O gênero Sargassum C. Agardh (Sargassaceae) constitui um dos mais representativos dentre os 41 gêneros da ordem Fucales (Phaeophyceae, Heterokontophyta), é amplamente distribuído nas regiões tropicais e subtropicais do globo e é considerado um importante componente da flora marinha. Devido ampla variabilidade fenotípica é considerado um dos gêneros de taxonomia mais complexa dentre as algas pardas, como são popularmente conhecidos os representantes da classe Phaeophyceae. A filogenia da ordem Fucales é bastante discutida para gêneros do hemisfério norte, mas ainda pouco elucidada. Os estudos de filogenia referentes ao gênero Sargassum são escassos, limitando-se a poucos marcadores moleculares, com baixa resolução no âmbito inter-específico e limitados à espécies de ocorrência nos oceanos Indo-Pacífico e Atlântico Norte. Nenhum estudo filogenético incluí espécies do Atlântico Sul para este gênero. Este estudo é pioneiro na análise de seqüências de diferentes marcadores moleculares para espécies do Atlântico Sul. Neste estudo, foram seqüenciados completamente os marcadores moleculares nucleares SSU rDNA e ITS2 para os táxons infra-genéricos Sargassum cymosum var. cymosum, S. cymosum var. nanum, S. furcatum, S. stenophyllum e S. vulgare. Todas as seqüências obtidas para ambos os marcadores apresentaram 100% de identidade entre os táxons analisados. Foram feitas seqüências também para o marcador molecular plastidial rbcL (parcial) e espaçador rbcLS para as espécies S. filipendula, S. stenophyllum e S. vulgare que resultaram também em 100% de identidade. Análises filogenéticas de cada um dos marcadores moleculares, incluindo nossas seqüências e aquelas disponíveis no Genbank e geradas pelos métodos de inferência "Neigbour-joining", máxima parcimônia e máxima verossimilhança se apresentaram robustas e corroboram outros resultados descritos na bibliografia referente a ordem Fucales e ao gênero Sargassum. Entretanto, tais resultados fornecem um forte indício da necessidade de busca de marcadores moleculares eficientes, devidamente respaldados por estudos de hibridação in vitro, dados ecológicos e de biogeografia para um melhor entendimento acerca das espécies ocorrentes na costa brasileira.

The genus Sargassum C. Agardh (Sargassaceae) is one of the most conspicuous among the 41 genera of the order Fucales (Phaeophyceae, Heterokontophyta). The genus has a broad distribution in the tropical and subtropical regions of the world, and is considered an important component of the marine flora. Due to a high phenotipic variation, the taxonomy of the genus is considered of the most complex among the brown seaweeds, as are known the representatives of the class Phaeophyceae. The phylogeny of the order Fucales was studied for the North Hemisphere genera, but is still not well understood. The phylogenetic studies of the genus Sargassum are scarce and limited to a few molecular markers, presenting low resolution for inter-specific analysis and are available only for species from the Indo-Pacific and the North Atlantic. There are no phylogenetic studies including species from the South Atlantic for the genus. This study is the first to analyze sequences from different molecular markers for species from the South Atlantic. In this study, the nuclear SSU rDNA and ITS2 were completely sequenced for the infra-generic taxa Sargassum cymosum var. cymosum, S. cymosum var. nanum, S. furcatum, S. stenophyllum and S. vulgare. All the sequences for both markers presented 100% identity among analyzed taxa. Sequences were also obtained for the chloroplast marker rbcLS, including parcial rbcL and the spacer region rbcLS for the species S. filipendula, S. stenophyllum and S. vulgar. These sequences also presented 100% identity among analyzed taxa. Phylogenetic analysis of each of the molecular markers, including our sequences together with other sequences available in the Genbank and generated by the inference methods Neigbour-joining, maximum parsimony and maximum likelihood were robust and similar to other results described in the literature for the order Fucales and the genus Sargassum. Nonetheless, these results are an indicative of the need for more efficient molecular markers, associated with data from in vitro hibridization, ecology and biogeography for a better understanding about the taxa occurring on the brazilian coast.