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Dissertação de Mestrado
DOI
10.11606/D.45.2010.tde-13092010-093911
Documento
Autor
Nome completo
Christian Tjandraatmadja
E-mail
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
São Paulo, 2010
Orientador
Banca examinadora
Ferreira, Carlos Eduardo (Presidente)
Sagot, Marie France
Wakabayashi, Yoshiko
Título em português
O problema da subsequência comum máxima sem repetições
Palavras-chave em português
algoritmos de aproximação
branch-and-cut
combinatória poliédrica
heurísticas
programação inteira
subsequência comum máxima
subsequência comum máxima sem repetições
Resumo em português
Exploramos o seguinte problema: dadas duas sequências X e Y sobre um alfabeto finito, encontre uma subsequência comum máxima de X e Y sem símbolos repetidos. Estudamos a estrutura deste problema, particularmente do ponto de vista de grafos e de combinatória poliédrica. Desenvolvemos algoritmos de aproximação e heurísticas para este problema. O enfoque deste trabalho está na construção de um algoritmo baseado na técnica branch-and-cut, aproveitando-nos de um algoritmo de separação eficiente e de heurísticas e técnicas para encontrarmos uma solução ótima mais cedo. Também estudamos um problema mais fácil no qual este problema é baseado: dadas duas sequências X e Y sobre um alfabeto finito, encontre uma subsequência comum máxima de X e Y. Exploramos este problema do ponto de vista de combinatória poliédrica e descrevemos vários algoritmos conhecidos para resolvê-lo.
Título em inglês
The repetition-free longest common subsequence problem
Palavras-chave em inglês
approximation algorithms
branch-and-cut
heuristics
integer programming
longest common subsequence
polyhedral combinatorics
repetition-free longest common subsequence
Resumo em inglês
We explore the following problem: given two sequences X and Y over a finite alphabet, find a longest common subsequence of X and Y without repeated symbols. We study the structure of this problem, particularly from the point of view of graphs and polyhedral combinatorics. We develop approximation algorithms and heuristics for this problem. The focus of this work is in the construction of an algorithm based on the branch-and-cut technique, taking advantage of an efficient separation algorithm and of heuristics and techniques to find an optimal solution earlier. We also study an easier problem on which this problem is based: given two sequences X and Y over a finite alphabet, find a longest common subsequence of X and Y. We explore this problem from the point of view of polyhedral combinatorics and describe several known algorithms to solve it.
 
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dissertacao.pdf (5.69 Mbytes)
Data de Publicação
2011-05-12
 
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