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Dissertação de Mestrado
DOI
https://doi.org/10.11606/D.41.2021.tde-20052021-102024
Documento
Autor
Nome completo
Renata Gonçalves Magalhaes
E-mail
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
São Paulo, 2021
Orientador
Banca examinadora
Rodrigues, Miguel Trefaut Urbano (Presidente)
Biondo, Cibele
Pellegrino, Katia Cristina Machado
Título em português
Relações de parentesco em agrupamentos sociais do lagarto Gymnodactylus amarali (Squamata, Phyllodactylidae): uma análise utilizando microssatélites.
Palavras-chave em português
1. Análise de parentesco
2. Microssatélites
3. Sequenciamento de Nova Geração
Resumo em português
Sistemas sociais podem variar desde simples agregados efêmeros de poucos indivíduos até sociedades complexas e a seleção de parentesco é uma das principais teorias utilizadas para explica-los. Em estudo recente, feito com populações de Gymnodactylus amarali coletadas na Estação Ecológica Serra Geral do Tocantins (EESGT), descobriu-se a formação de pequenos grupos no interior de cupinzeiros, normalmente compostos por machos e fêmeas sexualmente maduros e indivíduos jovens. Dessa forma, os objetivos deste trabalho foram atribuir aos filhotes os mais prováveis pais dentro da população e analisar a relação de parentesco entre indivíduos encontrados no interior de cada um dos cupinzeiros e entre indivíduos provenientes de cupinzeiros distintos. Para isso, foram empregadas técnicas de Sequenciamento de Nova Geração na construção de biblioteca de microssatélites para a espécie. O genoma de um indivíduo foi parcialmente sequenciado utilizando a plataforma MiSeq v2 (Illumina) e, ao final das análises, foi obtido um total de 42.521 loci de microssatélites perfeitos para os quais puderam ser desenhados primers. Destes, foram sintetizados 23 pares de primers, sendo 14 de repetições de di-nucleotídeos e 9 de repetições de tri-nucleotídeos. Entre estes, quinze não puderam ser analisados devido à amplificação inespecífica ou inexistente, um foi monomórfico e quatro foram excluídos devido à presença de desequilíbrio de ligação, indícios de erros de genotipagem ou alta frequência de alelos nulos. Três microssatélites se mostraram polimórficos e foram utilizados na genotipagem dos 43 indivíduos amostrados. Apesar de exibirem alto poder de exclusão de parentais não relacionados ao filhote (93,27%), não foi possível atribuir com os níveis pré-determinados de confiança (80% e 95%) a paternidade e maternidade dos jovens. Entre os casais que não foram excluídos como possíveis pais, foram observados casos em que os três indivíduos viviam no mesmo cupinzeiro, mas, para a maior parte dos agrupamentos, os adultos que viviam no mesmo cupinzeiro que os filhotes foram excluídos como possíveis pais, sugerindo outros motivos além da seleção de parentesco para explicar a formação de grupos na espécie
Título em inglês
Relationship within social aggregations in the lizard Gymnodactykus amarali (Squamata, Phyllodactylidae): an analysis using microsatellites
Palavras-chave em inglês
1. Parentage analysis
2. Microsatellites
3. Next-generation Sequencing
Resumo em inglês
Social systems might range from simple, transient groups composed by few individuals to complex societies, and kin selection is one of the main theories used to explain them. In recent study on Gymnodactylus amarali's populations, sampled at Estação Ecológica Serra Geral do Tocantins (EESGT), small groups of individuals, composed by sexually mature males and females as well as juveniles, were found inside termite's nests. With that said, the main goals of this work is assign the offspring to to the most likely parents within the population and analyze the genetic relatedness between individuals found in the same termite's nest, as well as between individuals from different nests. To achieve these goals, next-generation sequencing technology was used to develop a microsatellite-enriched library for the species. The partial genome of one individual was sequenced using the Illumina MiSeq platform, resulting in a total of 42.521 perfect microsatellite loci for which primers could be design. Among these, 23 primer pairs were design for microsatellite sequences amplifications, being 14 for di-nucleotides and 9 for tri-nucleotides. Fifteen of those could not be used due to problems during the amplification process, one showed no signs of polymorphism and four were excluded from the analysis due to linkage disequilibrium, genotyping errors or high frequency of null alleles. Three microsatellite loci showed polymorphism and were successfully scored in all 43 individuals. Even though they showed a high average probability of excluding unrelated adults as parents of the offspring (93,27%), the parentage assignment could not be achieved under the pre-determined levels of confidence (80% e 95%). In some cases, among the parent pairs that were not excluded as possible parents, the trio (male, female and offspring) lived in the same termite's nest. On the other hand, for most groups, the adults that lived in the same nest as the offspring were excluded as possible parents, suggesting other reasons besides kin selection as an explanation for the group formation in the species
 
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Data de Publicação
2021-05-23
 
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