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Master's Dissertation
DOI
https://doi.org/10.11606/D.41.2021.tde-12072021-154318
Document
Author
Full name
Débora Camilotti
E-mail
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
São Paulo, 2021
Supervisor
Committee
Rosenberg, Carla (President)
Catelani, Ana Lucia Pereira Monteiro
Vieira, Társis Antônio Paiva
Title in Portuguese
Comparação da heterogeneidade clínica entre portadores de desequilíbrios genômicos em 22q11.2 com base no motivo de encaminhamento para análise por microarray cromossômico
Keywords in Portuguese
1. Deleção 22q11.2
2. Duplicação 22q11.2
3. Análise cromossômica por microarray (CMA)
Abstract in Portuguese
RESUMO O cromossomo 22q11.2 é particularmente suscetível a rearranjos genômicos e os mais frequentes envolvem deleções e duplicações resultantes de rearranjos entre segmentos repetidos não homólogos presentes em baixo número de cópias (LCR, Low copy repeats - LCR22A a LCR22H). As sequências de LCR que flanqueiam as regiões de rearranjos 22q11.2 definem a localização aproximada dos pontos de quebra, sendo os tamanhos das mais frequentes 3 e 1,5 Mb. A deleção / duplicação de 3 Mb, causando as síndromes de deleção / duplicação 22q11.2, ocorre entre LCR22A e LCR22D e é a microdeleção patogênica mais frequentes em humanos, com uma incidência de cerca de 1 / 4.000 nascidos vivos. De fato, entre os ~6000 pacientes estudados por análise cromossômica por microarray, esta foi de longe a mais prevalente. As deleções e duplicações com outros pontos de quebra são mais raras e podem fornecer uma oportunidade valiosa para investigar os efeitos fenotípicos de um subconjunto de genes na região do desequilíbrio genômico 22q11.2. Nesse trabalho retrospectivo, compilamos os dados de 89 indivíduos investigados por análise cromossômica por microarray (CMA), sendo 56 com deleções e 33 com duplicações. Em seguida, comparamos os dados genômicos e clínicos dos pacientes deste estudo. De acordo com a literatura, as deleções típicas de ~3Mb e contendo TBX1 foram as mais frequentes. Dado que o principal mecanismo de formação das alterações em 22q11.2 são NHAR, esperaríamos números similares de indivíduos com duplicações e deleções. No entanto, observamos praticamente o dobro de deleções quando comparados à duplicação. Esse viés evidencia que a deleção 22q11.2 gera mais sinais clínicos do que a duplicação. Do ponto de vista de sinais clínicos, deficiência intelectual ou déficit de aprendizagem, assim como dismorfismos craniofaciais são características frequentes na maioria das alterações cromossômicas microscópicas ou submicroscópicas e não seriam indicadores de CNVs específicas de 22q11.2. Por outro lado, a combinação de alterações comportamentais com defeitos cardíacos representa um forte indicador de del 22q11.2. Nossas descobertas contribuem para a relação genótipo-fenótipo para deleções / duplicações em 22q11.2, com implicações no diagnóstico e no aconselhamento genético.
Title in English
Comparison of clinical heterogeneity among carriers with genetic imbalance on 22q11.2 based on referral reason for chromosomal microarray analysis
Keywords in English
1. Deletion 22q11.2
2. Duplication 22q11.2
3. Chromosomal microarray analysis (CMA)
Abstract in English
Chromosome 22q11.2 is susceptible to genomic rearrangements and the most frequently reported involve deletions and duplications between low copy repeats LCR22A to LCR22H. The LCR sequences that flank the 22q11.2 deletion region define the common breakpoints, the most frequent ones being the 3 and 1.5 Mb deletions. The 3 Mb deletion/duplication causing 22q11.2 deletion/duplication syndrome occurs between LCR22A and LCR22D and is one of the most frequent pathogenic microdeletions in humans with an incidence of around 1/4,000 live births. In fact, among the ~ 6000 patients studied by chromosomal microarray analysis, this was the most prevalente. Diferent nested deletions and duplications are rarer and can provide a valuable opportunity to investigate the effects of a smaller subset of genes within the 22q11.2 genomic disorder region. In this retrospective study, we compiled data of 89 individuals investigated by chromosomal microarray analysis (CMA), ones being 56 with deletions and 33 with duplications. We then compared the genomic and clinical data for patients from this study. According to the literature, typical deletions of ~ 3Mb and containing TBX1 were more frequent. Since NAHR is the main mechanism for the formation of changes in 22q11.2, we would expect similar numbers of individuals with duplications and deletions. However, we observed almost twice as many deletions when compared to duplication. This bias shows that the 22q11.2 deletion generates more clinical signs than duplication. From a clinical symptoms point of view, intellectual disability or learning deficit, as well as craniofacial dysmorphisms are frequent features in most microscopic or submicroscopic chromosomal changes and they would not be indicators of 22q11.2 specific CNVs. However, However, the combination of behavioral changes with heart defects represents a strong indicator of del 22q11.2. Our findings contribute to the genotype-phenotype data for 22q11.2 deletions/duplications, with implications for genetic counseling and diagnostic.
 
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Publishing Date
2021-07-23
 
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