O mundo testemunhou inúmeras epidemias e pandemias que afetaram milhões de vidas. Apesar de nossos avanços em medicina e pesquisa, continuamos a ser desafiados com novos patógenos que representam uma ameaça à vida humana, à segurança econômica global e ao sistema de saúde. Avanços recentes permitiram que os genomas do Coronavírus da Síndrome Respiratória Aguda Grave 2 (SARS-CoV-2) o agente causador do COVID-19 pudessem ser identificados e caracterizados rapidamente. O estudo de sequências genômicas aliadas a um conjunto de metadados robustos e análises epidemiológicas tradicionais podem contribuir para o entendimento da transmissão e controle de uma doença infecciosa. Neste estudo, utilizamos dados epidemiológicos e genômicos coletados de um detalhado banco de dados originados da Plataforma Corona São Caetano, um programa de cuidados primários desenvolvido para atender pacientes com suspeita de COVID-19, centralizando dados clínicos e amostrais. Usamos essa infraestrutura para descrever em detalhes a evolução das variantes do SARS-CoV-2 no município de São Caetano do Sul, uma cidade intensamente conurbada com a cidade de São Paulo, durante o primeiro ano da epidemia. Um total de 1063 amostras positivas para SARS-CoV-2 foram selecionadas e dessas 879 sequências genômicas com cobertura acima de 75x foram geradas. Demonstramos a persistência das linhagens B.1.1.28 e B.1.3.3, início da circulação das VOIs Zeta (P.2) e múltiplas introduções da VOC Gama (P.1) no município. Destacamos também, a incidência dos casos na comunidade, identificando as regiões do município mais afetadas e correlacionamos as informações clínicas com as variantes locais. Nossos dados sugerem que sintomas relacionados à doença mais grave, como dispnéia e febre prolongada, foram aproximadamente duas vezes mais comuns entre Gama/VOC e Zeta/VOI em comparação com as cepas ancestrais. Ageusia e anosmia foram menos comuns na linhagem Gama e as manifestações neurológicas foram mais comuns no Zeta/VOI. A taxa de letalidade e a taxa de hospitalização foram maiores durante o período da circulação da Gama/VOC. Nossos dados sugerem que Gama/VOC e Zeta/VOI causaram doença mais grave e isso pode ter contribuído para o maior nível de hospitalização e óbitos durante a segunda onda no Brasil. Além disso, destacamos como estudos de epidemiologia genômica aliados a uma amostragem representativa e dados epidemiológicos detalhados são fundamentais para oferecer insights sólidos sobre a transmissão do COVID-19

The world has witnessed countless epidemics and pandemics that have affected millions of lives. Despite our advances in medicine and research, we continue to be challenged with new pathogens that pose a threat to human life, global economic security and the health system. Recent advances have allowed the genomes of the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) the causative agent of COVID-19 to be rapidly identified and characterized. The study of genomic sequences combined with a set of robust metadata and traditional epidemiological analyzes can contribute to the understanding of the transmission and control of an infectious disease. In this study, we used epidemiological and genomic data collected from a detailed database originating from the Plataforma Corona São Caetano, a primary care program developed to care for patients with suspected COVID-19, centralizing clinical and sample data. We used this infrastructure to describe in detail the evolution of SARS-CoV-2 variants in the municipality of São Caetano do Sul, a city strongly conurbated with the city of São Paulo, during the first year of the epidemic. A total of 1063 positive selections for SARS-CoV-2 were selected and from these 879 good quality genomic sequences were generated. We demonstrate the persistence of the B.1.1.28 and B.1.3.3 lineages, the beginning of the circulation of the Zeta VOIs (P.2) and multiple introductions of the Gamma VOC (P.1) in the municipality. We also highlight the incidence of cases in the community, identifying the most possible regions of the municipality and correlating clinical information with local variants. Our data suggest that symptoms related to more severe disease, such as dyspnea and prolonged fever, were approximately twice as common among Gamma/VOC and Zeta/VOI compared to the ancestral strains. Ageusia and anosmia were less common in the Gamma lineage and neurological manifestations were more common in the Zeta/VOI. The fatality rate and hospitalization rate were higher during the period of Gamma/VOC circulation. Our data suggest that Gamma/VOC and Zeta/VOI caused more severe disease and this may have contributed to the higher level of hospitalization and deaths during the second wave in Brazil. Furthermore, we highlight how genomic epidemiology studies coupled with representative rate and detailed epidemiological data are key to providing solid insights into COVID-19 transmission