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Doctoral Thesis
DOI
10.11606/T.5.2007.tde-16022009-165641
Document
Author
Full name
André Coutinho Castilla
E-mail
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
São Paulo, 2007
Supervisor
Committee
Furuie, Sergio Shiguemi (President)
Castro, Claudio Campi de
Moreno, Ramon Alfredo
Moura Junior, Lincoln de Assis
Silva, Luciano
Title in Portuguese
Instrumento de investigação clínico-epidemiológica em Cardiologia fundamentado no processamento de linguagem natural
Keywords in Portuguese
Armazenamento e recuperação da informação
Processamento automatizado de dados
Processamento de linguagem natural
Radiografia torácica
Radiologia
Sistemas computadorizados de registros médicos
Sistemas de informação
Abstract in Portuguese
O registro eletrônico do paciente (REP) está sendo gradativamente implantado no meio médico hospitalar. Grande parte das informações essenciais do REP está armazenada na forma de texto narrativo livre, dificultando operações de procura, análise e comparação de dados. O processamento de linguagem natural (PLN) refere-se a um conjunto de técnicas computacionais, cujo objetivo é a análise de texto através de conhecimentos léxicos, gramaticais e semânticos. O presente projeto propõe a criação de uma ferramenta computacional de investigação clínicoepidemiológica aplicada a textos narrativos médicos. Como metodologia propomos a utilização do processador de linguagem natural especializado em medicina MEDLEE desenvolvido para textos em Inglês. Para que seu uso seja possível textos médicos em Português são traduzidos ao Inglês automaticamente. A tradução automatizada (TA) é realizada utilizando o aplicativo baseado em regras SYSTRAN especialmente configurado para processar textos médicos através da incorporação de terminologias especializadas. O resultado desta seqüência de TA e PLN são informações conceituais que serão investigadas à procura de achados clínicos pré-definidos, atrvés de inferência lógica sobre uma ontologia. O objetivo experimental desta tese foi conduzir um estudo de recuperação de informações em um conjunto de 12.869 relatórios de radiografias torácicas à procura de vinte e dois achados clínicos e radiológicas. A sensibilidade e especificidade médias obtidas em comparação com referência formada pela opinião de três médicos radiologistas foram de 0,91 e 0,99 respectivamente. Os resultados obtidos indicam a viabilidade da procura de achados clínicos em relatórios de radiografias torácicas através desta metodologia de acoplamento da TA e PLN. Conseqüentemente em trabalhos futuros poderá ser ampliado o número de achados investigados, estendida a metodologia para textos de outras modalidades, bem como de outros idiomas
Title in English
A tool for clinical and epidemiological investigation in cardiology based on natural language processing
Keywords in English
Automatic data processing
Information storage and retrieval
Information systems
Medical records systems computerized
Natural language processing
Radiography thoracic
Radiology
Abstract in English
The Electronic Medical Record (EMR) is gradually replacing paper storage on clinical care settings. Most of essential information contained on EMR is stored as free narrative text, imposing several difficulties on automated data extraction and retrieval. Natural language processing (NLP) refers to computational linguistics tools, whose main objective is text analysis using lexical, grammatical and semantic knowledge. This project describes the creation of a computational tool for clinical and epidemiologic queries on narrative medical texts. The proposed methodology uses the specialized natural language processor MEDLEE developed for English language. To use this processor on Portuguese medical texts chest x-ray reports were Machine Translated into English. The machine translation (MT) was performed by SYSTRAN software, a rule based system customized with a specialized lexicon developed for this project. The result of serial coupling of MT an NLP is tagged text which needs further investigation for extracting clinical findings, whish was done by logical inference upon an ontolgy. The experimental objective of this thesis project was to investigate twenty-two clinical and radiological findings on 12.869 chest x-rays reports. Estimated sensitivity and specificity were 0.91 and 0.99 respectively. The gold standard reference was formed by the opinion of three radiologists. The obtained results indicate the viability of extracting clinical findings from chest x-ray reports using the proposed methodology through coupling MT and NLP. Consequently on future works the number of investigated conditions could be expanded. It is also possible to use this methodology on other medical texts, and on texts of other languages
 
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Andreccastilla.pdf (4.70 Mbytes)
Publishing Date
2009-03-11
 
WARNING: The material described below relates to works resulting from this thesis or dissertation. The contents of these works are the author's responsibility.
  • CASTILLA, André Coutinho, and FURUIE, S. S. Multilingual Information Retrieval in Thoracic Radiology: Results of a Logical Reasoning on a RadLex Ontology. In Radiological Society of North America scientific assembly and annual meeting, Chicago, 2007. Proceedings of Radiological Society of North America scientific assembly and annual meeting., 2007. Abstract.
  • CASTILLA, André Coutinho, and FURUIE, S. S. Portuguese and Spanish Versions of RadLex: Term Browser and Report Tagging Application. In Radiological Society of North America scientific assembly and annual meeting, Chicago, 2007. Proceedings of Radiological Society of North America scientific assembly and annual meeting., 2007. Abstract.
  • CASTILLA, André Coutinho, BACIC, Alice Shimada, and FURUIE, S. S. Machine translation on the medical domain: the role of BLEU/NIST and METEOR in a controlled vocabulary setting. In the tenth Machine Translation Summit, Phuket, 2005. Conference Proceedings: the tenth Machine Translation Summit., 2005.
  • CASTILLA, André Coutinho, e FURUIE, S. S. Avaliação da Tradução Automatizada de Relatórios de Radiografias deTórax: Resultados Preliminares. In IX Congresso Brasileiro de Informática emSaúde, Ribeirão Preto, 2004. Anais do IX Congresso Brasileiro de Informática emSaúde., 2004. Resumo.
  • CASTILLA, André Coutinho, FURUIE, S. S., and MENDONCA, E. Multilingual Information Retrieval in Thoracic Radiology: Feasibility Study. In Medinfo 2007 Congress (20-24 August 2007), Brisbane, 2007. Medinfo. 2007., 2007.
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