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Dissertação de Mestrado
DOI
https://doi.org/10.11606/D.47.2022.tde-29032022-110813
Documento
Autor
Nome completo
Gezianne Lopes de Freitas
E-mail
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
São Paulo, 2022
Orientador
Banca examinadora
Bonci, Daniela Maria Oliveira (Presidente)
Pessoa, Daniel Marques de Almeida
Pizzutto, Cristiane Schilbach
Título em português
Análise sistemática dos métodos de extração de DNA e dos agentes de preservação de amostras fecais em estudos genéticos com primatas não humanos
Palavras-chave em português
Biologia Molecular
Extração de DNA
Fezes
Metodologias
Platyrrhini. Catarrhini
Preservação de amostras
Primatas não humanos
Resumo em português
O uso de amostragens não invasivas, como as fezes, permitiu que questões que não podem ser respondidas por meio de métodos convencionais fossem abordadas. Após a coleta, a amostra não invasiva precisa ser preservada e, atualmente o número de protocolos para preservar o DNA de amostras não invasivas tem crescido, fazendo com que haja inconsistências quanto aos protocolos utilizados e sua eficiência. Extrair DNA de amostras coletadas de forma não invasiva pode ser desafiador, e, para que estes estudos sejam validados é necessário que esta etapa seja feita de maneira eficiente, uma vez que a extração do material genético com qualidade garante a quantidade e a viabilidade do DNA para que este possa ser amplificado. Nesta revisão, trazemos os principais métodos de preservação e de extração de DNA fecal de primatas não humanos usados nos últimos 10 anos afim de facilitar a escolha dos pesquisadores quanto à eficiência e custo benefício destes métodos para a realização de trabalhos futuros. A pesquisa sistemática foi realizada em quatro banco de dados (PubMed, Web of Science, ScienceDirect e Scopus) usando 4 variações dos termos de pesquisa (Primates AND fecal samples AND dna extraction NOT humans) e recuperando 229 artigos, publicados entre 2011 e 2021. Após a fase da elegibilidade foi realizada a análise pelas autoras através do Rayyan e 46 artigos foram selecionados. Os resultados mostraram que RNAlater foi o método de preservação mais usado por países desenvolvidos. O protocolo que combina um curto período de armazenamento em etanol com subsequente dessecação usando sílica (Nsubuga et al. 2004) com eficiência comprovada e um melhor custo benefício e o etanol (70-100%) foram os métodos mais utilizado pelos demais países. O kit comercial QIAmp Stool Mini Kit (QIAGEN) apresentou melhores resultados para a realização da extração do DNA fecal nos estudos avaliados seguido por outros kits comercias. No entanto, mais estudos precisam ser realizados afim de validar o uso do RNAlater para a preservação de DNA fecal além de estudos comparativos entre os kits comerciais de extração de DNA disponíveis atualmente no mercado para analisar sua viabilidade e custo benefício
Título em inglês
Systematic analysis of DNA extraction methods and faecal preserving agents in genetic studies with non-human primates
Palavras-chave em inglês
Catarrhini
DNA extraction
Feces
Methodologies
Molecular biology
Non-human primates
Platyrrhini
Sample Preservation
Resumo em inglês
The use of non-invasive sampling, such as feces, has allowed questions to be addressed that cannot be answered by conventional methods. After collection, the non-invasive sample needs to be preserved, and currently the number of protocols to preserve DNA from noninvasive samples has grown, leading to inconsistencies in the protocols used and their efficiency. Extracting DNA from samples collected non-invasively can be challenging, and for these studies to be validated it is necessary that this step is done efficiently, since the extraction of genetic material with quality ensures the quantity and viability of DNA so that it can be amplified. In this review, we present the main methods of preservation and extraction of DNA from non-human primates used in the last 10 years in order to facilitate the choice of researchers regarding the efficiency and cost benefit of these methods for future work. A systematic search was performed in four databases (PubMed, Web of Science, ScienceDirect and Scopus) using 4 variations of the search terms (Primates AND fecal samples AND dna extraction NOT humans) and retrieving 229 articles, published between 2011 and 2021. After the eligibility phase, analysis was performed by the authors using "Rayyan" and 46 articles were selected. The results showed that RNAlater was the most widely used preservation method by developed countries. The protocol combining a short storage period in ethanol with subsequent desiccation using silica (Nsubuga et al. 2004) with proven efficiency and a better cost benefit and ethanol (70-100%) were the most used methods by the other countries. The commercial QIAmp Stool Mini Kit (QIAGEN) showed the best results for performing fecal DNA extraction in the studies evaluated followed by other commercial kits. However, further studies need to be conducted to validate the use of RNAlater for the preservation of fecal DNA, as well as comparative studies between the commercial DNA extraction kits currently available in the market to analyze their viability and cost benefit
 
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freitas_corrigida.pdf (712.23 Kbytes)
Data de Publicação
2022-03-29
 
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