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Tese de Doutorado
DOI
Documento
Autor
Nome completo
Ágatha Cristhina de Oliveira Faria
E-mail
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
São Paulo, 2019
Orientador
Banca examinadora
Bueno, Maria Rita dos Santos e Passos (Presidente)
Ceide, Roseli Maria Zechi
Masotti, Cibele
Mingroni Netto, Regina Celia
Título em português
Fatores de susceptibilidade às fissuras orofaciais
Palavras-chave em português
Fissuras orofaciais
Microbioma oral
Variantes raras
Resumo em português
As fissuras orofaciais não-sindrômicas (FO-NS) correspondem a 70% de todos os casos de FO, possuem etiologia complexa e pouco compreendida, sendo consideradas de herança multifatorial com forte influência de fatores genéticos e ambientais. Apesar de estudos de análise de ligação e associação apontarem vários loci de susceptibilidade às FO-NS, o componente genético ainda não está totalmente explicado. Fatores ambientais também possuem um importante papel na etiologia das FO, e alguns já foram replicados em várias populações. Fatores como exposição materna ao álcool, drogas, tabaco, medicamentos, desnutrição e baixo nível socioeconômico são alguns dos fatores já associados a esta condição. As infecções periodontais são comuns em mulheres grávidas e estão associadas a parto prematuro, baixo peso fetal e, mais recentemente, foram reportadas como fator de risco aumentado para FO-NS nos fetos. Adicionalmente, o avanço das tecnologias de sequenciamento do DNA melhorou exponencialmente a compreensão do microbioma humano e sua influência no estado de saúde e doença, e, mais especificamente, o conhecimento sobre o impacto do microbioma na gravidez. O objetivo deste projeto foi identificar novos fatores etiológicos genéticos e ambientais das FO-NS. Para isso, primeiramente, sequenciamos 68 genes candidatos a FO por sequenciamento de nova geração em 193 indivíduos com FO-NS familial. Nós encontramos enriquecimento significativo de variantes raras e patogênicas de perda de função nos indivíduos com FO-NS e observamos que essas variantes estão em genes intolerantes a esse tipo de mutação. Também reportamos novas variantes raras do tipo perda de função no gene ARHGAP29 e sua importância na susceptibilidade as FO-NS familiais. Além disso, sugerimos o uso de um ponto de corte baseado no escore pLI do banco de dados ExAC como parâmetro para priorizar variantes em estudos de FO-NS familiares, assumindo modelo de herança mono ou oligogênico. Adicionalmente, estudamos o microbioma oral de mães de crianças com FO-NS e mães de crianças sem malformações, utilizando o sequenciamento da subunidade 16S do rRNA das bactérias com o objetivo de verificar diferenças consistentes na composição do microbioma oral de mães de crianças com FO-NS, levando em consideração a presença ou não de doenças infecciosas periodontais maternas. A casuística foi composta de 6 mães de recém-nascidos de até 1 mês que apresentaram FO-NS ao nascimento e mães de crianças sem qualquer malformação congênita. As análises de alfa e beta diversidades não demonstraram diferença significativa na composição do microbioma oral de mães de crianças com FO-NS e mães de crianças controle, contudo observamos que o grupo com infecções periodontais possui a diversidade taxonômica mais abundante do que o grupo hígido. Em resumo, nesse estudo piloto não foi possível identificar alterações no microbioma oral como um fator etiológico das FO-NS. Novas análises em uma casuística maior são necessárias para a confirmação desse achado
Título em inglês
Susceptibility factors to orofacial clefts
Palavras-chave em inglês
Oral microbiome
Orofacial clefts
Rare variants
Resumo em inglês
The non-syndromic orofacial clefts (nsOFC) correspond to 70% of all OFC cases, have complex etiology and are poorly understood, being considered multifactorial inheritance with a strong influence of genetic and environmental factors. Although linkage and association analysis studies point to several nsOFC susceptibility loci, the genetic component is not yet fully explained. Environmental factors also play an important role in OFC etiology, and some have been replicated in several populations. Factors such as maternal exposure to alcohol, drugs, tobacco, drugs, malnutrition and low socioeconomic status are some of the factors already associated with this condition. Periodontal infections are common in pregnant women and are associated with preterm birth, low birth weight and, more recently, have been reported as an increased risk factor for nsOFC in fetuses. Additionally, the advancement of DNA sequencing technologies has exponentially improved the understanding of the human microbiome and its influence on health and disease status, and, more specifically, knowledge about the impact of the microbiome on pregnancy. The objective of this project was to identify new genetic and environmental etiological factors of nsOFC. For this, we first sequenced 68 candidate genes by next generation sequencing in 193 individuals with familial nsOFC. We found significant enrichment of rare and pathogenic loss of function variants in individuals with nsOFC and we observed that these variants were in genes intolerant to this type of mutation. We also reported new rare loss-of-function variants in the ARHGAP29 gene and its importance in the liability of familial nsOFC. In addition, we suggested the use of a cutoff point based on the ExAC database pLI score as a parameter to prioritize variants in familial nsOFC studies, assuming a mono or oligogenic inheritance model. In addition, we studied the oral microbiome of 6 mothers of newborns up to 1-month-old with nsOFC and 6 mothers of newborns without congenital malformations using the 16S rRNA sequencing in order to verify consistent differences in the composition of the oral microbiome of mothers of children with nsOFC, taking into account the presence or absence of maternal periodontal infectious diseases. The analysis of alpha and beta diversities did not show a significant difference in the composition of the oral microbiome of mothers of nsOFC children and mothers of control children, however, we observed that the group with periodontal infectious diseases has more abundant taxonomic diversity than the healthy group. In summary, in this pilot study, it was not possible to identify alterations in the oral microbiome as an etiological factor of FO-NS. New analyzes in a larger cohort are necessary to confirm this finding
 
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Data de Publicação
2019-09-02
 
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