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Tesis Doctoral
DOI
https://doi.org/10.11606/T.42.2012.tde-13112012-083943
Documento
Autor
Nombre completo
Atila Iamarino
Instituto/Escuela/Facultad
Área de Conocimiento
Fecha de Defensa
Publicación
São Paulo, 2012
Director
Tribunal
Zanotto, Paolo Marinho de Andrade (Presidente)
Bentancor, Gonzalo Jose Bello
Pardini, Maria Inês de Moura Campos
Pierulivo, Enrique Mario Boccardo
Sobreira, Tiago José Paschoal
Título en portugués
Análise e caracterização molecular, estrutural e populacional de proteases de HIV-1 do Estado de São Paulo.
Palabras clave en portugués
HIV
Microbiologia
Virologia
Vírus
Vírus de RNA
Resumen en portugués
Apesar dos esforços para controlar a infecção por HIV-1, na América do Sul, diversos recombinantes tem sido descritos, principalmente entre os subtipos B e F. Durante a tarefa coordenada de HIV-1 VGDN, foram encontrados diversos novos recombinantes BF no estado de São Paulo, sendo a maioria deles com a protease F. Técnicas filogenéticas usadas em integrases destes pacientes demonstraram que sequências recombinantes com perfis similares surgiram em diferentes eventos de recombinação. Análises filodinâmicas de amostras argentinas apontaram um crescimento contínuo de recombinantes com proteases F após a introdução da terapia intensiva, enquanto o subtipo B deixou de crescer. Dados estruturais e de interação de proteases F resistentes com o inibidor nelfinavir obtidos por dinâmica molecular sugeriram que polimorfismos do subtipo F podem atuar como restauradores de atividade ou acentuar a perda de afinidade pelo inibidor. Um vetor recombinante pNL4-3 com parte do gene gag e a protease do subtipo F foi construído, permitindo a comparação de seu efeito no fitness viral.
Título en inglés
Molecular, structural and populational analysis and characterization of HIV-1 proteases at Sao Paulo state.
Palabras clave en inglés
HIV
Microbiology
Virology
Virus
Virus RNA
Resumen en inglés
Despite general efforts to control HIV-1 infections, many recombinants have been described among B and F subtype in South America. During the VGDN HIV task in São Paulo state, a large number of new BF recombinants was found, most of which harbor a subtype F protease. Phylogenetic analysis of integrase genes from these patients showed distinct origins for similar recombinant regions. Phylodynamic analysis suggested that after HAART introduction in Argentina BF recombinants with F protease depicted a sustained growth, while subtype B had diminished in growth.. Moreover, structural data from proteases after HAART introduction, while subtype B had diminished growth. Subtype F proteases structure and nelfinavir interaction measured by molecular dynamics suggested that polymorphisms of this subtype may restore enzyme activity or decrease even further inhibitor affinity. A pNL4-3 recombinant vector with most of gag gene and a protease of subtype F was made, which allows the comparison of its effects on viral fitness.
 
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Fecha de Publicación
2013-02-08
 
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