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Thèse de Doctorat
DOI
https://doi.org/10.11606/T.5.2021.tde-06122021-132918
Document
Auteur
Nom complet
Evelyne Santana Girão
Adresse Mail
Unité de l'USP
Domain de Connaissance
Date de Soutenance
Editeur
São Paulo, 2021
Directeur
Titre en portugais
Avaliação dos fatores preditores, características clínicas, microbiológicas e epidemiologia molecular óda diarreia por Clostridioides difficile em pacientes internados em cinco hospitais brasileiros
Resumé en portugais
Clostridioides difficile (CD) é o principal agente causador de diarreia relacionada à assistência à saúde no mundo. São escassos os seus dados epidemiológicos no Brasil, principalmente no tocante à prevalência, caraterização clínica, microbiológica e molecular. Os objetivos desse estudo foram avaliar o percentual de CD em pacientes com diarreia internados em hospitais brasileiros, assim como analisar seus fatores preditores, características clínicas e moleculares. Trata-se de estudo de coorte prospectivo, descritivo, observacional, onde coletou-se amostras de fezes de pacientes com diarreia internados em 5 hospitais de diferentes regiões do país. Incluiu-se pacientes > 18 anos que apresentaram 3 ou mais evacuações de fezes não formadas em 24 horas. Todas as amostras foram submetidas ao teste rápido para detecção simultânea do antígeno glutamato desidrogenase (GDH) e toxinas A e B, por método imunoenzimático (TECHLAB® C. diff Quik Chek ®), e ao teste rápido molecular Xpert® C. difficile (Cepheid,) para detecção das cepas de CD produtoras de toxinas. As amostras foram cultivadas em meio específico e a identificação de CD foi confirmada pelo MALDI-TOF. Testes de sensibilidade aos antimicrobianos, extração de DNA e sequenciamento completo de genoma também foram realizados. Incluiu-se 377 amostras de 361 pacientes. CD foi encontrado em 15% (56/377) dos casos, utilizando como definição de doença associada ao CD (DACD) a presença de teste positivo para toxina A/B nas fezes ou teste rápido molecular positivo. A análise multivariada identificou como fatores preditores independentes para diarreia por CD: uso prévio de meropenem (OR, 4,09, 95%IC, 2,097-7,09, p < 0,006), presença de muco nas fezes (OR, 3,29; 95% IC, 1,406-7,22, p=0.006) e leucocitose com > 20% de bastões (OR, 3,77; 95% IC, 1,28-11,12, p=0,016). A maioria dos pacientes (68%) apresentou DACD leve a moderada. Metronidazol oral foi o tratamento de escolha em 74% dos casos, com 85% de sucesso. A taxa de recidiva após término do tratamento foi de 14% no grupo do metronidazol. A mortalidade geral dos pacientes com DACD foi de 19%, e nenhum óbito foi-lhe atribuído. Trinta e cinco cepas de CD foram recuperadas, todas sensíveis ao metronidazol e à vancomicina, porém, resistentes à ciprofloxacina. O sequenciamento completo do genoma revelou 17 tipos de ST, seis dos quais foram novos, sendo o ST42 foi o mais comum. As cepas hipervirulentas BI/NAP1/027 não foram identificadas. O gene ermB foi mais encontrado nas cepas pertencentes ao ST42 (p=0,004). Concluiu-se que o uso prévio de meropenem, presença de muco nas fezes e leucocitose com desvio a esquerda são fatores preditores para DACD. A maioria dos casos de DACD pode ser tratada com metronidazol oral, com boa resposta clínica, o que parece ser uma opção apropriada para casos leves a moderados em nosso meio
Titre en anglais
Predictive factors, outcomes, microbiological characteristics, and molecular epidemiology of Clostridioides difficile diarrhea in five Brazilian hospitals
Resumé en anglais
Clostridioides difficile (CD) is the leading cause of health care-associated diarrhea worldwide. There are few studies addressing the role of C. difficile infection (CDI) in Brazil. The aim of this study was to evaluate the positivity of CD in patients with diarrhea admitted to Brazilian hospitals, as well as to analyse its predictive factors, its clinical, microbiological, and molecular characteristics. This is a prospective, descriptive, observational cohort study, where stool samples were collected from patients with diarrhea admitted to 5 hospitals in different regions of the country. Patients > 18 years old with 3 or more non-formed stool evacuations within 24 hours were included. All samples were tested for glutamate dehydrogenase (GDH) and toxins A/B, and for detection of the toxin B gene (tcdB), binary toxin gene (cdtA), and deletion of 117 nucleotides in the tcdC gene. All samples were also cultured. CD identification was confirmed by matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectroscopy (MALDI-TOF/MS). Antimicrobial susceptibility tests and whole-genome sequencing (WGS) of C. difficile strains were performed. 377 stool samples from 361 patients were included and 15% were positive for CD. CDI cases were defined by a positive ELISA test for toxins A and B or a nucleic acid amplification test (NAAT) for a toxin gene performed in a diarrheic patient. Multivariate analysis identified as predictive factors for CDI: prior use of meropenem (OR 4.09, 95% CI 2.097 7.095; p< 0.001), mucus in stools (OR 3.29; 95% CI 1.406-7.722; p=0.006) and neutrophil left-shift with >20% of bands (OR 3.77; 95% IC 1.28011.120; p=0.016). Most patients (68%) had non-severe CDI. Oral metronidazole was the initial treatment in 74% of cases, with 85% of success. Relapse was observed in 14% of the metronidazole group. The overall mortality was 19%, with no deaths attributed to CDI. All isolates were susceptible to metronidazole and vancomycin, but resistants to ciprofloxacin. The WGS revealed 17 different sequence types (ST) and the six new ones. ST42 was the most common ST and hypervirulent strains BI/NAP1/027(ST1/RT027) were not found. The ermB gene was more frequently found in isolates of ST42 (p=0.004). In conclusion, patients with prior use of meropenem, mucus in stools and neutrophil left-shift with >20% of bands were more likely to have CDI in our study. Most cases can be treated with oral metronidazole with good clinical response, which seems to be an appropriate option for non-severe CDI in Brazil .
 
Date de Publication
2021-12-06
 
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