A microbiota intestinal está envolvida na regulação de várias funções fisiológicas, incluindo a degradação de substâncias não digeríveis, produção de ácidos graxos de cadeia curta, redução da colonização de patógenos por conta da competição pelos sítios de adesão e permeabilidade intestinal. É composta predominantemente por bactérias anaeróbias sendo os filos Bacteroidetes e Firmicutes os mais prevalentes. A composição da microbiota intestinal e fecal pode variar em quantidade e especificidade nos sítios anatômicos. Neste estudo foi analisada a composição bacteriana das microbiotas fecais em crianças com e sem alergia às proteínas do leite de vaca. Foi realizado o isolamento bacteriano para os gêneros Lactobacillus, Bifidobacterium, Bacteroides/Parabacteroides e Clostridium, análise quantitativa das fezes por PCR em Tempo Real e a filogenia por AP-PCR dos isolados de Bifidobacterium e Lactobacillus de ambos os grupos estudados. Das 25 fezes de crianças com alergia, 14 (56%) delas apresentaram espécies de Lactobacillus, 19 (76%) de Bifidobacterium, 15 (60%) de Clostridium, 24 (96%) de Bacteroides e/ou de Parabacteroides. Já no grupo de crianças não alérgicas 20 (80%) foram positivas para Lactobacillus, 23 (92%) para Bifidobacterium, 9 (36%) para Clostridium, 22 (88%) para Bacteroides e/ou Parabacteroides. Em ambos os grupos na faixa etária de 6 a 10 anos de idade, as amostras fecais apresentaram maior diversidade de espécies, observando-se a presença de Lactobacillus spp., L. rhamnosus, L. casei, Bifidobacterium spp., B. infantis, Parabacteroides distasonis, Bacteroides fragilis, B. vulgatus, C. innocuum, e C. septicum. A análise quantitativa dos microrganismos realizada nas fezes mostrou diferenças estatísticamente significativas para Clostridium perfringens (p = 0,037), Clostridium Cluster l (p = 0,005), Escherichia coli (p = 0,001) e Bacteroidetes (p = 0,051). Os dendrogramas obtidos com as espécies de Lactobacillus e Bifidobacterium de ambos os grupos de crianças analisados, mostraram uma diversidade genética heterogênea e a presença de clones bacterianos, pertencentes na maioria das vezes, por bactérias isoladas do mesmo paciente. Na literatura mundial se observam escassos estudos sobre composição da microbiota intestinal e/ou fecal de crianças com alergia ao leite de vaca. Certamente, este estudo comparativo poderá servir como base para pesquisas mais profundas nesta linha de investigação.

The intestinal microbiota is involved in regulating of several physiologic functions, including the degradation of substances not digestible, production of fat acids of short chain, reduction of the colonization of pathogens due to the competition by the sites of adhesion and intestinal permeability. It is composed predominantly of anaerobic bacteria being the most prevalent phylum Bacteroidetes and Firmicutes. The composition of the intestinal and fecal microbiota may vary in quantity and specificity in anatomical sites. In this study we analyzed the bacterial composition of fecal microbiotas in children with and without allergy to cow's milk proteins. Bacterial isolation was performed for the genera Lactobacillus, Bifidobacterium, Bacteroides/Parabacteroides and Clostridium, quantitative analysis of feces by Real-time PCR and phylogeny by AP-PCR of Bifidobacterium and Lactobacillus isolates from both groups studied. Of the 25 feces of children with allergies, 14 (56%) of them presented Lactobacillus species, 19 (76%) of Bifidobacterium, 15 (60%) of Clostridium, 24 (96 %) of Bacteroides and/or Parabacteroides. In the group of non-allergic children 20 (80%) were positive for Lactobacillus, 23 (92%) for Bifidobacterium, 9 (36%) for Clostridium, 22 (88%) for Bacteroides and/or Parabacteroides. In both groups aged 6 to 10 years, fecal samples showed a greater diversity of species, observing the presence of Lactobacillus spp., L. rhamnosus, L. casei, Bifidobacterium spp., B. infantis, Parabacteroides distasonis, Bacteroides fragilis, B. vulgatus, C. innocuum, e C. septicum. The quantitative analysis of the microorganisms performed in the feces showed statistically significant differences for Clostridium perfringens (p = 0,037), Clostridium Cluster l (p = 0,005), Escherichia coli (p = 0,001) e Bacteroidetes (p = 0,051). The dendrograms obtained with the species of Lactobacillus and Bifidobacterium from both groups of children analyzed, showed heterogeneous genetic diversity and the presence of bacterial clones, belonging most of the time, by isolated bacteria from the same patient. In the worldwide literature, there are scarce studies on the composition of intestinal and/or fecal microbiota of children with cow's milk allergy. Certainly, this comparative study could serve as a basis for deeper research in this line of research.