genes em comum aos isolados do CC1, CC15 e CC79, tais como blaOXA-23 e aph(3)-VIa. Entretanto, a comparação entre o perfil de suscetibilidade e a análise do genoma demonstrou dados relacionados aos diferentes Complexos Clonais, como aac(3)-Ia, aac(6)-Ib, aac(6)-Ib-cr, sul1 para CC1 e blaOXA-72, blaTEM-1A, dfrA1,sat2, sul2, strA, strB, aadA1, msrE, mphE e floR para CC79 (p < 0,05). Dessa forma, nossa análise sugere que a seleção dos clones de alto risco seja impulsionada pelos determinantes de resistência sob pressão seletiva do uso de antimicrobianos
Titre en anglais
Phenotypic and molecular characterization of antimicrobial susceptibility and genetic relationship in clinical isolates of high-risk clones of Acinetobacter baumannii
Mots-clés en anglais
Acinetobacter baumannii
Drug resistance microbial
Healthcare Associated
High risk clones
Infections
Whole genome sequencing
Resumé en anglais
Healthcare associated infections (HAI) are a worldwide concern, many of these infections are caused by bacterial agents resistant to antimicrobials, among which the Acinetobacter baumannii stands out. Infections caused by this pathogen were treated with carbapenems, however, in view of the emergence and spread of strains resistant to these antimicrobials, other therapeutic options are necessary. Currently the dissemination of carbapenem-resistant A. baumannii is related to known clones of worldwide circulation, such as Clonal Complexes CC1, CC2 and CC3. In Brazil, however, there is a prevalence of CC1, CC15 and CC79, called high-risk clones. Thus, the present study aims to evaluate the antimicrobial susceptibility and the genetic determinants of resistance in clinical isolates of A. baumannii belonging to high risk-clones (CC1, CC15 and CC79), using broth microdilution and genome sequencing as main methodologies. 63 clinical A. baumannii isolates from different pulsotypes (ApaI-PFGE), from 23 Brazilian institutions, between 2016 and 2017, were studied. Of these, 21 (33.3%) belonged to CC1, 20 (31.8%) to CC15 and 22 (35%) to CC79. The isolates were classified as XDR (extensively resistant) (CC1 = 90.5%; CC15 = 65%; CC79 = 95.5%), and the PDR (pan-resistant) phenotype was detected in an isolate from CC15. Through the complete genome sequencing, it was possible to analyze the clonal structure of the isolates, categorizing them in the sequencing type (ST) ST1, ST15, ST79, ST20, ST730 and ST1447 (new ST). In addition to MLST, resistance genes, efflux systems and mutations present in the strains of the studied Clonal Complexes were characterized. Isolates belonging to CC1 (100%) and CC15 (95%) presented the blaOXA-23 gene. On the other hand, in the CC79 isolates, the blaOXA-23 gene was detected in 54.5% and blaOXA-72 in 50% of the isolates. The presence of genes in common to isolates from CC1, CC15 and CC79 was observed, such as blaOXA-23 and aph(3')-Via. However, the comparison between the susceptibility profile and the genome analysis showed data related to the different Clonal Complexes, such as aac(3)-Ia,aac(6)-Ib, aac(6)-Ib-cr, sul1 for CC1 and blaOXA-72, blaTEM-1A, dfrA1,sat2, sul2, strA, strB, aadA1, msrE, mphE and floR for CC79 (p < 0,05). Thus, our analysis suggests that the selection of high- risk clones is driven by the determinants of resistance under selective pressure of the use of antimicrobials
 
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Date de Publication
2021-09-28
 
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