Na região litorânea de São Paulo, Anopheles cruzii e An. homunculus são, respectivamente, vetores principal e secundário de Plasmodium sp. Essas espécies de anofelinos são de difícil identificação taxonômica, sobretudo as fêmeas. Embora habitem um largo intervalo altitudinal, elas apresentam afinidades diferenciais aos microambientes da mata atlântica. Devido a esse contexto, o objetivo do trabalho foi obter diagnose alar para An. cruzii e An. homunculus além de caracterizar morfológica e geneticamente as populações em perspectiva sazonal, temporal e microambiental. Utilizando a morfometria geométrica alar foi possível distinguir ambas espécies. As comparações temporais tanto em An. cruzii como em An. homunculus mostraram diferenciação morfológica. Houve alta diferenciação genética intrapopulacional em todos os grupos amostrados (79,6% a 99,3%) e a diversidade haplotípica foi acima de 0,97 em todas as populações de An. cruzii, com poucos haplótipos compartilhados entre as amostras sazonais e geográficas. Os resultados sugerem que há regionalismo associado à paisagem em An. cruzii. Há substituição populacional em curto período de tempo, demonstrado pelo alto número de haplótipos diferentes e formato alar entre inverno e verão.

In the coastal region of São Paulo, Anopheles cruzii and An. homunculus are, respectively, the primary and secondary vectors of Plasmodium sp. These species are difficult of taxonomic identification, especially females. These anophelines exhibit differential affinities to the microenvironments of the Atlantic Forest. The aim of this research was to obtain wing diagnosis for An. cruzii and An. homunculus, besides morphological and genetically characterize the populations in seasonal, temporal and microenvironmental perspectives. Using geometric morphometrics was possible to distinguish between both species. The temporal comparisons in both An. cruzii and An. homunculus shown apparent morphological differentiation. There were high values of genetic differentiation within populations sampled in all groups and haplotype diversity was high in all An. cruzii populations analyzed with few shared haplotypes among seasonal and geographical samples. The results suggest that regionalism is associated with the landscape in populations of An. cruzii of hill and plain. There is a significant population replacement in a short period of time, demonstrated by the high number of different haplotypes and wing shape between winter and summer.