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Doctoral Thesis
DOI
https://doi.org/10.11606/T.3.2023.tde-03012024-110904
Document
Author
Full name
José Augusto Salim
E-mail
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
São Paulo, 2023
Supervisor
Committee
Saraiva, Antonio Mauro (President)
Dalcin, Eduardo Couto
Juarez, Keila Elizabeth Macfadem
Lewinsohn, Thomas Michael
Medeiros, Claudia Maria Bauzer
Title in Portuguese
Unificando dados de interações bióticas: terminologia, análise de dados, padronização e proposta de um esquema de dados para interações planta-polinizador.
Keywords in Portuguese
Biodiversidade
Informática
Interações bióticas
Padronização de dados
Abstract in Portuguese
As interações bióticas são essenciais para a biodiversidade, comunidades ecológicas e o funcionamento dos ecossistemas, mas os dados primários encontram-se limitados em termos de acessibilidade e padronização. Com o aumento da disponibilidade de dados de interação biótica, há uma crescente demanda pela documentação adequada dos dados, a fim de aprimorar a agregação, reutilização e interoperabilidade dos dados. Embora a adoção do padrão Darwin Core para dados de biodiversidade seja amplamente difundida, sua aplicação em dados de interações bióticas é limitada devido `a falta de esquemas de dados especializados, vocabulários e diretrizes. Este estudo tem como objetivo desenvolver um modelo de dados utilizando o padrão Darwin Core para compartilhamento de dados de interações bióticas, juntamente com um vocabulário de termos especializado para a padronização de dados de interações planta-polinizador. Inicialmente uma revisão dos conceitos e terminologia utilizados na comunidade de pesquisa foi realizada, destacando os principais elementos de dados que estão alinhados com o conhecimento estado-da-arte na área. Os conjuntos de dados existentes também foram explorados em relação aos formatos, metadados e padronização empregados. A revisão das publicações científicas enfatiza a importância de alinhar a terminologia utilizada pela comunidade, a fim de garantir clareza e consistência na interpretação e análise dos dados de interações bióticas. A revisão dos conjuntos de dados existentes revelou limitações na interoperabilidade e na reutilização dos dados, destacando a necessidade de formatos padronizados e inclusão de metadados. Com base nesses achados, o novo esquema de dados e o vocabulário de termos visam capturar uma representação contextualizada e mais realista das interações bióticas. O processo de desenvolvimento adotado enfatiza uma abordagem voltada para a comunidade, priorizando o envolvimento e a contribuição da comunidade. O vocabulário desenvolvido representa um passo significativo em direção à integração de dados e interoperabilidade no campo da Biologia da Polinização. No geral, os resultados contribuem para o avanço na padronização dos dados de interações bióticas.
Title in English
Unifying biotic interactions data: terminology, data analysis, standardization, and proposal of a data schema for plant-pollinator interactions.
Keywords in English
Biotic interactions
Darwin Core
Data standardization
Plant-pollinator interactions
Vocabulary of terms
Abstract in English
Biotic interactions are essential for biodiversity, ecological communities, and ecosystem functioning, but primary data are limited in terms of accessibility and standardization. As the availability of biotic interaction data increases, there has been a growing demand to properly document data to enhance data aggregation, reuse and interoperability. While the adoption of the Darwin Core standard for biodiversity data is widespread, its application to biotic interactions data is limited due to the lack of specialized data schemas, vocabularies and guidelines. This study aims to develop a data model using the Darwin Core standard for sharing biotic interactions data, along with a specialized vocabulary of terms for the standardization of plant-pollinator interactions data. This was initially addressed by reviewing the concepts and terminology used in the research community, highlighting the key data elements that align with state-of-the-art knowledge in the field. The existing datasets were also explored for formats, metadata and data standardization. The review of scientific publications emphasizes the importance of aligning the existing terminology within the community of practice to ensure clarity and consistency in the interpretation and analysis of biotic interactions data. The review of existing datasets revealed the limitations in interoperability and data reuse, emphasizing the need for standardized formats and metadata annotation. Based on these findings, the novel data schema and vocabulary of terms aim to capture a contextualized and more realistic representation of biotic interactions and facilitate data sharing and analysis. The development process emphasizes a community-driven approach, prioritizing the engagement and input of the community of practice. The developed vocabulary represents a significant step towards data exchange and interoperability in the field of Pollination Biology. Overall, the findings contribute to the advancement of standardizing biotic interactions data.
 
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Publishing Date
2024-01-04
 
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