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Doctoral Thesis
DOI
10.11606/T.5.2014.tde-26082014-093325
Document
Author
Full name
Felipe Augusto Souza Gualberto
E-mail
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
São Paulo, 2014
Supervisor
Committee
Bermúdez, José Ernesto Vidal (President)
Galesi, Vera Maria Neder
Gomes, Hélio Rodrigues
Lindoso, José Angelo Lauletta
Oliveira, Augusto César Penalva de
Title in Portuguese
Valor disgnóstico da nested PCR em tempo real em pacientes com meningite tuberculosa
Keywords in Portuguese
DNA
Grupos diagnósticos relacionados/classificação
Líquido cefalorraquidiano
Mycobacterium tuberculosis
Reação em cadeia da polimerase em tempo real/métodos
Sensibilidade e especificidade
Técnicas de amplificação de ácido nucleico
Tuberculose meníngea/diagnóstico
Abstract in Portuguese
Introdução: A meningite tuberculosa (MTB) é a forma mais grave e fatal de tuberculose. O diagnóstico oportuno e o tratamento adequado e precoce são os principais fatores associados com o bom prognóstico. Os métodos utilizados na prática médica diária - achados clínicos, exames de imagem e análise de líquido cefalorraquidiano (LCR) - têm baixa acurácia. A pesquisa do DNA do Mycobacterium tuberculosis no LCR através da reação em cadeia da polimerase (PCR, do inglês polimerase chain reaction) com a metodologia nested é promissora, especialmente quando associada à praticidade da amplificação do DNA em tempo real. Objetivo: Avaliar o valor diagnóstico da nested PCR em tempo real (nRT-PCR, do inglês nested real-time PCR) na investigação de pacientes com MTB. Métodos: Estudo observacional realizado em duas fases: uma prospectiva e outra retrospectiva. Na fase prospectiva, foram incluídos pacientes com suspeita de MTB internados no Instituto de Infectologia Emílio Ribas (IIER). Informações clínicas, laboratoriais e radiológicas foram coletadas, assim como amostra de LCR de todos os pacientes. A partir de critérios internacionais padronizados, os pacientes foram categorizados como "MTB Definitiva", "MTB Provável", "MTB Possível" e "Não MTB". A nRT-PCR, utilizando o gene alvo mpt64, foi realizada em todas as amostras de LCR no Laboratório de Meningites Bacterianas do Instituto Adolfo Lutz. Sensibilidade, especificidade e intervalos de confiança (IC 95%) da nRT-PCR foram calculados com base no padrão-ouro (cultura positiva para M. tuberculosis ou isolamento de BAAR no sistema nervoso central) e nos pacientes com outros diagnósticos estabelecidos (Não MTB). Também foi calculada a proporção de pacientes com a nRT-PCR positiva em cada categoria clínica. Na fase retrospectiva, foi realizada uma revisão de prontuários de pacientes que tiveram a nRT-PCR solicitada no IIER e no Centro de Referência e Treinamento em DST/AIDS. Os mesmos procedimentos de categorização diagnóstica, cálculos de sensibilidade e especificidade foram adotados. Resultados: Na fase prospectiva, foram incluídos 102 pacientes, sendo 92 deles infectados por HIV. Nove deles tiveram o padrão-ouro positivo e foram classificados como "MTB Definitiva" e 81 deles tiveram outros diagnósticos estabelecidos ("Não MTB"). A sensibilidade e a especificidade da nRT-PCR foi 100% (IC95%:70-100 e 95-100, respectivamente). A positividade da nRT-PCR na categoria "MTB Provável" foi 50% (4/8 pacientes) e 25% na "MTB Possível" (1/4). Na fase retrospectiva, 56 pacientes foram incluídos, sendo 48 infectados por HIV. A nRT-PCR teve sensibilidade de 83% (5/6) e especificidade de 100% (0/45). A positividade na categoria "MTB Provável" foi 60% (3/5) e não houve pacientes classificados como "MTB Possível". Conclusão: A nRT-PCR apresentou boa sensibilidade e ótima especificidade, demonstrando seu valor diagnóstico na identificação oportuna de casos de MTB
Title in English
Diagnostic value of the nested real time PCR patients with tuberculous meningitis
Keywords in English
Cerebrospinal fluid
Diagnosis-related groups/classification
DNA
Mycobacterium tuberculosis
Nucleic acid amplification techniques
Real-time polymerase chain reaction/methods
Sensitivity and specificity
Tuberculous meningeal/diagnosis
Abstract in English
Background: Tuberculous meningitis (TBM) is the most serious and lethal presentation of tuberculosis. Timely diagnosis and appropriated treatment are the main factors associated with good outcome. Methods used in the daily medical practice - clinical, radiological and cerebrospinal fluid (CSF) findings - have low accuracy. Search for Mycobacterium tuberculosis DNA in the CSF by polymerase chain reaction (PCR) using the nested methodology is promising, especially when combined with the practical approach of the real time DNA amplification. Objective: To evaluate the diagnostic value of a nested real-time PCR (nRT-PCR) in the investigation of patients with TBM. Methods: A two-phase observational study was carried out: prospective and retrospective. In the prospective phase, patients with suspected TBM hospitalized at "Instituto de Infectologia Emílio Ribas" (IIER) were included. Clinical, laboratory and radiological data were collected, as well as CSF samples of all patients. According to international standard criteria, patients were categorized as "TBM Definite", "TBM Probable", "TBM Possible" and "Not TBM". The nRT-PCR, using the mpt64 gene, was performed on all CSF sample in the Laboratory of Bacterial Meningitis, Adolfo Lutz Institute. Sensitivity, specificity and confidence intervals (95% CI) of the nRT-PCR were calculated based on the gold standard (culture positive for M. tuberculosis or AFB isolation on the central nervous system) and on patients with other established diagnoses ("Not TBM"). The proportion of patients with a positive nRT-PCR in each clinical category was also calculated. In the retrospective phase, medical chart review was performed in those patients who had the nRT-PCR requested in IIER and in the "Centro de Referência e Treinamento em DST/AIDS". The same diagnostic categorization and calculations of sensitivity and specificity were adopted. Results: 102 patients were included in the prospective phase, 92 of them HIV-infected. Nine of them had the gold standard positive and were classified as "TBM Definite" and 81 of them had other diagnoses established ("Not TBM"). The sensitivity and specificity of the nRT-PCR were 100% (95%CI: 70-100 and 95-100, respectively). The nRT-PCR positivity in category "TBM Probable" was 50% (4/8 patients) and 25% in "TBM Possible" (1/4). In retrospective phase, the nRT-PCR had a sensitivity of 83% (5/6) and specificity of 100% (0/45), among the 56 included patients (48 of them HIV infected). Positivity in "TBM Probable" category was 60% (3/5) and no patients were classified as "TBM Possible". Conclusion: The nRT-PCR showed good sensitivity and excellent specificity, showing its diagnostic value in the timely identification of TBM
 
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Publishing Date
2014-08-26
 
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