A gastroenterite aguda em crianças ainda é uma das causas mais comuns de hospitalização e importante problema de saúde pública no Brasil. Geralmente, é causada por agentes virais, incluindo rotavírus (RVA), adenovírus humano entérico (HAdV) e norovírus (NoV). Os sorotipos 40 e 41, únicos membros da espécie F (HAdV-F 40/41), são os mais comumente associados à infecção gastrointestinal. Existem poucos dados disponíveis do HAdV-F 40/41 em relação a sua incidência e caracterização molecular. Brasil é um país com dimensões continentais e, portanto, espera-se encontrar uma diversidade genética viral elevada no país. Uma vigilância multirregional contínua é vital para estabelecer um quadro epidemiológico-molecular mais completo sobre o HAdV-F40/41 no Brasil. O objetivo do presente estudo foi investigar a frequência e diversidade genética de cepas de HAdV-F 40/41 em áreas rurais e urbanas de baixa renda no norte do Brasil usando técnicas de sequenciamento de nova geração (NGS), com foco na aquisição de sequências genômicas completas. Também foi realizada análise filogenética visando obter mais informações sobre a relação genética entre cepas brasileiras e mundiais de HAdV-F 40/41. Um total de 251 amostras de fezes coletadas de 2010 a 2016 nos estados do Pará e Tocantins foram rastreadas para o HAdV-F usando metagenômica. A infecção pelo HAdV-F foi detectada em 57,8% (145/251) das amostras. Um total de 137 amostras positivas pertenciam ao HAdV-F41 e 7 amostras ao HAdV-F40. Foi encontrada uma infecção dupla de HAdV-F40/41 em uma amostra. Foram detectadas infecções únicas pelo HAdV-F em 21,9% (55/251) das amostras e infecções mistas em 37,4% (94/251), sendo o RVA/HAdV-F a associação mais frequente (21,5%; 54/251). A análise molecular indicou que as cepas brasileiras de HAdV-F são geneticamente relacionadas às demais cepas de HAdV-F circulando mundialmente. A vigilância de vírus entéricos por NGS proposta no presente estudo também permitiu a identificação e caracterização genômica de uma nova cepa recombinante de HAdV-C (HAdV-C BR-211). A análise de recombinação revelou que a cepa HAdV-C BR- 211 é uma quimera na qual as regiões variáveis do gene Hexon combinam sequências de HAdV-C1 e HAdV-C89. Portanto, a cepa HAdV-C BR-211 possui um esqueleto genômico do tipo HAdV-C89 e uma inserção única de HAdV-C1 na sequência do gene Hexon. Além da cepa recombinante HAdV-C BR-211, a presente investigação também descreveu o genoma completo de uma cepa de HAdV-C tipo 1 (HAdV-C BR-245). Este é o primeiro estudo de HAdV-F utilizando sequenciamento de larga escala realizado no Brasil, onde os dados de genoma completo e análises de sequências foram usados para caracterizar as cepas de HAdV-F 40/41. A expansão do banco de dados de genoma viral pode contribuir significativamente para o melhoramento do sucesso da genotipagem de HAdV-F. Ainda, o aumento no conjunto de genomas anotados de HAdV-F poderá auxiliar o NCBI/GenBank a padronizar os registros de genoma dos HAdV.

Acute gastroenteritis in children remains a principal cause of hospitalization and an important public health problem in Brazil. Usually, it is caused by viral agents including rotaviruses (RVA), human enteric adenoviruses (HAdV) and noroviruses (NoV). Serotypes 40 and 41 (HAdV-F40/41) are commonly associated with gastrointestinal infection and are the only members of F species. There are few available data about HAdV-F40/41 regarding its incidence and molecular characterization. Brazil is a country with continental dimensions where continuous multiregional surveillance is vital to establish a more complete picture of the epidemiology of HAdV-F. The aim of the current study was to investigate the genetic diversity and frequency of HAdV-F in rural and low-income urban areas in northern Brazil using sequencing techniques in order to obtain full-genome data. Phylogenetic analysis was also carried out with the aim to obtain more information on the genetic comparison between Brazilian and global HAdV-F strains. A total of 251 stool samples collected between 2010 and 2016 from patients with acute gastroenteritis were screened for HAdV-F using next-generation sequencing techniques. HAdV-F infection was detected in 57.8 % (145/251) of samples. A total of 137 positive samples belonged to HAdV-F41 and 7 to HAdV-F40. HAdV-F40/41 dual infection was found in one sample. Single HAdV-F infections were detected in 21.9 % (55/251) of samples and mixed infections in 37.4 % (94/251), with RVA/HAdV-F being the most frequent association (21.5 %; 54/251). Genetic analysis indicated that the HAdV-F strains circulating in Brazil were closely related to worldwide strains. Surveillance of enteric viruses by NGS proposed in this study also allowed the identification and genomic characterization of a new recombinant strain of HAdV-C (HAdV-C BR-211). Recombination analysis revealed that strain HAdV-C BR-211 is a chimera in which the variable regions of Hexon gene combined HAdV-C1 and HAdV-C89 sequences. Therefore, HAdV-C BR-211strain possesses a genomic backbone of type HAdV-C89 and a unique insertion of HAdV-C1 in the Hexon sequence. In addition to the recombinant strain HAdV-C BR-211, the present investigation also described the full-length genome of a HAdV-C strain type 1 (HAdV-C BR-245). This was the first large-scale HAdV-F study in Brazil in which whole-genome data and DNA sequence analyses were used to characterize HAdV-F strains. Expanding the viral genome database could improve overall genotyping success and assist the National Center for Biotechnology Information (NCBI)/GenBank in standardizing the HAdV genome records by providing a large set of annotated HAdV-F genomes.