O preparo químico-cirúrgico (PQC) representa a principal estratégia para a desinfecção dos canais radiculares. Entretanto, apesar da significativa redução bacteriana promovida pelo PQC, um grande número de casos permanece infectado após estes procedimentos. Como as células metabolicamente ativas apresentam maior quantidade de RNA ribossômico (rRNA) que de rDNA (genes rRNA), os resultados obtidos pela reação em cadeia da polimerase quantitativa baseada em rDNA (qPCR) e rRNA (RT-qPCR) foram correlacionados a fim de detectar bactérias metabolicamente ativas após o preparo químico-cirúrgico (PQC). Além disso, a capacidade dos dois métodos de detectar bactérias nas amostras endodônticas foi avaliada. Amostras de canais radiculares foram coletadas de 40 dentes com infecções endodônticas primárias antes (S1) e após o PQC (S2). DNA e cDNA (sintetizado a partir do RNA) foram utilizados como molde para a reação de qPCR utilizando iniciadores universais para o domínio Bacteria. Após o PQC foi observada uma drástica redução do número total de bactérias. Os níveis de cópias de rRNA nas amostras S2 foram significativamente maiores que os níveis correspondentes de rDNA (p < 0.05), demonstrando a persistência de bactérias metabolicamente ativas após o PQC. O ensaio de qPCR baseado em rDNA apresentou baixa sensibilidade e alta especificidade quando comparado ao ensaio de RT-qPCR. Todas amostras positivas para rDNA também exibiram resultados positivos para rRNA (valor preditivo positivo = 100%). O uso combinado de qPCR e RT-qPCR revelou que bactérias permaneceram metabolicamente ativas após o PQC. Embora menos sensível que o ensaio de RT-qPCR, o ensaio de qPCR baseado em rDNA apresentou baixo risco de resultados falso-positivos na análise de bactérias totais em amostras pós-preparo.

Chemomechanical procedures (CMP) represent the main strategy for root canal disinfection. However, despite substantial bacterial reduction, many canals remain infected after these procedures. As active cells present a higher abundance of ribosomal RNA (rRNA) than rDNA (rRNA genes), data obtained with rDNA-based quantitative polymerase chain reaction (qPCR) and rRNA-based qPCR (RT-qPCR) were correlated to search for active bacteria after chemomechanical procedures (CMP). Additionally, the ability of both assays to detect bacteria in endodontic samples was evaluated. Root canal samples were taken from 40 teeth with primary endodontic infections before (S1) and after CMP (S2). DNA and cDNA (synthetized from RNA) were used as templates for qPCR using universal primers for Bacteria domain. After CMP, there was a drastic reduction in the number of total bacteria. The concentration of rRNA copies in S2 samples was significantly higher than the corresponding levels of rDNA (p < 0.05), indicating the persistence of active bacteria after CMP. The rDNAbased qPCR presented low sensitivity and high specificity when compared to RTqPCR. All samples positive for rDNA were also positive for rRNA (positive predictive value = 100%). The combined qPCR and RT-qPCR approach revealed that bacteria persisted active after CMP. Although less sensitive than RT-qPCR, the rDNA-based qPCR assays had a low risk of providing false-positive results in the analysis of total bacteria in postinstrumentation samples.