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Doctoral Thesis
DOI
https://doi.org/10.11606/T.42.2021.tde-15122022-154218
Document
Author
Full name
Guilherme Henrique Gatti da Silva
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
São Paulo, 2021
Supervisor
Committee
Coltri, Patricia Pereira (President)
Bassères, Daniela Sanchez
Bressan, Gustavo Costa
Yan, Chao Yun Irene
Title in Portuguese
Análise da regulação do splicing de microRNAs do cluster miR-17-92.
Keywords in Portuguese
Câncer
cluster miR-17-92
ELAVL1/HuR
microRNA
RBPs
RNAseq
Abstract in Portuguese
O controle da expressão gênica é um processo essencial em eucariotos. Após a transcrição, ocorrem eventos dependentes de diferentes proteínas e RNAs, os quais, associados, formam complexos ribonucleoproteicos que auxiliam na maturação e direcionamento dos mRNAs. Os genes são compostos por regiões denominadas exons, presentes no RNA maduro, e por sequências intermediárias denominadas introns. Estas sequências são transcritas em precursores de RNA, prémRNAs, que devem sofrer splicing antes de serem exportados para o citoplasma para serem traduzidos e executarem sua função celular. O processo de splicing de pré-mRNAs é essencial em eucariotos e alterações nos sítios de splicing ou em componentes do complexo spliceossomo estão associadas ao desenvolvimento de diversas doenças. No genoma humano, aproximadamente 70% dos microRNAs (miRNAs) são transcritos a partir de introns e devem sofrer splicing. O cluster de miRNAs miR-17-92, composto por 7 miRNAs diferentes, está localizado no intron do gene MIR17HG no cromossomo 13. Alterações na sua expressão já foram relacionadas aos cânceres de pulmão, ovário, tireóide, linfomas e leucemias. É possível que a regulação do splicing dos miRNAs deste cluster esteja relacionada ao desenvolvimento destes diferentes tipos de câncer. Sendo assim, o principal objetivo desta tese foi investigar o papel das proteínas de ligação ao RNA (RBPs), especialmente HuR e proteínas da classe das hnRNP na regulação da biogênese deste cluster. Para isso, induzimos alterações na expressão destas proteínas e verificamos a expressão dos miRNAs desse cluster. Além disso, verificamos se os miRNAs induzidos por ELAVL1/HuR são funcionais, a partir de um sistema repórter do splicing. Com o sistema repórter foi possível verificar a eficiência deste processo e a maturação dos miRNAs do cluster. Verificamos também que a indução da expressão destes miRNAs, especialmente miR-19a e miR-19b, desencadeiam aumento na proliferação, migração e invasão celulares em células de tumor de tireóide. Foi também construída uma biblioteca de miRNAs em células nocaute para proteínas de ligação ao RNA, a fim de refinar a compreensão sobre a regulação da expressão destas moléculas. Nossos dados comprovam que o miR-34 possui expressão alterada na maioria das células analisadas, e o miR-221/222, mostrou possuir uma afinidade maior a proteínas da família das hnRNPs e TIA/TIAL1. Em conjunto, nossos dados mostram que proteínas de ligação a RNA, como a ELAVL1/HuR e hnRNP C, podem associar-se a miRNAs provenientes de introns, estimular sua biogênese e maturação, e levar a modificações celulares associadas com o câncer.
Title in English
Analysis of microRNA splicing regulation of the miR-17-92 cluster.
Keywords in English
RNAseq
Câncer
cluster miR-17-92
ELAVL1/HuR
microRNA
RBPs
Abstract in English
Control of gene expression is an essential step in eukaryotes. After transcription, events depend on different proteins and RNAs, which, in association, form ribonucleoprotein complexes that help in mRNA traffic and maturation. Genes are composed of exons and intermediate sequences called introns, which are absent from mature mRNAs. These sequences are transcribed into RNA precursors, pre-mRNAs, which must undergo splicing before being exported to the cytoplasm to be translated and carry out their cellular function. The pre-mRNA splicing process is essential in eukaryotes, and changes in splice sites or mutations in components of the spliceosome complex are associated with the development of several diseases. In the human genome, approximately 70% of microRNAs are transcribed from introns and must undergo splicing. The miR-17-92 miRNA cluster comprises 7 different miRNAs and is transcribed from MIR17HG intron on chromosome 13. Changes in its expression have already been related to lung, ovarian, thyroid, lymphoma and leukemia cancers. We hypothesized that splicing of the miRNAs in this cluster might be related to development of different types of cancer. Therefore, the main objective of this thesis was to investigate the role of RNA binding proteins (RBPs), especially HuR and hnRNPs in the regulation of this cluster biogenesis. To address that, we induced changes in the expression of these proteins and verified the expression of miRNAs in this cluster. Furthermore, we verified that the uRinduced miRNAs are processed and functional by using a reporter system for splicing control. We also found that the induction of expression of these miRNAs, especially miR-19a and miR-19b, triggers an increase in cell proliferation, migration and invasion in thyroid tumor cells. A Mirna library was also constructed using knockout cells for different RNA binding proteins to refine these molecules' expression comprehension. Our data also confirms that miR-34 has altered expresion in most of the cells analyzed, and miR-221/222 showed increased affinity to proteins of the hnRNPs and TIA/TIAL1 family. Taken together, our data show that RNA-binding proteins such as ELAVL1/HuR and hnRNP C can bind to intronic miRNAs, stimulate their biogenesis and maturation, and trigger cancer-associated cell modifications.
 
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Release Date
2024-12-14
Publishing Date
2022-12-22
 
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