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Thèse de Doctorat
DOI
https://doi.org/10.11606/T.5.2023.tde-26052023-111522
Document
Auteur
Nom complet
Camila de Almeida Silva
Adresse Mail
Unité de l'USP
Domain de Connaissance
Date de Soutenance
Editeur
São Paulo, 2023
Directeur
Jury
Costa, Silvia Figueiredo (Président)
Leone, Clea Rodrigues
Gibelli, Maria Augusta Bento Cicaroni
Guimarães, Thais
 
Titre en portugais
Avaliação da transmissão de Staphylococcus aureus em unidade de terapia intensiva neonatal
Mots-clés en portugais
Clorexidina
Fatores de risco
Mupirocina
Recém-nascido
Staphylococcus aureus
Testes de Sensibilidade Microbiana
Unidade de terapia intensiva neonatal
Resumé en portugais
Introdução: O S. aureus é o segundo agente infeccioso mais prevalente em unidades de terapia intensiva neonatais (UTIN), causando morbidade significativa. Nas UTIN estudadas, tornou-se endêmico, causando surtos esporádicos, a despeito de vigilância e descolonização com clorexidina e mupirocina. Objetivos: Avaliar o impacto de uma nova estratégia de banho com clorexidina para descolonização e mudança na precaução de contato na densidade de infecção por S. aureus. Determinar os fatores associados à colonização por S. aureus, avaliar a eficácia da descolonização, determinar o perfil de sensibilidade à clorexidina e mupirocina e clonalidade dos isolados de S. aureus na UTIN. Metodologia: Este estudo de intervenção quasi-experimental avaliou uma nova rotina de banho com toalha umedecida com clorexidina 2% nos recém-nascidos (RN) colonizados com S. aureus, iniciada em janeiro/2018. Precauções de contato para S. aureus resistente à meticilina (MRSA) foram mantidas até a alta hospitalar. Estas mudanças substituíram o banho com solução líquida de clorexidina 2% e a suspensão da precaução baseada em culturas. A densidade de infecção (DI) por S. aureus foi comparada antes (janeiro/2016 dezembro/2017) e pós-intervenção (janeiro/2018-dezembro/2020). Foi realizado seguimento prospectivo de uma coorte de RN, seus pais e profissionais de saúde (PS) durante o ano de 2018. Para avaliação de fatores de risco, análises bivariadas e multivariadas foram utilizadas. Testes fenotípicos e genotípicos foram realizados para caracterização dos isolados de S.aureus. A presença de genes de virulência e do Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) foi determinada por PCR multiplex. A Eletroforese em gel de campo pulsado foi utilizada para análise do perfil clonal. A avaliação da sensibilidade à clorexidina foi realizada através de ágar diluição e à mupirocina pelo método de disco difusão. Resultados: A análise de série temporal demonstrou tendência à redução da DI após as novas intervenções realizadas. Durante o seguimento da coorte, 13,2% dos RN apresentaram colonização por S. aureus, 5,12% MRSA e 8% S. aureus sensível à meticilina (MSSA). Os pais foram mais colonizados por MSSA (24,6%) que as mães (10%). Uma mãe (0,34%) e um pai (0,40%) estavam colonizados por MRSA. Dentre os PS, 50% estavam colonizados por MSSA e 6,5% por MRSA. O único fator independente na análise multivariada para colonização dos RN por MRSA foi o uso de nutrição parenteral (OR, 3,5; 95% IC, 1,07-11,39; P < 0,045). Não houve fatores de risco associados para pais e PS. Para as mães, a idade foi relacionada. Nos RN descolonizados, a taxa de sucesso foi de 81,2% para MSSA e 90% para MRSA. A incidência de infecção por MSSA foi superior a MRSA, sendo sepse a mais prevalente. A taxa de infecção por S. aureus nos RN colonizados foi de 15% e 0,9% nos não colonizados. Os dois pais e 82% dos PS foram descolonizados para MRSA com sucesso. Identificamos 16 tipos de Pulsed Field Types (PFT) de MRSA e 67 PFT de MSSA circulando na UTIN. Não houve similaridade entre isolados de MRSA de PS e RN, mas de isolados de pais e RN, que não seus filhos. Entre MSSA, não houve similaridade entre RN e seus pais, mas isolados de PS e RN foram relacionados. Foram identificados clusters distintos entre os RN e PS. Os SCCmec tipo I e V predominaram entre os RN. Dentre os PS, encontramos um SCCmec tipo V e dois SCCmec tipo IVa. O gene de virulência LukDE foi encontrado em 86% dos MRSA. Não houve efeitos colaterais associados a descolonização. Nenhum dos isolados de S. aureus apresentou resistência à mupirocina. Não houve suscetibilidade reduzida à clorexidina entre os MRSA. Dois MSSA isolados de RN apresentaram suscetibilidade reduzida com concentração inibitória mínima (CIM) de 8g/ml e redução de CIM após adição de inibidor de bomba de efluxo (CCCP). Conclusão: Um programa de vigilância e descolonização parece ser importante mesmo em cenários endêmicos. Observamos que a transmissão contínua de S. aureus foi secundária à introdução constante de novas cepas na UTIN e fontes não comuns são focos de persistência na unidade. A formação de clusters entre os RN sugere disseminação através das mãos de PS. A descolonização foi segura e eficaz e, apesar da preocupação com a resistência, encontramos baixa taxa de suscetibilidade reduzida à clorexidina, sem resistência à mupirocina
 
Titre en anglais
Evaluation of Staphylococcus aureus transmission in neonatal intensive care unit
Mots-clés en anglais
Chlorhexidine
Microbial Sensitivity Tests
Mupirocin
Neonatal intensive care unit
Newborn
Risk factors
Staphylococcus aureus
Resumé en anglais
Introduction: S. aureus is the second most frequent pathogen in neonatal intensive care units (NICU), causing significant morbidity. In the studied NICU, it became endemic, causing sporadic outbreaks despite surveillance and decolonization with chlorhexidine and mupirocin. Objectives: Evaluate the impact of a new chlorhexidine bath strategy for decolonization and change in contact precaution on S. aureus infection density. Determine factors associated with colonization by S. aureus, evaluate the effectiveness of decolonization, determine the sensitivity profile to chlorhexidine and mupirocin and clonality of S. aureus isolates in the NICU. Methodology: This quasi-experimental intervention study evaluated a new bathing routine with 2% chlorhexidine gluconate cloths in S. aureus colonized newborns (NB), starting in January/2018. Contact precautions for methicillin-resistant S. aureus (MRSA) were maintained until discharge. These changes replaced the 2% chlorhexidine bath in liquid solution and the discontinuation of culture-based precaution. The incidence density (ID) of S. aureus infection was compared before (January/2016 December/2017) and after the intervention (January/2018-December/2020). A prospective cohort of NB, their parents and healthcare workers (HCW) was conducted in 2018. For evaluation of risk factors, bivariate and multivariate analysis were used. Phenotypic and genotypic tests were performed to characterize the S. aureus isolates. The presence of virulence genes and Staphylococcus Cassette Chromosome mec (SCCmec) was determined by multiplex PCR. Pulsed field gel electrophoresis was used to characterize the clonal profile. The evaluation of sensitivity to chlorhexidine was performed by agar dilution and mupirocin using the disk diffusion method. Results: The time-series analysis showed a trend to reduce ID of S. aureus infection after the new interventions. During the follow-up of the cohort, 13.2% of the NB had S. aureus colonization, 5.12% MRSA and 8% methicillin-sensitive S. aureus (MSSA). Fathers were more colonized with MSSA (24.6%) than mothers (10%). One mother (0.34%) and one father (0.40%) were colonized with MRSA. Among HCW, 50% were colonized with MSSA and 6.5% with MRSA. Multivariate analysis identified parenteral nutrition as an independent risk factor for NICU-acquired S. aureus colonization (odds ratio, 3,5; 95% CI, 1,07-11,39; P < 0,045). There were no associated risk factors for parents and HCW. For mothers, age was related. Success rates on decolonized newborns were 81.2% and 90% for both MSSA and MRSA respectively. The incidence of MSSA infection was higher than MRSA, and sepsis was the most prevalent. The S. aureus infection rate in colonized NB was 15% and 0.9% in non-colonized. Both parents and 82% of the HCW were successfully decolonized for MRSA. We identified 16 MRSA Pulsed Field Types (PFT) and 67 MSSA PFT circulating in the NICU. There was no similarity between MRSA isolates from HCW and NB, while isolates from parents and NB from other parents were similar. Among MSSA, there was no similarity between NB and their parents, while HCW and NB isolates were related. Distinct clusters were identified between the NB and HCW. SCCmec type I and V predominated among NB. Among HCW, we found one SCCmec type V and two SCCmec type IVa. The virulence gene LukDE was found in 86% of MRSA. There was no side effect associated with decolonization. No isolates were mupirocin resistant. There was no detection of reduced susceptibility to chlorhexidine among MRSA. Two MSSA NB isolates showed reduced susceptibility with minimum inhibitory concentration (MIC) of 8g/ml which was reduced after the use of efflux pump inhibition (CCCP). Conclusion: A surveillance and decolonization program seems to be important even in endemic settings. This study identified that the continuous transmission of S. aureus was secondary to the constant introduction of new strains in the NICU and possible acquisition from unusual sources. The finding of clusters among the NB suggests dissemination by the HCW hands. Decolonization was safe and effective and despite concerns about resistance, we found a low rate of reduced susceptibility to chlorhexidine without mupirocin resistance
 
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Date de Publication
2023-06-01
 
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