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Dissertação de Mestrado
DOI
https://doi.org/10.11606/D.5.2023.tde-01032024-120740
Documento
Autor
Nome completo
Natan Ponzoni Galvani de Oliveira
E-mail
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
São Paulo, 2023
Orientador
Banca examinadora
Silva, Paulo Henrique Braz da (Presidente)
Lindoso, José Angelo Lauletta
Pallos, Débora
Schussel, Juliana Lucena
Título em português
Caracterização de polimorfismos em regiões codificadoras de miRNA da ORF K12 no genoma do hespesvirus humano do tipo 8: comparação das variantes de HHV-8 entre grupos de indivíduos com e sem sarcoma de Kaposi associado a AIDS
Palavras-chave em português
Herpesvirus humano 8
HIV
MicroRNAs
ORF K12
Saliva
Sarcoma de Kaposi
Resumo em português
Introdução. O Herpesvirus Humano do tipo 8 (HHV-8) é o agente etiológico do sarcoma de Kaposi (SK). Embora os casos de SK-aids tenham reduzido drasticamente após a terapia antirretroviral (ARTc) e reconstituição imune, essa forma continua sendo a mais agressiva e resistente ao tratamento. Polimorfismos de um único nucleotídeo (SNPs) no genoma do HHV-8 têm sido recentemente relacionados com a produção alterada de microRNAs (miRNA), considerados marcadores do processo neoplásico. Esses miRNAs são codificados na região da ORF K12 e loci adjacentes. Objetivo. Caracterizar SNPs presentes no locus ORF K12 do genoma do HHV-8, que codificam dois miRNAs, comparando isolados de HHV-8 entre indivíduos vivendo com HIV com e sem SK-aids em relação aos dados clínicos-epidemiológicos, demográficos e laboratoriais a partir de uma casuística de conveniência de 740 indivíduos vivendo com HIV sem histórico de SK e 52 com SK-aids, ambos sob uso de ARTc. Material e Métodos. Um teste de PCR em tempo real da ORF 73 do HHV-8 foi otimizado para a detecção mais sensível da carga viral de HHV-8 e selecionar as amostras dos isolados de DNA. Testes de PCR em tempo real foram aplicados para avaliar e comparar a presença e carga viral de outros hespesvirus entre os grupos com e sem SK-aids. O sequenciamento de DNA pelo método de Sanger foi aplicado para descrever e comparar o perfil de SNPs na ORF K12 do genoma do HHV-8. Resultados. Otimizamos o qPCR para HHV-8 com eficiência de 92,9% (Slope: -3,5; Y-intercept: 40,4; R2 = 1), sensibilidade analítica de 50 cópias/ml, sendo a detecção mais sensível de HHV-8 confirmada na saliva. A frequência de DNA de HHV-8 na saliva foi de 14,1% no grupo não-SK e de 51,9% no grupo SK-aids. A excreção salivar de EBV predominou entre os herpesvirus em ambos os grupos e a carga viral do EBV foi maior no grupo -SK-aids. Em ambos os grupos predominou o gênero masculino, faixa etária em torno de 40 anos, com títulos de EBV salivares inversamente proporcional aos níveis de CD4 circulantes e diretamente proporcional aos níveis de HIV plasmático, evento especialmente observado no grupo SK-aids. Ao todo, cinquenta sequências da ORF K12 foram obtidas partir do DNA salivar de 32 indivíduos não-SK e 18 com SK-aids. Descrevemos 30 sítios polimórficos totalizando uma taxa média de SNPs de 1,96 no grupo SK e de 5,3 no grupo não-SK ao longo da ORF K12. Polimorfismos foram predominantes no loci K12-10a, igualmente reconhecidos em outras sequências de HHV-8 de referência do genBank. Os genótipos A/C e B foram inferidos por meio da reconstrução filogenética da ORF K12, observando maior frequência do genótipo A/C no grupo não-SK, porém sem diferença estatística entre os grupos (p=0,3281). Conclusão. A coexcreção salivar de HHV-8 e EBV, associada a alta carga de EBV podem ser marcadores complementares úteis do status imune, assim como a contagem de CD4 e níveis plasmáticos de HIV. Polimorfismos na região que codifica o miRNA 12-10a e trechos adjacentes foram observados na região da ORF K12, não havendo diferença entre os grupos estudados. Mais estudos que caracterizem esses alvos que codifiquem miRNA do genoma do HHV-8 na saliva são necessários diante da potencial perspectiva da busca de biomarcadores do tumor na saliva
Título em inglês
Characterization of polymorphisms in miRNA coding regions in the genome of Human Herpesvirus 8: comparison of HHV-8 variants between groups of individuals with and without AIDS-associated Kaposi's sarcoma
Palavras-chave em inglês
Herpesvirus human 8
HIV
Kaposi's Sarcoma
MicroRNAs
ORF K12
Saliva
Resumo em inglês
Introduction: Human herpesvirus 8 (HHV-8) is the etiologic agent of Kaposi's sarcoma (KS). Although cases of KS-AIDS have dramatically decreased after the advents of antiretroviral therapy (cART) and immune reconstitution, this form remains more aggressive and resistant to treatment. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the genome of HHV-8 were recently related to altered production of microRNAs (miRNA) and recognized as markers of the neoplastic process. These miRNAs are encoded in the ORF K12 region and adjacent loci. Objective: To characterize SNPs present in the ORF K12 locus of the HHV-8 genome encoding two miRNAs by comparing HHV-8 isolates between individuals living with HIV with and without KS-AIDS in relation to clinical-epidemiological, demographic and laboratory data from a convenience sample of 740 individuals living with HIV without history of KS and 52 with KS-AIDS, both groups on cART. Materials and Methods: A real-time PCR assay of HHV-8 ORF 73 was optimized for the most sensitive detection of HHV-8 viral load and selection of DNA isolates. Real-time PCR tests were used to assess and compare the presence and viral load of other herpesviruses between groups with and without KS-AIDS. DNA sequencing by the Sanger method was used to describe and compare the profile of SNPs in the ORF K12 locus of the HHV-8 genome. Results: We optimized the qPCR for HHV-8 with an efficiency of 92.9% (slope: -3.5; Y-intercept: 40.4; R2 = 1) and analytical sensitivity of 50 copies/ml, with the most sensitive detection of HHV-8 being confirmed in the saliva. The frequencies of HHV-8 DNA in saliva were 14,1% in the non-KS group and 51,9% in the AIDS-KS group. Salivary excretion of EBV was higher for herpesviruses in both groups and EBV viral load was higher in the AIDS-KS group. In both groups, male individuals in the fourth decade of life predominated, with salivary EBV titers being inversely proportional to the circulating CD4 levels and directly proportional to plasma HIV levels, especially in the AIDS-KS group. Overall, 50 ORF K12 sequences were recurrent in the salivary DNA of 32 non-KS individuals and 18 with KS-AIDS. We described 30 polymorphic sites, totaling an average rate of SNPs of 1.96 in the KS-AIDS group and 5.3 in the non-KS group along the ORF K12 sequences. Polymorphisms were predominant in K12-10a loci, being also recognized in other GenBank reference sequences of HHV8. The A/C and B genotypes were inferred through the phylogenetic reconstruction of ORF K12, in which a higher frequency of A/C genotype was observed in the non-KS group, but with no statistical difference between the groups (p=0.3281). Conclusion. Salivary co-excretion of HHV-8 and EBV, associated with high EBV load, may be useful complementary markers of immune status as well as CD4 count and plasma HIV levels. Polymorphisms in the region encoding miRNA 12-10a and adjacent stretches were observed in the ORF K12 region, with no difference between the studied groups. More studies characterizing targets encoding the miRNA of the HHV-8 genome in the saliva are needed in view of the potential perspective of a search for tumor biomarkers in saliva
 
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Data de Publicação
2024-03-04
 
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