Sistemas baseados em processadores de uso geral caracterizam-se pela flexibilidade a mudanças de projeto, porém com desempenho computacional abaixo daqueles baseados em circuitos dedicados otimizados. A implementação de algoritmos em dispositivos reconfiguráveis, conhecidos como Field Programmable Gate Arrays - FPGAs, oferece uma solução de compromisso entre a flexibilidade dos processadores e o desempenho dos circuitos dedicados, pois as FPGAs permitem que seus recursos de hardware sejam configurados por software, com uma granularidade menor que a do processador de uso geral e flexibilidade maior que a dos circuitos dedicados. As versões atuais de FPGAs apresentam um tempo de reconfiguração suficientemente pequeno para viabilizar sua reconfiguração dinâmica, i.e., mesmo com o dispositivo executando um algoritmo, a forma como seus recursos são dispostos pode ser alterada, oferecendo a possibilidade de particionar temporalmente um algoritmo. Novas linhas de FPGAs já são fabricadas com opção de reconfiguração dinâmica parcial, i.e., é possível reconfigurar áreas selecionadas de uma FPGA enquanto o restante continua em operação. No entanto, para que esta nova tecnologia se torne largamente difundida é necessário o desenvolvimento de uma metodologia própria, que ofereça soluções eficazes aos novos desdobramentos do projeto digital. Em particular, uma das principais dificuldades apresentadas por esta abordagem refere-se à maneira de particionar o algoritmo, de forma a minimizar o tempo necessário para completar sua tarefa. Este manuscrito oferece uma metodologia de projeto para dispositivos dinamicamente reconfiguráveis, com ênfase no problema do particionamento temporal de circuitos, tendo como aplicação alvo uma família de algoritmos, utilizados principalmente em Bioinformática, representada pelo classificador binário conhecido como Support Vector Machine. Algumas técnicas de particionamento para FPGA Dinamicamente Reconfigurável, especificamente aplicáveis ao particionamento de FSM, foram desenvolvidas para garantir que um projeto dominado por fluxo de controle seja mapeado numa única FPGA, sem alterar sua funcionalidade.

Systems based on general-purpose processors are characterized by a flexibility to design changes, although with a computational performance below those based on optimized dedicated circuits. The implementation of algorithms in reconfigurable devices, known as Field Programmable Gate Arrays, FPGAs, offers a solution with a trade-off between the processor's flexibility and the dedicated circuit's performance. With FPGAs it is possible to have their hardware resources configured by software, with a smaller granularity than that of the general-purpose processor and greater flexibility than that of dedicated circuits. Current versions of FPGAs present a reconfiguration time sufficiently small as to make feasible dynamic reconfiguration, i.e., even with the device executing an algorithm, the way its resources are displayed can be modified, offering the possibility of temporal partitioning of an algorithm. New lines of FPGAs are already being manufactured with the option of partial dynamic reconfiguration, i.e. it is possible to reconfigure selected areas of an FPGA anytime, while the remainder area continue in operation. However, in order for this new technology to become widely adopted the development of a proper methodology is necessary, which offers efficient solutions to the new stages of the digital project. In particular, one of the main difficulties presented by this approach is related to the way of partitioning the algorithm, in order to minimize the time necessary to complete its task. This manuscript offers a project methodology for dynamically reconfigurable devices, with an emphasis on the problem of the temporal partitioning of circuits, having as a target application a family of algorithms, used mainly in Bioinformatics, represented by the binary classifier known as Support Machine Vector. Some techniques of functional partitioning for Dynamically Reconfigurable FPGA, specifically applicable to partitioning of FSMs, were developed to guarantee that a control flow dominated design be mapped in only one FPGA, without modifying its functionality.